seq1 = pF1KB8907.tfa, 717 bp
seq2 = pF1KB8907/gi568815597f_46103427.tfa (gi568815597f:46103427_46320217), 216791 bp

>pF1KB8907 717
>gi568815597f:46103427_46320217 (Chr1)

1-198  (100001-100198)   100% ->
199-717  (116273-116791)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGGACCGTGGAGTCCCAGACGCCTGACCTGCGGGATGTGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGGGACCGTGGAGTCCCAGACGCCTGACCTGCGGGATGTGGAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAAGGTGGGCAGGAAGACCCCTGAAGGGCTGCTCCGCGGGCTGCGAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAAGGTGGGCAGGAAGACCCCTGAAGGGCTGCTCCGCGGGCTGCGAGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTGTGAGCTGGGAACCTCTGGCGCCCTGCTGCTCCCAGGGGCGTCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTGTGAGCTGGGAACCTCTGGCGCCCTGCTGCTCCCAGGGGCGTCTAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCGGCCACGACTTGGGGGACAAGATCATGGCGCTGAAGATGGAGCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100151 ACCGGCCACGACTTGGGGGACAAGATCATGGCGCTGAAGATGGAGCTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    199        GCTTACCTGCGAGCCATCGATGTGAAGATCCTGCAGCAGCTGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 G...CAGGCTTACCTGCGAGCCATCGATGTGAAGATCCTGCAGCAGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGACCTTGAATGAGGGCATCGAGGCAGTGCGCTGGCTGTTGGAGGAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116316 TGACCTTGAATGAGGGCATCGAGGCAGTGCGCTGGCTGTTGGAGGAGCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGGACGTTGACCAGTCATTGCAGCAGCCTCACCAGCAGTCAATATAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116366 GGGACGTTGACCAGTCATTGCAGCAGCCTCACCAGCAGTCAATATAGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GACAGGCGGGAGCCCAGGCCGCTCAAGGCGAGGCAGCTGGGACAGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116416 GACAGGCGGGAGCCCAGGCCGCTCAAGGCGAGGCAGCTGGGACAGCCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAGACACCAGCACCACCGACCGGCTGGACAGTGTCTCTATTGGCAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116466 CAGACACCAGCACCACCGACCGGCTGGACAGTGTCTCTATTGGCAGCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTGGACACAGTGGCCCCCAGCGAGCTGGATGAACAGGGCCCACCTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116516 CTGGACACAGTGGCCCCCAGCGAGCTGGATGAACAGGGCCCACCTGGGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TCCACGTTCCGAGATGGACTGGGCAAAAGTTATAGCTGGTGGAGAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116566 TCCACGTTCCGAGATGGACTGGGCAAAAGTTATAGCTGGTGGAGAGAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCAGGACTGAGGTGGATGTGGCAGCCACCAGGCTAGGGAGCTTGAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116616 CCAGGACTGAGGTGGATGTGGCAGCCACCAGGCTAGGGAGCTTGAGAGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTGTGGAAGCCCCCAGGGGAGAGGCTTCAAGGTGGACCACCTGAGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116666 GTGTGGAAGCCCCCAGGGGAGAGGCTTCAAGGTGGACCACCTGAGTCACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGAGGATGAGAGTGCCAAGCTGGGCTTCGAGGCCCACTGGTTCTGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116716 AGAGGATGAGAGTGCCAAGCTGGGCTTCGAGGCCCACTGGTTCTGGGAGC

    700     .    :    .    :    .
    692 AGTGCCAGGATGATGTGACCTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||
 116766 AGTGCCAGGATGATGTGACCTTCTTG