seq1 = pF1KB8901.tfa, 699 bp
seq2 = pF1KB8901/gi568815578r_31565952.tfa (gi568815578r:31565952_31822218), 256267 bp

>pF1KB8901 699
>gi568815578r:31565952_31822218 (Chr20)

(complement)

1-564  (100001-100564)   100% ->
565-699  (156133-156267)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCAGAGCAACCGGGAGCTGGTGGTTGACTTTCTCTCCTACAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTCAGAGCAACCGGGAGCTGGTGGTTGACTTTCTCTCCTACAAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCCCAGAAAGGATACAGCTGGAGTCAGTTTAGTGATGTGGAAGAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCCCAGAAAGGATACAGCTGGAGTCAGTTTAGTGATGTGGAAGAGAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGACTGAGGCCCCAGAAGGGACTGAATCGGAGATGGAGACCCCCAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGACTGAGGCCCCAGAAGGGACTGAATCGGAGATGGAGACCCCCAGTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCAATGGCAACCCATCCTGGCACCTGGCAGACAGCCCCGCGGTGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCAATGGCAACCCATCCTGGCACCTGGCAGACAGCCCCGCGGTGAATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGCCACTGGCCACAGCAGCAGTTTGGATGCCCGGGAGGTGATCCCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGCCACTGGCCACAGCAGCAGTTTGGATGCCCGGGAGGTGATCCCCATGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAGCAGTAAAGCAAGCGCTGAGGGAGGCAGGCGACGAGTTTGAACTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAGCAGTAAAGCAAGCGCTGAGGGAGGCAGGCGACGAGTTTGAACTGCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TACCGGCGGGCATTCAGTGACCTGACATCCCAGCTCCACATCACCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TACCGGCGGGCATTCAGTGACCTGACATCCCAGCTCCACATCACCCCAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GACAGCATATCAGAGCTTTGAACAGGTAGTGAATGAACTCTTCCGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GACAGCATATCAGAGCTTTGAACAGGTAGTGAATGAACTCTTCCGGGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGGTAAACTGGGGTCGCATTGTGGCCTTTTTCTCCTTCGGCGGGGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGGTAAACTGGGGTCGCATTGTGGCCTTTTTCTCCTTCGGCGGGGCACTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGCGTGGAAAGCGTAGACAAGGAGATGCAGGTATTGGTGAGTCGGATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGCGTGGAAAGCGTAGACAAGGAGATGCAGGTATTGGTGAGTCGGATCGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGCTTGGATGGCCACTTACCTGAATGACCACCTAGAGCCTTGGATCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGCTTGGATGGCCACTTACCTGAATGACCACCTAGAGCCTTGGATCCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGAACGGCGGCTGG         GATACTTTTGTGGAACTCTATGGGAAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGAACGGCGGCTGGGTA...CAGGATACTTTTGTGGAACTCTATGGGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AATGCAGCAGCCGAGAGCCGAAAGGGCCAGGAACGCTTCAACCGCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156160 AATGCAGCAGCCGAGAGCCGAAAGGGCCAGGAACGCTTCAACCGCTGGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCTGACGGGCATGACTGTGGCCGGCGTGGTTCTGCTGGGCTCACTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156210 CCTGACGGGCATGACTGTGGCCGGCGTGGTTCTGCTGGGCTCACTCTTCA

    700     .
    692 GTCGGAAA
        ||||||||
 156260 GTCGGAAA