seq1 = pF1KB8896.tfa, 669 bp
seq2 = pF1KB8896/gi568815597f_159487922.tfa (gi568815597f:159487922_159688705), 200784 bp

>pF1KB8896 669
>gi568815597f:159487922_159688705 (Chr1)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-669  (100180-100784)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACAAGCCGCTGCTTTGGATCTCTGTCCTCACCAGCCTCCTGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACAAGCCGCTGCTTTGGATCTCTGTCCTCACCAGCCTCCTGGAAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTTGCTCACACAG         ACCTCAGTGGGAAGGTGTTTGTATTTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTTGCTCACACAGGTA...CAGACCTCAGTGGGAAGGTGTTTGTATTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTAGAGAATCTGTTACTGATCATGTAAACTTGATCACACCGCTGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100207 CTAGAGAATCTGTTACTGATCATGTAAACTTGATCACACCGCTGGAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTCTACAGAACTTTACCTTGTGTTTTCGAGCCTATAGTGATCTCTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100257 CCTCTACAGAACTTTACCTTGTGTTTTCGAGCCTATAGTGATCTCTCTCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCCTACAGCCTCTTCTCCTACAATACCCAAGGCAGGGATAATGAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100307 TGCCTACAGCCTCTTCTCCTACAATACCCAAGGCAGGGATAATGAGCTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TAGTTTATAAAGAAAGAGTTGGAGAGTATAGTCTATACATTGGAAGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100357 TAGTTTATAAAGAAAGAGTTGGAGAGTATAGTCTATACATTGGAAGACAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAAGTTACATCCAAAGTTATCGAAAAGTTCCCGGCTCCAGTGCACATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100407 AAAGTTACATCCAAAGTTATCGAAAAGTTCCCGGCTCCAGTGCACATCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGTGAGCTGGGAGTCCTCATCAGGTATTGCTGAATTTTGGATCAATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100457 TGTGAGCTGGGAGTCCTCATCAGGTATTGCTGAATTTTGGATCAATGGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CACCTTTGGTGAAAAAGGGTCTGCGACAGGGTTACTTTGTGGAAGCTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100507 CACCTTTGGTGAAAAAGGGTCTGCGACAGGGTTACTTTGTAGAAGCTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCCAAGATTGTCCTGGGGCAGGAACAGGATTCCTATGGGGGCAAGTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100557 CCCAAGATTGTCCTGGGGCAGGAACAGGATTCCTATGGGGGCAAGTTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TAGGAGCCAGTCCTTTGTGGGAGAGATTGGGGATTTGTACATGTGGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100607 TAGGAGCCAGTCCTTTGTGGGAGAGATTGGGGATTTGTACATGTGGGACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTGTGCTGCCCCCAGAAAATATCCTGTCTGCCTATCAGGGTACCCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100657 CTGTGCTGCCCCCAGAAAATATCCTGTCTGCCTATCAGGGTACCCCTCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCTGCCAATATCCTGGACTGGCAGGCTCTGAACTATGAAATCAGAGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100707 CCTGCCAATATCCTGGACTGGCAGGCTCTGAACTATGAAATCAGAGGATA

    650     .    :    .    :    .
    642 TGTCATCATCAAACCCTTGGTGTGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 100757 TGTCATCATCAAACCCTTGGTGTGGGTC