seq1 = pF1KB8890.tfa, 624 bp
seq2 = pF1KB8890/gi568815597f_28230663.tfa (gi568815597f:28230663_28434967), 204305 bp

>pF1KB8890 624
>gi568815597f:28230663_28434967 (Chr1)

1-73  (100001-100073)   100% ->
74-624  (103755-104305)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCACCTCCAGTCACCATGATGCCTGTCACTGGGGGCACCATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCACCTCCAGTCACCATGATGCCTGTCACTGGGGGCACCATTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATGATGGAGTACCTGTTGCAGG         GAAGTGTTTTAGATCACA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100051 CATGATGGAGTACCTGTTGCAGGGTA...CAGGAAGTGTTTTAGATCACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTTTGGAAAGCCTCATCCACCGCCTTCGTGGTTTGTGTGACAACATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103773 GTTTGGAAAGCCTCATCCACCGCCTTCGTGGTTTGTGTGACAACATGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTGAGACTTTCCTTGACCATGAGATGGTATTCCTCCTTAAGGGCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103823 CCTGAGACTTTCCTTGACCATGAGATGGTATTCCTCCTTAAGGGCCAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCCAGCCCATTTGTTCTCAGGGCCCGACGCTCTATGGACAGGGCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103873 AGCCAGCCCATTTGTTCTCAGGGCCCGACGCTCTATGGACAGGGCAGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CACCCTGGCATCTGCGCTACCTGGGACAGCCAGAAATGGGAGACAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103923 CACCCTGGCATCTGCGCTACCTGGGACAGCCAGAAATGGGAGACAAGAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGCCATGCCCTGGTGCGAAACTGCGTGGACATTGCCACATCTGAGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103973 CGCCATGCCCTGGTGCGAAACTGCGTGGACATTGCCACATCTGAGAACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACCGACTTCTTGATGGAAATGGGCTTCCGCATGGACCATGAGTTTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104023 CACCGACTTCTTGATGGAAATGGGCTTCCGCATGGACCATGAGTTTGTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTAAGGGACATTTGTTCCGTAAGGGCATCATGAAGATTATGGTGTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104073 CTAAGGGACATTTGTTCCGTAAGGGCATCATGAAGATTATGGTGTACAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATTTTCCGCATCCTGGTGCCAGGGAACACAGACAGCACTGAGGCCTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104123 ATTTTCCGCATCCTGGTGCCAGGGAACACAGACAGCACTGAGGCCTTGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 ACTCTCCTATCTCGTGGAATTAAGTGTGGTAGCACCCGCTGGGCAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104173 ACTCTCCTATCTCGTGGAATTAAGTGTGGTAGCACCCGCTGGGCAGGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGGTCTCTGATGACATGAAGAACTTCGCAGAACAGCTAAAACCTCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104223 TGGTCTCTGATGACATGAAGAACTTCGCAGAACAGCTAAAACCTCTGGTT

    600     .    :    .    :    .    :
    592 CACCTAGAGAAAATAGACCCCAAGAGGCTCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 104273 CACCTAGAGAAAATAGACCCCAAGAGGCTCATG