seq1 = pF1KB8888.tfa, 603 bp
seq2 = pF1KB8888/gi568815590f_144166614.tfa (gi568815590f:144166614_144367180), 200567 bp

>pF1KB8888 603
>gi568815590f:144166614_144367180 (Chr8)

1-567  (100001-100567)   99% ->
568-603  (101491-101526)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCTTCGCCACGCTGCGCCCGGCGCCGCCGGGCCGCTACCTGTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCTTCGCCACGCTGCGCCCGGCGCCGCCGGGCCGCTACCTGTACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGGTGAGCCCGCTGTCGGAGGACGAGGACCGCGGCAGCGACAGCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGAGGTGAGCCCGCTGTCGGAGGACGAGGACCGCGGCAGCGACAGCTCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTCCGACGAGAAACCCTGTCGCGTGCACGCGGCGCGCTGCGGCCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTCCGACGAGAAACCCTGTCGCGTGCACGCGGCGCGCTGCGGCCTCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCGCCCGGCGGAGGGCGGGGGGCCGACGGGCCGGGGGCGGGGGGCCAGG
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 100151 GGCGCCCGGCGGAGGGCGGGGGGCCGGCGGGCCGGGGGCGGGGGGCCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGCCGGCCAGGCCGTGAGCCCAGGCAGCGGCACACGGCGAACGCGCGCG
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGCCGGCCAGGCCGTGAGCCCCGGCAGCGGCACACGGCGAACGCGCGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCGAGACCGCACCAACAGCGTGAACACGGCCTTCACGGCGCTGCGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGCGAGACCGCACCAACAGCGTGAACACGGCCTTCACGGCGCTGCGCACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGATCCCCACCGAGCCCGCCGACCGCAAGCTCTCCAAGATTGAGACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGATCCCCACCGAGCCCGCCGACCGCAAGCTCTCCAAGATTGAGACGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCGCCTGGCCTCCAGCTACATCTCGCACCTGGGCAACGTGCTGCTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCGCCTGGCCTCCAGCTACATCTCGCACCTGGGCAACGTGCTGCTGGCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCGAGGCCTGCGGCGACGGACAGCCCTGCCACTCCGGGCCCGCCTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCGAGGCCTGCGGCGACGGACAGCCCTGCCACTCCGGGCCCGCCTTCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CACGCGGCGCGCGCCGGCAGCCCCCCGCCGCCGCCCCCGCCGCCTCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CACGCGGCGCGCGCCGGCAGCCCCCCGCCGCCGCCCCCGCCGCCTCCCGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCGCGACGGCGAGAACACCCAGCCCAAACAGATCTGCACCTTCTGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCGCGACGGCGAGAACACCCAGCCCAAACAGATCTGCACCTTCTGCCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCAACCAGAGAAAGTTG         AGCAAGGACCGCGACAGAAAGACA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100551 GCAACCAGAGAAAGTTGGTG...CAGAGCAAGGACCGCGACAGAAAGACA

    600     .    :
    592 GCGATTCGCAGT
        ||||||||||||
 101515 GCGATTCGCAGT