seq1 = pF1KB8866.tfa, 345 bp
seq2 = pF1KB8866/gi568815587r_13392408.tfa (gi568815587r:13392408_13592855), 200448 bp

>pF1KB8866 345
>gi568815587r:13392408_13592855 (Chr11)

(complement)

1-86  (100001-100086)   100% ->
87-345  (100190-100448)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATACCTGCAAAAGACATGGCTAAAGTTATGATTGTCATGTTGGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATACCTGCAAAAGACATGGCTAAAGTTATGATTGTCATGTTGGCAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTGTTTTCTTACAAAATCGGATGGGAAATCTGTTAA         GAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100051 TTGTTTTCTTACAAAATCGGATGGGAAATCTGTTAAGTA...CAGGAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GATCTGTGAGTGAAATACAGCTTATGCATAACCTGGGAAAACATCTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100195 GATCTGTGAGTGAAATACAGCTTATGCATAACCTGGGAAAACATCTGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCGATGGAGAGAGTAGAATGGCTGCGTAAGAAGCTGCAGGATGTGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100245 TCGATGGAGAGAGTAGAATGGCTGCGTAAGAAGCTGCAGGATGTGCACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTTTGTTGCCCTTGGAGCTCCTCTAGCTCCCAGAGATGCTGGTTCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100295 TTTTGTTGCCCTTGGAGCTCCTCTAGCTCCCAGAGATGCTGGTTCCCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGCCCCGAAAAAAGGAAGACAATGTCTTGGTTGAGAGCCATGAAAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100345 GGCCCCGAAAAAAGGAAGACAATGTCTTGGTTGAGAGCCATGAAAAAAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTTGGAGAGGCAGACAAAGCTGATGTGAATGTATTAACTAAAGCTAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100395 CTTGGAGAGGCAGACAAAGCTGATGTGAATGTATTAACTAAAGCTAAATC

    350 
    342 CCAG
        ||||
 100445 CCAG