seq1 = pF1KB8843.tfa, 1488 bp
seq2 = pF1KB8843/gi568815597r_145860272.tfa (gi568815597r:145860272_146061759), 201488 bp

>pF1KB8843 1488
>gi568815597r:145860272_146061759 (Chr1)

(complement)

1-1488  (100001-101488)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGCACACCGAGGGCCACGCTCTTCTTCGGGCGGTGGGTCAGGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTGCACACCGAGGGCCACGCTCTTCTTCGGGCGGTGGGTCAGGGTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTACGCTTGGCCCGTTTGCTTCTGGAGGGAGGCGCCTACGTGAATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTACGCTTGGCCCGTTTGCTTCTGGAGGGAGGCGCCTACGTGAATGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGATGCGCAGGGGGAGACTGCGCTAATGGCAGCCTGTCGGGCCCGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTGATGCGCAGGGGGAGACTGCGCTAATGGCAGCCTGTCGGGCCCGCTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACGACCCCCAGAACAAGGCACGCATGGTACGCTACCTCCTGGAGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACGACCCCCAGAACAAGGCACGCATGGTACGCTACCTCCTGGAGCAAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCGGACCCCAATATCGCAGACCGATTAGGGCGCACGGCGCTCATGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGCGGACCCCAATATCGCAGACCGATTAGGGCGCACGGCGCTCATGCACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTTGCGCCGGGGGTGGGGGCGCCGCGGTGGCCTCGCTGCTCCTTGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTTGCGCCGGGGGTGGGGGCGCCGCGGTGGCCTCGCTGCTCCTTGCCCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCGCAGACCCCTCAGTCCGAGATCACGCGGGCGCCTCGGCTCTTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCGCAGACCCCTCAGTCCGAGATCACGCGGGCGCCTCGGCTCTTGTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGCCCTGGACCGCGGGGACCGCGAGACCCTTGCCACACTGCTGGACGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGCCCTGGACCGCGGGGACCGCGAGACCCTTGCCACACTGCTGGACGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCAAGGCCAAGGGTACGGAGGTCATCATCATCACCACCGATACCTCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCAAGGCCAAGGGTACGGAGGTCATCATCATCACCACCGATACCTCGCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCAGGCACCAAGAAGACCCGGCAGTATCTCAATTCTCCACCATCCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCAGGCACCAAGAAGACCCGGCAGTATCTCAATTCTCCACCATCCCCAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGTGGAGGACCCTGCTCCCGCCTCTCCTAGCCCGGGGTTCTGCACGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGTGGAGGACCCTGCTCCCGCCTCTCCTAGCCCGGGGTTCTGCACGTCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTTCGGAAATCCAACTGCAGACCGCTGGAGGAGGAGGGCGTGGGATGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTTCGGAAATCCAACTGCAGACCGCTGGAGGAGGAGGGCGTGGGATGTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCCCCTCGCGCCCAGGAAGAAGAGGAGAAGCGGGACGTATTTGAATTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCCCCTCGCGCCCAGGAAGAAGAGGAGAAGCGGGACGTATTTGAATTCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TCTTCCTAAGCCCCCCGATGACCCATCCCCTTCCGAGCCGCTCCCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TCTTCCTAAGCCCCCCGATGACCCATCCCCTTCCGAGCCGCTCCCCAAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CACCACGCCATCCCCCAAAACCACTCAAAAGGCTCAACTCCGAGCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CACCACGCCATCCCCCAAAACCACTCAAAAGGCTCAACTCCGAGCCCTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGCCTAGTGGCCCCTCCTCAACCAGTCCCACCCACTGAAGGGAGACCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GGCCTAGTGGCCCCTCCTCAACCAGTCCCACCCACTGAAGGGAGACCGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GATCGAGCGCTTGACTGCCGAATTCAATGGCCTGACCCTGACCGGTCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GATCGAGCGCTTGACTGCCGAATTCAATGGCCTGACCCTGACCGGTCGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCCGTCTTTCCCGACGTCACAGCACCGAAGGCCCTGAGGACCCGCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CCCGTCTTTCCCGACGTCACAGCACCGAAGGCCCTGAGGACCCGCCCCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TGGGCGGAGAAAGTGACTAGCGGGGGTCCTCTCTCTCGCCGAAACACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TGGGCGGAGAAAGTGACTAGCGGGGGTCCTCTCTCTCGCCGAAACACAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 ACCAGAAGCTCAGGAGTCTGGTCCCCCTTCAGGGCTGAGGCAGAAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 ACCAGAAGCTCAGGAGTCTGGTCCCCCTTCAGGGCTGAGGCAGAAACTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GCCGCATGGAGCCAGTGGAGCTGGACACCCCTGGACACCTTTGCCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GCCGCATGGAGCCAGTGGAGCTGGACACCCCTGGACACCTTTGCCCTGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TCGCCTGAGTCCAGCCGCCTGTCCCTGGAGCGCCGCCGATACAGCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TCGCCTGAGTCCAGCCGCCTGTCCCTGGAGCGCCGCCGATACAGCGCCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CCCGTTGACCCTCCCTCCAGCCGGCTCGGCTCCCTCTCCGCGCCAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CCCGTTGACCCTCCCTCCAGCCGGCTCGGCTCCCTCTCCGCGCCAGTCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGGAGAGTCTGCCAGGGGCAGTATCTCCGCTAAGCGGAAGGAGGCGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AGGAGAGTCTGCCAGGGGCAGTATCTCCGCTAAGCGGAAGGAGGCGGAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CCGGGGCTGCTGGAGCGGAGGGGCTCGGGGACGTTGCTCCTGGACCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CCGGGGCTGCTGGAGCGGAGGGGCTCGGGGACGTTGCTCCTGGACCACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CTCGCAAACGCGGCCGGGTTTCCTACCCCCTCTCAACGTCAGTCCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CTCGCAAACGCGGCCGGGTTTCCTACCCCCTCTCAACGTCAGTCCCCACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CTCCCATCCCTGACATTCGCCCACAACCCGGAGGTCGGGCGCCTTCGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CTCCCATCCCTGACATTCGCCCACAACCCGGAGGTCGGGCGCCTTCGTTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CCTGCCCCTCCTTATGCCGGGGCGCCAGGCTCTCCCAGGACCAAGCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 CCTGCCCCTCCTTATGCCGGGGCGCCAGGCTCTCCCAGGACCAAGCGCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 ATTGGTGAGACGCCACTCCATGCAGACTGAGCAGATCCGCCTGCTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 ATTGGTGAGACGCCACTCCATGCAGACTGAGCAGATCCGCCTGCTGGGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .
   1451 GCTTCCAGAGTCTAGGTGGGCCTGGGGAGCCAGGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 GCTTCCAGAGTCTAGGTGGGCCTGGGGAGCCAGGGCGC