seq1 = pF1KB8833.tfa, 1359 bp
seq2 = pF1KB8833/gi568815575f_101452931.tfa (gi568815575f:101452931_101654289), 201359 bp

>pF1KB8833 1359
>gi568815575f:101452931_101654289 (ChrX)

1-1359  (100001-101359)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCGCACTCGGGAAGCTGGCTGCGTGGCCGCTGGTGTGGTTATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCCGCACTCGGGAAGCTGGCTGCGTGGCCGCTGGTGTGGTTATCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCTGGTGCCTGCTACTGTGTATACAGACTGGCTTGGGGAAGAGACGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCTGGTGCCTGCTACTGTGTATACAGACTGGCTTGGGGAAGAGACGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGAGAAAATCTGGGACGAAGACGAGGAGTCTACGGACACCTCAGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACGAGAAAATCTGGGACGAAGACGAGGAGTCTACGGACACCTCAGAGATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGGTTGAGACTGTGAAAGGAGCTAAAACTAACGCTGGGGCAGGGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGGTTGAGACTGTGAAAGGAGCTAAAACTAACGCTGGGGCAGGGTCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCAAACTTCAGGGTGATTCAGAGGTCAAGCCTGAGGTGAGTTTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCCAAACTTCAGGGTGATTCAGAGGTCAAGCCTGAGGTGAGTTTGGGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCGAGGATTGTCCGGGTGTAAAAGAGAAGGCCCATTCAGGATCCCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCGAGGATTGTCCGGGTGTAAAAGAGAAGGCCCATTCAGGATCCCACAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGAGGTGGCCTAGAGGCCAAGGCCAAGGCCCTTTTCAACACGCTGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGAGGTGGCCTAGAGGCCAAGGCCAAGGCCCTTTTCAACACGCTGAAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACAGGCAAGTGCAAAGGCAGGCAAAGGGGCTAGGGTGGGTACCATCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACAGGCAAGTGCAAAGGCAGGCAAAGGGGCTAGGGTGGGTACCATCTCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGAACAGGACCCTTGCACCGAGTTTACCCTGCCCAGGAGGCAGGGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGAACAGGACCCTTGCACCGAGTTTACCCTGCCCAGGAGGCAGGGGTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCTGCCACCCCACCAGGAGTGGATCTAGGGCCGGGGGCAGGGCAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGCTGCCACCCCACCAGGAGTGGATCTAGGGCCGGGGGCAGGGCAAGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AAAATCCAAGGGAAAGGCCCGAAGTAAGAGCACCAGGGCTCCAGCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AAAATCCAAGGGAAAGGCCCGAAGTAAGAGCACCAGGGCTCCAGCTACAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CATGGCCTGTCCGGAGAGGCAAGTTCAACTTTCCTTATAAAATTGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CATGGCCTGTCCGGAGAGGCAAGTTCAACTTTCCTTATAAAATTGATGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATTCTGAGTGCTCCCGACCTCCAAAAGGTCCTCAACATCCTGGAGCGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATTCTGAGTGCTCCCGACCTCCAAAAGGTCCTCAACATCCTGGAGCGAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AAATGATCCTTTTATTCAAGAAGTAGCCTTGGTCACTCTGGGTAACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AAATGATCCTTTTATTCAAGAAGTAGCCTTGGTCACTCTGGGTAACAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CAGCATATTCATTTAACCAGAATGCCATACGTGAATTGGGTGGTGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CAGCATATTCATTTAACCAGAATGCCATACGTGAATTGGGTGGTGTCCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATTATTGCAAAACTGATAAAAACAAAAGACCCCATAATTAGGGAAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ATTATTGCAAAACTGATAAAAACAAAAGACCCCATAATTAGGGAAAAGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTACAATGCCCTTAATAACTTGAGTGTGAACGCAGAAAATCAGGGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TTACAATGCCCTTAATAACTTGAGTGTGAACGCAGAAAATCAGGGCAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTAAGACGTACATCAGTCAAGTGTGTGATGACACCATGGTCTGTCGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTAAGACGTACATCAGTCAAGTGTGTGATGACACCATGGTCTGTCGCTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GACTCAGCTGTGCAGATGGCTGGGCTAAGACTGTTAACCAACATGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GACTCAGCTGTGCAGATGGCTGGGCTAAGACTGTTAACCAACATGACTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GACTAATCATTACCAACATTTGCTTTCCTATTCTTTTCCAGACTTTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GACTAATCATTACCAACATTTGCTTTCCTATTCTTTTCCAGACTTTTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CTTTGTTATTCCTGGGAAATCACTTCACCAAGATACAGATTATGAAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CTTTGTTATTCCTGGGAAATCACTTCACCAAGATACAGATTATGAAACTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ATTATAAACTTTACTGAAAATCCAGCCATGACAAGAGAGCTGGTCAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ATTATAAACTTTACTGAAAATCCAGCCATGACAAGAGAGCTGGTCAGTTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TAAAGTACCATCAGAATTGATTTCCCTCTTTAATAAAGAATGGGATAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TAAAGTACCATCAGAATTGATTTCCCTCTTTAATAAAGAATGGGATAGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGATTCTTCTTAATATCCTTACCCTATTTGAGAATATAAATGACAACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AGATTCTTCTTAATATCCTTACCCTATTTGAGAATATAAATGACAACATA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 AAAAATGAAGGGCTCGCATCATCCAGGAAAGAATTCAGCAGAAGTTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 AAAAATGAAGGGCTCGCATCATCCAGGAAAGAATTCAGCAGAAGTTCACT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TTTTTTCTTATTCAAAGAGTCTGGAGTTTGTGTTAAGAAAATCAAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 TTTTTTCTTATTCAAAGAGTCTGGAGTTTGTGTTAAGAAAATCAAAGCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TAGCAAATCACAATGATCTGGTGGTGAAAGTAAAAGTCCTGAAAGTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 TAGCAAATCACAATGATCTGGTGGTGAAAGTAAAAGTCCTGAAAGTATTA

   1350     .
   1351 ACCAAACTC
        |||||||||
 101351 ACCAAACTC