seq1 = pF1KB8824.tfa, 1242 bp
seq2 = pF1KB8824/gi568815581f_44803830.tfa (gi568815581f:44803830_45005068), 201239 bp

>pF1KB8824 1242
>gi568815581f:44803830_45005068 (Chr17)

1-1242  (100001-101239)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACCTGGCCCTCACCACTGTGCTCCTGTGGGCATGGGGGAGTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||---|||||
 100001 ATGCACCTGGCCCTCACCACTGTGCTCCTGTGGGCATGGGGG   CTCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCTTTGAAATTGTGGAGAAGGAAAACATTTTTCAGAGGACCCCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 GGCCTTTGAAATTGTGGAGAAGGAAAACATTTTTCAGAGGACCCCCTGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCTTTCCTGATGTTTGAAAATGCAGCCTACCTGGCCGACATGAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100098 CTGCTTTCCTGATGTTTGAAAATGCAGCCTACCTGGCCGACATGAGCTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGCTTCCCTGTCACTGCAAACCCGAAGAGGTGCCAGCTGTAGTCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100148 GAGCTTCCCTGTCACTGCAAACCCGAAGAGGTGCCAGCTGTAGTCTGGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTACCAAAAGCACCTAGGTAGCAGCCACACCAAAGTGCTGACGGACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100198 CTACCAAAAGCACCTAGGTAGCAGCCACACCAAAGTGCTGACGGACTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATGGGCGGGTGCTGACGGAGGCAGCCCAGGTACGTGTGGGCAGCGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100248 ATGGGCGGGTGCTGACGGAGGCAGCCCAGGTACGTGTGGGCAGCGACATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGATCCGCTTCAGCATCCGCATGTTCAGCTTGTTGGTTTTCAGGGCTCA
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100298 CTGACCCGCTTCAGCATCCGCATGTTCAGCTTGTTGGTTTTCAGGGCTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTCTGAGGACTCAGGCCTGTACTTCTGCGGCACCCGCAAGGGGGACTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100348 GTCTGAGGACTCAGGCCTGTACTTCTGCGGCACCCGCAAGGGGGACTACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTTACGCCTACGATGTGGACATCCAGAACAGTGAGGGAATGGTGGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100398 TTTACGCCTACGATGTGGACATCCAGAACAGTGAGGGAATGGTGGCCACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCCAGGACGAGGGCCAGGAGCCCTTTGCAGATGAATACTATGGGCACCT
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100448 TTCCAGGACAAGGGCCAGGAGCCCTTTGCAGATGAATACTATGGGCACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCATGTCTTCACCACCTTCTGGGAATGGACCCCCTGTGACCGCTGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100498 CCATGTCTTCACCACCTTCTGGGAATGGACCCCCTGTGACCGCTGCGGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGCGTGGGGAGCAGTGGCGCATCGGCCTCTGCTACCTGCAGAGCCCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100548 TGCGTGGGGAGCAGTGGCGCATCGGCCTCTGCTACCTGCAGAGCCCAGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTCTCCCCACGCTACCTCAAGGCCGTGCCCGATGTGGTGTCTTGTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100598 CTCTCCCCACGCTACCTCAAGGCCGTGCCCGATGTGGTGTCTTGTGGCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AAGGGCTGTGCCAAGGAAGCTGCGGACCAAGGCCAGGGACCACACGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100648 AAGGGCTGTGCCAAGGAAGCTGCGGACCAAGGCCAGGGACCACACGCCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGGTGCTGGTTCGGAGCTGCTTAGTACCCTGTGAGAAGACAAAGACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100698 AGGTGCTGGTTCGGAGCTGCTTAGTACCCTGTGAGAAGACAAAGACCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CGGGAGGGCGTGCTGGCCATCATTAACTATGTGTCCAAAGTGGGCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100748 CGGGAGGGCGTGCTGGCCATCATTAACTATGTGTCCAAAGTGGGCAGCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GCCCTGGGTGCCCCAGGTGCCCATTCAGTTCCACCAGCAGAGACTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100798 GCCCTGGGTGCCCCAGGTGCCCATTCAGTTCCACCAGCAGAGACTGGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATGGACTCATCATCTCCTGTCCTGGGGCCCGGCCAGAGCATGCAGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100848 ATGGACTCATCATCTCCTGTCCTGGGGCCCGGCCAGAGCATGCAGTGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TGGGACAAAGACCGCCAGCACCTCTACCGCACACAGTACCTGAAGGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100898 TGGGACAAAGACCGCCAGCACCTCTACCGCACACAGTACCTGAAGGGTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CAACAGGTCCATGAGGGTGTTCATTGACCACGGCAACCAGCTCCACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100948 CAACAGGTCCATGAGGGTGTTCATTGACCACGGCAACCAGCTCCACATCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GCTTCACCCAGCTGGATGACCGGGGCATCTACTATTGCTGGAGGCAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100998 GCTTCACCCAGCTGGATGACCGGGGCATCTACTATTGCTGGAGGCAGGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GTGCTAGTTGCTGGCTTCCGGCTGGGTGTGACATCTCATGGGCGCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 101048 GTGCTAGTTGCTGGCTTCCGGCTGGGTGTGACATCTCATGGGCACTACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 AGCCTCGTTCTCAGATCCTGAGACTCGCTCGGCTGTGGAGCTCACCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101098 AGCCTCGTTCTCAGATCCTGAGACTCGCTCGGCTGTGGAGCTCACCCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TAGGCTACCTGCTCATCACAGCAGTCTTTGTCACCATTCACTTCTGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101148 TAGGCTACCTGCTCATCACAGCAGTCTTTGTCACCATTCACTTCTGTCGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 TGCTGCTGCTACTTATTTCACTGTTGTCCCAGCTTCTCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101198 TGCTGCTGCTACTTATTTCACTGTTGTCCCAGCTTCTCCCCC