seq1 = pF1KB8823.tfa, 1212 bp
seq2 = pF1KB8823/gi568815586f_56895210.tfa (gi568815586f:56895210_57096421), 201212 bp

>pF1KB8823 1212
>gi568815586f:56895210_57096421 (Chr12)

1-1212  (100001-101212)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGTGAAACCCAGCTGGGGGCCTGGCCCCTCGGAGGGGGTCACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGTGAAACCCAGCTGGGGGCCTGGCCCCTCGGAGGGGGTCACCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTGCCTACCAGTGACCTTGGAGAGATCCACAACTGGACCGAGCTGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTGCCTACCAGTGACCTTGGAGAGATCCACAACTGGACCGAGCTGCTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCTCTTCAACCACACTTTGTCTGAGTGCCACGTGGAGCTCAGCCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCTCTTCAACCACACTTTGTCTGAGTGCCACGTGGAGCTCAGCCAGAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCAAGCGCGTGGTCCTCTTTGCCCTCTACCTGGCCATGTTTGTGGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCAAGCGCGTGGTCCTCTTTGCCCTCTACCTGGCCATGTTTGTGGTTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTGGTGGAGAACCTCCTGGTGATATGCGTCAACTGGCGCGGCTCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTGGTGGAGAACCTCCTGGTGATATGCGTCAACTGGCGCGGCTCAGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGGCAGGGCTGATGAACCTCTACATCCTCAACATGGCCATCGCGGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGGCAGGGCTGATGAACCTCTACATCCTCAACATGGCCATCGCGGACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCATTGTCCTGTCTCTGCCCGTGTGGATGCTGGAGGTCACGCTGGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCATTGTCCTGTCTCTGCCCGTGTGGATGCTGGAGGTCACGCTGGACTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CACCTGGCTCTGGGGCAGCTTCTCCTGCCGCTTCACTCACTACTTCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CACCTGGCTCTGGGGCAGCTTCTCCTGCCGCTTCACTCACTACTTCTACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTGTCAACATGTATAGCAGCATCTTCTTCCTGGTGTGCCTCAGTGTCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTGTCAACATGTATAGCAGCATCTTCTTCCTGGTGTGCCTCAGTGTCGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGCTATGTCACCCTCACCAGCGCCTCCCCCTCCTGGCAGCGTTACCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGCTATGTCACCCTCACCAGCGCCTCCCCCTCCTGGCAGCGTTACCAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCGAGTGCGGCGGGCCATGTGTGCAGGCATCTGGGTCCTCTCGGCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCGAGTGCGGCGGGCCATGTGTGCAGGCATCTGGGTCCTCTCGGCCATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCCCGCTGCCTGAGGTGGTCCACATCCAGCTGGTGGAGGGCCCTGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCCCGCTGCCTGAGGTGGTCCACATCCAGCTGGTGGAGGGCCCTGAGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATGTGCCTCTTCATGGCACCTTTTGAAACGTACAGCACCTGGGCCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATGTGCCTCTTCATGGCACCTTTTGAAACGTACAGCACCTGGGCCCTGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGTGGCCCTGTCCACCACCATCCTGGGCTTCCTGCTGCCCTTCCCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGTGGCCCTGTCCACCACCATCCTGGGCTTCCTGCTGCCCTTCCCTCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCACAGTCTTCAATGTGCTGACAGCCTGCCGGCTGCGGCAGCCAGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCACAGTCTTCAATGTGCTGACAGCCTGCCGGCTGCGGCAGCCAGGACAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCCAAGAGCCGGCGCCACTGCCTGCTGCTGTGCGCCTACGTGGCCGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCCAAGAGCCGGCGCCACTGCCTGCTGCTGTGCGCCTACGTGGCCGTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGTCATGTGCTGGCTGCCCTATCATGTGACCCTGCTGCTGCTCACACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGTCATGTGCTGGCTGCCCTATCATGTGACCCTGCTGCTGCTCACACTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATGGGACCCACATCTCCCTCCACTGCCACCTGGTCCACCTGCTCTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATGGGACCCACATCTCCCTCCACTGCCACCTGGTCCACCTGCTCTACTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTCTATGATGTCATTGACTGCTTCTCCATGCTGCACTGTGTCATCAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTCTATGATGTCATTGACTGCTTCTCCATGCTGCACTGTGTCATCAACCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CATCCTTTACAACTTTCTCAGCCCACACTTCCGGGGCCGGCTCCTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CATCCTTTACAACTTTCTCAGCCCACACTTCCGGGGCCGGCTCCTGAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CTGTAGTCCATTACCTTCCTAAGGACCAGACCAAGGCGGGCACATGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CTGTAGTCCATTACCTTCCTAAGGACCAGACCAAGGCGGGCACATGCGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TCCTCTTCCTCCTGTTCCACCCAGCATTCCATCATCATCACCAAGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TCCTCTTCCTCCTGTTCCACCCAGCATTCCATCATCATCACCAAGGGTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TAGCCAGCCTGCTGCAGCAGCCCCCCACCCTGAGCCAAGCCTGAGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TAGCCAGCCTGCTGCAGCAGCCCCCCACCCTGAGCCAAGCCTGAGCTTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGGCACACCATTTGCTTCCAAATACTTCCCCCATCTCTCCCACTCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AGGCACACCATTTGCTTCCAAATACTTCCCCCATCTCTCCCACTCAGCCT

   1200     .    :
   1201 CTTACACCCAGC
        ||||||||||||
 101201 CTTACACCCAGC