seq1 = pF1KB8820.tfa, 1152 bp
seq2 = pF1KB8820/gi568815595f_42764503.tfa (gi568815595f:42764503_42965654), 201152 bp

>pF1KB8820 1152
>gi568815595f:42764503_42965654 (Chr3)

1-1152  (100001-101152)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCCACTGCCTCTCCGCAGCCACTCGCCACTGAGGATGCCGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCCACTGCCTCTCCGCAGCCACTCGCCACTGAGGATGCCGATTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAGAATAGCAGCTTCTATTACTATGACTACCTGGATGAAGTGGCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAGAATAGCAGCTTCTATTACTATGACTACCTGGATGAAGTGGCCTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTCTGCAGGAAGGATGCAGTGGTGTCCTTTGGCAAAGTCTTCCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTCTGCAGGAAGGATGCAGTGGTGTCCTTTGGCAAAGTCTTCCTCCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCTTCTATAGCCTGATTTTTGTGTTGGGCCTCAGCGGGAACCTCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTCTTCTATAGCCTGATTTTTGTGTTGGGCCTCAGCGGGAACCTCCTTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCTCATGGTCTTGCTCCGTTACGTGCCTCGCAGGCGGATGGTTGAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCTCATGGTCTTGCTCCGTTACGTGCCTCGCAGGCGGATGGTTGAGATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATCTGCTGAATCTGGCCATCTCCAACCTTCTGTTTCTGGTGACACTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATCTGCTGAATCTGGCCATCTCCAACCTTCTGTTTCTGGTGACACTGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCTGGGGCATCTCCGTGGCCTGGCATTGGGTCTTCGGGAGTTTCTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCTGGGGCATCTCCGTGGCCTGGCATTGGGTCTTCGGGAGTTTCTTGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAAGATGGTGAGCACTCTTTATACTATTAACTTTTACAGTGGCATCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAAGATGGTGAGCACTCTTTATACTATTAACTTTTACAGTGGCATCTTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCATTAGCTGCATGAGCCTGGACAAGTACCTGGAGATCGTTCATGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCATTAGCTGCATGAGCCTGGACAAGTACCTGGAGATCGTTCATGCTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCCTACCACAGGCTGAGGACCCGGGCCAAGAGCCTGCTCCTTGCTACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCCTACCACAGGCTGAGGACCCGGGCCAAGAGCCTGCTCCTTGCTACCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGTATGGGCTGTGTCCCTGGCCGTCTCCATCCCTGATATGGTCTTTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGTATGGGCTGTGTCCCTGGCCGTCTCCATCCCTGATATGGTCTTTGTAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGACACATGAAAATCCCAAGGGTGTGTGGAACTGCCACGCAGATTTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGACACATGAAAATCCCAAGGGTGTGTGGAACTGCCACGCAGATTTCGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGGCATGGGACCATTTGGAAGCTCTTCCTCCGCTTCCAGCAGAACCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGGCATGGGACCATTTGGAAGCTCTTCCTCCGCTTCCAGCAGAACCTCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGGGTTTCTCCTTCCACTCCTTGCCATGATCTTCTTCTACTCCCGTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGGGTTTCTCCTTCCACTCCTTGCCATGATCTTCTTCTACTCCCGTATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GTTGTGTCTTGGTGAGGCTGAGGCCCGCAGGCCAGGGCCGGGCTTTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GTTGTGTCTTGGTGAGGCTGAGGCCCGCAGGCCAGGGCCGGGCTTTAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATAGCTGCAGCCTTGGTGGTGGCCTTCTTCGTGCTATGGTTCCCATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ATAGCTGCAGCCTTGGTGGTGGCCTTCTTCGTGCTATGGTTCCCATACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TCTCACCTTGTTTCTGCATACGCTGTTGGACCTGCAAGTATTCGGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TCTCACCTTGTTTCTGCATACGCTGTTGGACCTGCAAGTATTCGGGAACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GTGAGGTCAGCCAGCATCTAGACTACGCACTCCAGGTAACAGAGAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GTGAGGTCAGCCAGCATCTAGACTACGCACTCCAGGTAACAGAGAGCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCCTTCCTTCACTGCTGCTTTTCCCCCATCCTGTATGCCTTCTCCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCCTTCCTTCACTGCTGCTTTTCCCCCATCCTGTATGCCTTCTCCAGTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCGCTTCCGCCAGTACCTGAAGGCTTTCCTGGCTGCCGTGCTTGGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CCGCTTCCGCCAGTACCTGAAGGCTTTCCTGGCTGCCGTGCTTGGATGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ACCTGGCACCTGGCACTGCCCAGGCCTCATTATCCAGCTGTTCTGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ACCTGGCACCTGGCACTGCCCAGGCCTCATTATCCAGCTGTTCTGAGAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AGCATACTTACTGCCCAAGAGGAAATGACTGGCATGAATGACCTTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AGCATACTTACTGCCCAAGAGGAAATGACTGGCATGAATGACCTTGGAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GAGGCAGTCTGAGAACTCCCCTAACAAGGAGGATGTGGGGAATAAATCAG
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GAGGCAGTCTGAGAACTACCCTAACAAGGAGGATGTGGGGAATAAATCAG

   1150 
   1151 CC
        ||
 101151 CC