seq1 = pF1KB8817.tfa, 1143 bp
seq2 = pF1KB8817/gi568815594f_155113940.tfa (gi568815594f:155113940_155315082), 201143 bp

>pF1KB8817 1143
>gi568815594f:155113940_155315082 (Chr4)

1-1143  (100001-101143)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTCCAATAGGTGCAGAGGCTGATGAGAACCAGACAGTGGAAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTCCAATAGGTGCAGAGGCTGATGAGAACCAGACAGTGGAAGAAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGGTGGAACAATACGGGCCACAAACAACTCCTAGAGGTGAACTGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGGTGGAACAATACGGGCCACAAACAACTCCTAGAGGTGAACTGGTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGACCCTGAGCCAGAGCTTATAGATAGTACCAAGCTGATTGAGGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGACCCTGAGCCAGAGCTTATAGATAGTACCAAGCTGATTGAGGTACAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTTGTTCTCATATTGGCCTACTGCTCCATCATCTTGCTTGGGGTAATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTTGTTCTCATATTGGCCTACTGCTCCATCATCTTGCTTGGGGTAATTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAACTCCTTGGTGATCCATGTGGTGATCAAATTCAAGAGCATGCGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAACTCCTTGGTGATCCATGTGGTGATCAAATTCAAGAGCATGCGCACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TAACCAACTTTTTCATTGCCAATCTGGCTGTGGCAGATCTTTTGGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TAACCAACTTTTTCATTGCCAATCTGGCTGTGGCAGATCTTTTGGTGAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACTCTGTGTCTACCGTTCACTCTTACCTATACCTTAATGGGGGAGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACTCTGTGTCTACCGTTCACTCTTACCTATACCTTAATGGGGGAGTGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AATGGGTCCTGTCCTGTGCCACCTGGTGCCCTATGCCCAGGGCCTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AATGGGTCCTGTCCTGTGCCACCTGGTGCCCTATGCCCAGGGCCTGGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TACAAGTATCCACAATCACCTTGACAGTAATTGCCCTGGACCGGCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TACAAGTATCCACAATCACCTTGACAGTAATTGCCCTGGACCGGCACAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGCATCGTCTACCACCTAGAGAGCAAGATCTCCAAGCGAATCAGCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGCATCGTCTACCACCTAGAGAGCAAGATCTCCAAGCGAATCAGCTTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GATTATTGGCTTGGCCTGGGGCATCAGTGCCCTGCTGGCAAGTCCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GATTATTGGCTTGGCCTGGGGCATCAGTGCCCTGCTGGCAAGTCCCCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCATCTTCCGGGAGTATTCGCTGATTGAGATCATCCCGGACTTTGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCATCTTCCGGGAGTATTCGCTGATTGAGATCATCCCGGACTTTGAGATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTGGCCTGTACTGAAAAGTGGCCTGGCGAGGAGAAGAGCATCTATGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTGGCCTGTACTGAAAAGTGGCCTGGCGAGGAGAAGAGCATCTATGGCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGTCTATAGTCTTTCTTCCTTGTTGATCTTGTATGTTTTGCCTCTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGTCTATAGTCTTTCTTCCTTGTTGATCTTGTATGTTTTGCCTCTGGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTATATCATTTTCCTACACTCGCATTTGGAGTAAATTGAAGAACCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTATATCATTTTCCTACACTCGCATTTGGAGTAAATTGAAGAACCATGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGTCCTGGAGCTGCAAATGACCACTACCATCAGCGAAGGCAAAAAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGTCCTGGAGCTGCAAATGACCACTACCATCAGCGAAGGCAAAAAACCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAAAATGCTGGTGTGTGTGGTGGTGGTGTTTGCGGTCAGCTGGCTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAAAATGCTGGTGTGTGTGGTGGTGGTGTTTGCGGTCAGCTGGCTGCCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCCATGCCTTCCAGCTTGCCGTTGACATTGACAGCCAGGTCCTGGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCCATGCCTTCCAGCTTGCCGTTGACATTGACAGCCAGGTCCTGGACCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AAGGAGTACAAACTCATCTTCACAGTGTTCCACATTATCGCCATGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100901 AAGGAGTACAAACTCATCTTCACAGTGTTCCACATCATCGCCATGTGCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CACTTTTGCCAATCCCCTTCTCTATGGCTGGATGAACAGCAACTACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CACTTTTGCCAATCCCCTTCTCTATGGCTGGATGAACAGCAACTACAGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AGGCTTTCCTCTCGGCCTTCCGCTGTGAGCAGCGGTTGGATGCCATTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AGGCTTTCCTCTCGGCCTTCCGCTGTGAGCAGCGGTTGGATGCCATTCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TCTGAGGTGTCCGTGACATTCAAGGCTAAAAAGAACCTGGAGGTCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TCTGAGGTGTCCGTGACATTCAAGGCTAAAAAGAACCTGGAGGTCAGAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GAACAGTGGCCCCAATGACTCTTTCACAGAGGCTACCAATGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GAACAGTGGCCCCAATGACTCTTTCACAGAGGCTACCAATGTC