seq1 = pF1KB8809.tfa, 1080 bp
seq2 = pF1KB8809/gi568815595f_32853423.tfa (gi568815595f:32853423_33054502), 201080 bp

>pF1KB8809 1080
>gi568815595f:32853423_33054502 (Chr3)

1-1080  (100001-101080)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACCCCACGGATATAGCAGACACCACCCTCGATGAAAGCATATACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACCCCACGGATATAGCAGACACCACCCTCGATGAAAGCATATACAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAATTACTATCTGTATGAAAGTATCCCCAAGCCTTGCACCAAAGAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAATTACTATCTGTATGAAAGTATCCCCAAGCCTTGCACCAAAGAAGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAAGGCATTTGGGGAGCTCTTCCTGCCCCCACTGTATTCCTTGGTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCAAGGCATTTGGGGAGCTCTTCCTGCCCCCACTGTATTCCTTGGTTTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTATTTGGTCTGCTTGGAAATTCTGTGGTGGTTCTGGTCCTGTTCAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTATTTGGTCTGCTTGGAAATTCTGTGGTGGTTCTGGTCCTGTTCAAATA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAGCGGCTCAGGTCCATGACTGATGTGTACCTGCTCAACCTTGCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAGCGGCTCAGGTCCATGACTGATGTGTACCTGCTCAACCTTGCCATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGATCTGCTCTTCGTGTTTTCCCTCCCTTTTTGGGGCTACTATGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGATCTGCTCTTCGTGTTTTCCCTCCCTTTTTGGGGCTACTATGCAGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GACCAGTGGGTTTTTGGGCTAGGTCTGTGCAAGATGATTTCCTGGATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GACCAGTGGGTTTTTGGGCTAGGTCTGTGCAAGATGATTTCCTGGATGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTTGGTGGGCTTTTACAGTGGCATATTCTTTGTCATGCTCATGAGCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTTGGTGGGCTTTTACAGTGGCATATTCTTTGTCATGCTCATGAGCATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATAGATACCTGGCAATTGTGCACGCGGTGTTTTCCTTGAGGGCAAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATAGATACCTGGCAATTGTGCACGCGGTGTTTTCCTTGAGGGCAAGGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTGACTTATGGGGTCATCACCAGTTTGGCTACATGGTCAGTGGCTGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTGACTTATGGGGTCATCACCAGTTTGGCTACATGGTCAGTGGCTGTGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGCCTCCCTTCCTGGCTTTCTGTTCAGCACTTGTTATACTGAGCGCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CGCCTCCCTTCCTGGCTTTCTGTTCAGCACTTGTTATACTGAGCGCAACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATACCTACTGCAAAACCAAGTACTCTCTCAACTCCACGACGTGGAAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATACCTACTGCAAAACCAAGTACTCTCTCAACTCCACGACGTGGAAGGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTCAGCTCCCTGGAAATCAACATTCTCGGATTGGTGATCCCCTTAGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTCAGCTCCCTGGAAATCAACATTCTCGGATTGGTGATCCCCTTAGGGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATGCTGTTTTGCTACTCCATGATCATCAGGACCTTGCAGCATTGTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CATGCTGTTTTGCTACTCCATGATCATCAGGACCTTGCAGCATTGTAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATGAGAAGAAGAACAAGGCGGTGAAGATGATCTTTGCCGTGGTGGTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATGAGAAGAAGAACAAGGCGGTGAAGATGATCTTTGCCGTGGTGGTCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCCTTGGGTTCTGGACACCTTACAACATAGTGCTCTTCCTAGAGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCCTTGGGTTCTGGACACCTTACAACATAGTGCTCTTCCTAGAGACCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGTGGAGCTAGAAGTCCTTCAGGACTGCACCTTTGAAAGATACTTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGTGGAGCTAGAAGTCCTTCAGGACTGCACCTTTGAAAGATACTTGGACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATGCCATCCAGGCCACAGAAACTCTGGCTTTTGTTCACTGCTGCCTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATGCCATCCAGGCCACAGAAACTCTGGCTTTTGTTCACTGCTGCCTTAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CCCATCATCTACTTTTTTCTGGGGGAGAAATTTCGCAAGTACATCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CCCATCATCTACTTTTTTCTGGGGGAGAAATTTCGCAAGTACATCCTACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCTCTTCAAAACCTGCAGGGGCCTTTTTGTGCTCTGCCAATACTGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GCTCTTCAAAACCTGCAGGGGCCTTTTTGTGCTCTGCCAATACTGTGGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TCCTCCAAATTTACTCTGCTGACACCCCCAGCTCATCTTACACGCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TCCTCCAAATTTACTCTGCTGACACCCCCAGCTCATCTTACACGCAGTCC

   1050     .    :    .    :    .    :
   1051 ACCATGGATCATGATCTCCATGATGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ACCATGGATCATGATCTCCATGATGCTCTG