seq1 = pF1KB8808.tfa, 1065 bp
seq2 = pF1KB8808/gi568815595f_39232332.tfa (gi568815595f:39232332_39433396), 201065 bp

>pF1KB8808 1065
>gi568815595f:39232332_39433396 (Chr3)

1-1065  (100001-101065)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTATACACTTGACCTCAGTGTGACAACAGTGACCGACTACTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTATACACTTGACCTCAGTGTGACAACAGTGACCGACTACTACTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCTGATATCTTCTCAAGCCCCTGTGATGGGGAACTTATTCAGACAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100051 CCCTGATATCTTCTCAAGCCCCTGTGATGCGGAACTTATTCAGACAAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAAGTTGCTCCTTGCTGTCTTTTATTGCCTCCTGTTTGTATTCAGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAAGTTGCTCCTTGCTGTCTTTTATTGCCTCCTGTTTGTATTCAGTCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGGAAACAGCCTGGTCATCCTGGTCCTTGTGGTCTGCAAGAAGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGGAAACAGCCTGGTCATCCTGGTCCTTGTGGTCTGCAAGAAGCTGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAGCATCACAGATGTATACCTCTTGAACCTGGCCCTGTCTGACCTGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAGCATCACAGATGTATACCTCTTGAACCTGGCCCTGTCTGACCTGCTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGTCTTCTCCTTCCCCTTTCAGACCTACTATCTGCTGGACCAGTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGTCTTCTCCTTCCCCTTTCAGACCTACTATCTGCTGGACCAGTGGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTGGGACTGTAATGTGCAAAGTGGTGTCTGGCTTTTATTACATTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTGGGACTGTAATGTGCAAAGTGGTGTCTGGCTTTTATTACATTGGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTACAGCAGCATGTTTTTCATCACCCTCATGAGTGTGGACAGGTACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTACAGCAGCATGTTTTTCATCACCCTCATGAGTGTGGACAGGTACCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTGTTGTCCATGCCGTGTATGCCCTAAAGGTGAGGACGATCAGGATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTGTTGTCCATGCCGTGTATGCCCTAAAGGTGAGGACGATCAGGATGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACAACGCTGTGCCTGGCAGTATGGCTAACCGCCATTATGGCTACCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACAACGCTGTGCCTGGCAGTATGGCTAACCGCCATTATGGCTACCATCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ATTGCTAGTGTTTTACCAAGTGGCCTCTGAAGATGGTGTTCTACAGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ATTGCTAGTGTTTTACCAAGTGGCCTCTGAAGATGGTGTTCTACAGTGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATTCATTTTACAATCAACAGACTTTGAAGTGGAAGATCTTCACCAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATTCATTTTACAATCAACAGACTTTGAAGTGGAAGATCTTCACCAACTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AAAATGAACATTTTAGGCTTGTTGATCCCATTCACCATCTTTATGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AAAATGAACATTTTAGGCTTGTTGATCCCATTCACCATCTTTATGTTCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTACATTAAAATCCTGCACCAGCTGAAGAGGTGTCAAAACCACAACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTACATTAAAATCCTGCACCAGCTGAAGAGGTGTCAAAACCACAACAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCAAGGCCATCAGGTTGGTGCTCATTGTGGTCATTGCATCTTTACTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCAAGGCCATCAGGTTGGTGCTCATTGTGGTCATTGCATCTTTACTTTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TGGGTCCCATTCAACGTGGTTCTTTTCCTCACTTCCTTGCACAGTATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TGGGTCCCATTCAACGTGGTTCTTTTCCTCACTTCCTTGCACAGTATGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CATCTTGGATGGATGTAGCATAAGCCAACAGCTGACTTATGCCACCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CATCTTGGATGGATGTAGCATAAGCCAACAGCTGACTTATGCCACCCATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCACAGAAATCATTTCCTTTACTCACTGCTGTGTGAACCCTGTTATCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCACAGAAATCATTTCCTTTACTCACTGCTGTGTGAACCCTGTTATCTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCTTTTGTTGGGGAGAAGTTCAAGAAACACCTCTCAGAAATATTTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCTTTTGTTGGGGAGAAGTTCAAGAAACACCTCTCAGAAATATTTCAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 AAGTTGCAGCCAAATCTTCAACTACCTAGGAAGACAAATGCCTAGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AAGTTGCAGCCAAATCTTCAACTACCTAGGAAGACAAATGCCTAGGGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GCTGTGAAAAGTCATCATCCTGCCAGCAGCACTCCTCCCGTTCCTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GCTGTGAAAAGTCATCATCCTGCCAGCAGCACTCCTCCCGTTCCTCCAGC

   1050     .    :    .
   1051 GTAGACTACATTTTG
        |||||||||||||||
 101051 GTAGACTACATTTTG