seq1 = pF1KB8807.tfa, 1065 bp
seq2 = pF1KB8807/gi568815595f_46165159.tfa (gi568815595f:46165159_46366223), 201065 bp

>pF1KB8807 1065
>gi568815595f:46165159_46366223 (Chr3)

1-1065  (100001-101065)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAACCTCACTAGATACAGTTGAGACCTTTGGTACCACATCCTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACAACCTCACTAGATACAGTTGAGACCTTTGGTACCACATCCTACTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGATGACGTGGGCCTGCTCTGTGAAAAAGCTGATACCAGAGCACTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGATGACGTGGGCCTGCTCTGTGAAAAAGCTGATACCAGAGCACTGATGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCAGTTTGTGCCCCCGCTGTACTCCCTGGTGTTCACTGTGGGCCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCAGTTTGTGCCCCCGCTGTACTCCCTGGTGTTCACTGTGGGCCTCTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCAATGTGGTGGTGGTGATGATCCTCATAAAATACAGGAGGCTCCGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCAATGTGGTGGTGGTGATGATCCTCATAAAATACAGGAGGCTCCGAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TATGACCAACATCTACCTGCTCAACCTGGCCATTTCGGACCTGCTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TATGACCAACATCTACCTGCTCAACCTGGCCATTTCGGACCTGCTCTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCGTCACCCTTCCATTCTGGATCCACTATGTCAGGGGGCATAACTGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCGTCACCCTTCCATTCTGGATCCACTATGTCAGGGGGCATAACTGGGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTGGCCATGGCATGTGTAAGCTCCTCTCAGGGTTTTATCACACAGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTGGCCATGGCATGTGTAAGCTCCTCTCAGGGTTTTATCACACAGGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTACAGCGAGATCTTTTTCATAATCCTGCTGACAATCGACAGGTACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTACAGCGAGATCTTTTTCATAATCCTGCTGACAATCGACAGGTACCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATTGTCCATGCTGTGTTTGCCCTTCGAGCCCGGACTGTCACTTTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCATTGTCCATGCTGTGTTTGCCCTTCGAGCCCGGACTGTCACTTTTGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTCATCACCAGCATCGTCACCTGGGGCCTGGCAGTGCTAGCAGCTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTCATCACCAGCATCGTCACCTGGGGCCTGGCAGTGCTAGCAGCTCTTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGAATTTATCTTCTATGAGACTGAAGAGTTGTTTGAAGAGACTCTTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGAATTTATCTTCTATGAGACTGAAGAGTTGTTTGAAGAGACTCTTTGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GTGCTCTTTACCCAGAGGATACAGTATATAGCTGGAGGCATTTCCACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GTGCTCTTTACCCAGAGGATACAGTATATAGCTGGAGGCATTTCCACACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGAGAATGACCATCTTCTGTCTCGTTCTCCCTCTGCTCGTTATGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTGAGAATGACCATCTTCTGTCTCGTTCTCCCTCTGCTCGTTATGGCCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTGCTACACAGGAATCATCAAAACGCTGCTGAGGTGCCCCAGTAAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTGCTACACAGGAATCATCAAAACGCTGCTGAGGTGCCCCAGTAAAAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGTACAAGGCCATCCGGCTCATTTTTGTCATCATGGCGGTGTTTTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGTACAAGGCCATCCGGCTCATTTTTGTCATCATGGCGGTGTTTTTCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCTGGACACCCTACAATGTGGCTATCCTTCTCTCTTCCTATCAATCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCTGGACACCCTACAATGTGGCTATCCTTCTCTCTTCCTATCAATCCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTTATTTGGAAATGACTGTGAGCGGAGCAAGCATCTGGACCTGGTCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTTATTTGGAAATGACTGTGAGCGGAGCAAGCATCTGGACCTGGTCATGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGGTGACAGAGGTGATCGCCTACTCCCACTGCTGCATGAACCCGGTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGGTGACAGAGGTGATCGCCTACTCCCACTGCTGCATGAACCCGGTGATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TACGCCTTTGTTGGAGAGAGGTTCCGGAAGTACCTGCGCCACTTCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TACGCCTTTGTTGGAGAGAGGTTCCGGAAGTACCTGCGCCACTTCTTCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CAGGCACTTGCTCATGCACCTGGGCAGATACATCCCATTCCTTCCTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CAGGCACTTGCTCATGCACCTGGGCAGATACATCCCATTCCTTCCTAGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AGAAGCTGGAAAGAACCAGCTCTGTCTCTCCATCCACAGCAGAGCCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AGAAGCTGGAAAGAACCAGCTCTGTCTCTCCATCCACAGCAGAGCCGGAA

   1050     .    :    .
   1051 CTCTCTATTGTGTTT
        |||||||||||||||
 101051 CTCTCTATTGTGTTT