seq1 = pF1KB8756.tfa, 600 bp
seq2 = pF1KB8756/gi568815594f_40686112.tfa (gi568815594f:40686112_40886708), 200597 bp

>pF1KB8756 600
>gi568815594f:40686112_40886708 (Chr4)

1-600  (100001-100599)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAATGGGCTGTCAGACCAGACTTCTATCCTGTCCAACCTGCCTTC
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAATGGGCTATCAGACCAGACTTCTATCCTGTCCAACCTGCCTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTTCAGTCTTTCCACATTGTTATTCTGGGTTTGGACTGTGCGGGAAAGA
        ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 100051 ATTTCAGTCCTTCCACATTGTTATTCTGGGTTTGGACTGTGCTGGAAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAACTGTCTTATACAGGCTGCAGTTCAATGAATTTGTAAATACCGTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAACTGTCTTATACAGGCTGCAGTTCAATGAATTTGTAAATACCGTACCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCAAAGGATTTAACACTGAGAAAATTAAGGTAACCTTGGGAAATTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCAAAGGATTTAACACTGAGAAAATTAAGGTAACCTTGGGAAATTCTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AACAGTCACTTTTCACTTCTGGGATGTAGGTGGTCAGGAGAAATTAAGGC
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AACAGTCACTTTTCATTTCTGGGATGTAGGTGGTCAGGAGAAATTAAGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CACTGTGGAAGTCATATACCAGATGCACAGATGGCATTGTATTTGTTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100251 CACTGTGGAAGTCATATACCAGATGCACAGATGGCATTGTGTTTGTTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GACTCTGTTGATGTCGAAAGGATGGAAGAAGCCAAAACTGAACTTCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GACTCTGTTGATGTCGAAAGGATGGAAGAAGCCAAAACTGAACTTCACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AATAACTAGGATATCAGAAAATCAGGGAGTCCCTGTACTTATAGTTGCTA
        ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 100351 AATAAATAGGATATCAGAAAATCAAGGAGTCCCTGTACTTATAGTTGCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACAAACAAGATTTGAGGAACTCATTGTCACTTTCAGAAATTGAGAAATTG
        ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
 100401 ACAAACAAGATTTGAAGAACTCATTGTCTCTTTCAGAAATTGAGAAATTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTAGCAATGGGTGAACTGAGCTCATCAACTCCCTGGCATTTGCAGCCTAC
        |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
 100451 TTAGCAATGGGTGACCTGAGTTCATCAACTCCTTGGCATTTGCAGCCTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTGTGCAATCATAGGAGATGGCCTAAAGGAAGGACTTGAGAAACTACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTGTGCAATCATAGGAGATGGCCTAAAGGAAGGACTTGAGAAACTACATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATATGATCATTAAAAGAAGAAAAATGTTGCGGCAACAGAAAAAGAAAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-||
 100551 ATATGATCATTAAAAGAAGAAAAATGTTGCGGCAACAGAAAAAGAAA GA