seq1 = pF1KB8742.tfa, 1125 bp
seq2 = pF1KB8742/gi568815577f_38199262.tfa (gi568815577f:38199262_38400386), 201125 bp

>pF1KB8742 1125
>gi568815577f:38199262_38400386 (Chr21)

1-1125  (100001-101125)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGCCATTCACATCGGCATGTCCAGCACCCCCCTGGTGAAGCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGCCATTCACATCGGCATGTCCAGCACCCCCCTGGTGAAGCACAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCTGGGGCTGGGCTCAAGGCCAACAGACCCCGCGTCATGTCCAAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCTGGGGCTGGGCTCAAGGCCAACAGACCCCGCGTCATGTCCAAGAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCACAGCAACGTGAGAATTGACAAAGTGGATGGCATATACCTACTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCACAGCAACGTGAGAATTGACAAAGTGGATGGCATATACCTACTCTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCAAGACCTGTGGACCACAGTTATCGACATGAAGTGGAGATACAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGCAAGACCTGTGGACCACAGTTATCGACATGAAGTGGAGATACAAACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACCCTGTTCGCTGCCACTTTTGTGATGACCTGGTTCCTTTTTGGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACCCTGTTCGCTGCCACTTTTGTGATGACCTGGTTCCTTTTTGGAGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTACTATGCCATCGCGTTTATTCATGGGGACTTAGAACCCGGTGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTACTATGCCATCGCGTTTATTCATGGGGACTTAGAACCCGGTGAGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATTTCAAATCATACCCCCTGCATCATGAAAGTGGACTCTCTCACTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATTTCAAATCATACCCCCTGCATCATGAAAGTGGACTCTCTCACTGGGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTTTCTCTTTTCCCTGGAATCCCAGACAACCATTGGCTATGGAGTCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTTTCTCTTTTCCCTGGAATCCCAGACAACCATTGGCTATGGAGTCCGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATCACAGAGGAATGTCCTCATGCCATCTTCCTGTTGGTTGCTCAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCATCACAGAGGAATGTCCTCATGCCATCTTCCTGTTGGTTGCTCAGTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTCATCACGACCTTGATTGAGATCTTCATCACCGGAACCTTCCTGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTCATCACGACCTTGATTGAGATCTTCATCACCGGAACCTTCCTGGCCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AATCGCCAGACCCAAAAAGCGGGCTGAGACCATCAAGTTCAGCCACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AATCGCCAGACCCAAAAAGCGGGCTGAGACCATCAAGTTCAGCCACTGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAGTCATCACCAAGCAGAATGGGAAGCTGTGCTTGGTGATTCAGGTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CAGTCATCACCAAGCAGAATGGGAAGCTGTGCTTGGTGATTCAGGTAGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AATATGAGGAAGAGCCTCTTGATTCAGTGCCAGCTCTCTGGCAAGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AATATGAGGAAGAGCCTCTTGATTCAGTGCCAGCTCTCTGGCAAGCTCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCAGACCCACGTCACCAAGGAGGGGGAGCGGATTCTCCTCAACCAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCAGACCCACGTCACCAAGGAGGGGGAGCGGATTCTCCTCAACCAAGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTGTCAAATTCCACGTGGACTCCTCCTCTGAGAGCCCCTTCCTCATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTGTCAAATTCCACGTGGACTCCTCCTCTGAGAGCCCCTTCCTCATTCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCCATGACATTCTACCATGTGCTGGATGAGACGAGCCCCCTGAGAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCCATGACATTCTACCATGTGCTGGATGAGACGAGCCCCCTGAGAGACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CACACCCCAAAACCTAAAGGAGAAGGAGTTTGAGCTTGTGGTCCTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CACACCCCAAAACCTAAAGGAGAAGGAGTTTGAGCTTGTGGTCCTCCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATGCCACTGTGGAATCCACCAGCGCTGTCTGCCAGAGCCGAACATCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATGCCACTGTGGAATCCACCAGCGCTGTCTGCCAGAGCCGAACATCTTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATCCCAGAGGAAATCTACTGGGGTTTTGAGTTTGTGCCTGTGGTATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATCCCAGAGGAAATCTACTGGGGTTTTGAGTTTGTGCCTGTGGTATCTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CTCCAAAAATGGAAAATATGTGGCTGATTTCAGTCAGTTTGAACAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CTCCAAAAATGGAAAATATGTGGCTGATTTCAGTCAGTTTGAACAGATTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GGAAAAGCCCAGATTGCACATTTTACTGTGCAGATTCTGAGAAACAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GGAAAAGCCCAGATTGCACATTTTACTGTGCAGATTCTGAGAAACAGCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CTCGAGGAGAAGTACAGGCAGGAGGATCAGAGGGAAAGAGAACTGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CTCGAGGAGAAGTACAGGCAGGAGGATCAGAGGGAAAGAGAACTGAGGAC

   1100     .    :    .    :    .
   1101 ACTTTTATTACAACAGAGCAATGTC
        |||||||||||||||||||||||||
 101101 ACTTTTATTACAACAGAGCAATGTC