seq1 = pF1KB8735.tfa, 822 bp
seq2 = pF1KB8735/gi568815593f_177355068.tfa (gi568815593f:177355068_177556118), 201051 bp

>pF1KB8735 822
>gi568815593f:177355068_177556118 (Chr5)

1-427  (100001-100427)   100% ->
428-822  (100657-101051)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGATGTCCCAGGGCACCTACACGTTCCTCACGTGCTTCGCCGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGATGTCCCAGGGCACCTACACGTTCCTCACGTGCTTCGCCGGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGGCTCATCTGGGGTCTCATCGTCCTGCTCTGCTGCTTCTGCAGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGGCTCATCTGGGGTCTCATCGTCCTGCTCTGCTGCTTCTGCAGCTTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCGCCGCCGCCTCAAACGGCGCCAGGAGGAGCGACTGCGCGAGCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCGCCGCCGCCTCAAACGGCGCCAGGAGGAGCGACTGCGCGAGCAGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCGCGCCCTAGAGCTGGAGCCCCTCGAACTCGAGGGCAGTCTGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGCGCGCCCTAGAGCTGGAGCCCCTCGAACTCGAGGGCAGTCTGGCCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAGCCCCCCGGGCCTGGCGCCGCCGCAGCCACCACCACACCGTAGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAGCCCCCCGGGCCTGGCGCCGCCGCAGCCACCACCACACCGTAGCCGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGAGGCGCCGGCTCACGCGCACTCGCATCCGCACGTGCACGTGCACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGAGGCGCCGGCTCACGCGCACTCGCATCCGCACGTGCACGTGCACCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGCTGCACCACGGGCCCGCGCAGCCGCACGCGCACGCGCACCCACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGCTGCACCACGGGCCCGCGCAGCCGCACGCGCACGCGCACCCACACCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCACCACCACGCGCTCCCGCACCCGCCGCCTACGCACCTGTCGGTGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCACCACCACGCGCTCCCGCACCCGCCGCCTACGCACCTGTCGGTGCCGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CACGGCCCTGGAGCTACCCGCGCCAAG         CGGAATCGGACATG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100401 CACGGCCCTGGAGCTACCCGCGCCAAGGTG...CAGCGGAATCGGACATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCCAAACCACCGTGTTACGAAGAGGCGGTGCTGATGGCAGAGCCGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100671 TCCAAACCACCGTGTTACGAAGAGGCGGTGCTGATGGCAGAGCCGCCGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCCCTATAGCGAGGTGCTCACGGACACGCGCGGCCTCTACCGCAAGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100721 GCCCTATAGCGAGGTGCTCACGGACACGCGCGGCCTCTACCGCAAGATCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCACGCCCTTCCTGAGTCGCCGCGACAGCGCGGAGAAGCAGGAGCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100771 TCACGCCCTTCCTGAGTCGCCGCGACAGCGCGGAGAAGCAGGAGCAGCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCTCCCAGCTACAAGCCGCTCTTCCTGGACCGGGGCTACACCTCGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100821 CCTCCCAGCTACAAGCCGCTCTTCCTGGACCGGGGCTACACCTCGGCGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCACCTGCCCAGCGCCCCTCGGCCCGCGCCGCCCTGCCCAGCCCTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100871 GCACCTGCCCAGCGCCCCTCGGCCCGCGCCGCCCTGCCCAGCCCTCTGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGCAGGCCGACCGTGGCCGCCGGGTCTTCCCCAGCTGGACCGACTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100921 TGCAGGCCGACCGTGGCCGCCGGGTCTTCCCCAGCTGGACCGACTCAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CTCAGCAGCCGCGAGCCCCTGGAGCACGGAGCTTGGCGTCTGCCGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100971 CTCAGCAGCCGCGAGCCCCTGGAGCACGGAGCTTGGCGTCTGCCGGTCTC

    800     .    :    .    :    .    :
    792 CATCCCCTTGTTCGGGAGGACTACAGCCGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 101021 CATCCCCTTGTTCGGGAGGACTACAGCCGTA