seq1 = pF1KB8734.tfa, 1653 bp
seq2 = pF1KB8734/gi568815589r_20246446.tfa (gi568815589r:20246446_20720835), 474390 bp

>pF1KB8734 1653
>gi568815589r:20246446_20720835 (Chr9)

(complement)

4-193  (99994-100182)   97% ->
194-276  (264050-264132)   100% ->
277-420  (272570-272713)   100% ->
421-445  (306411-306435)   100% ->
446-1074  (306482-307115)   99% ->
1075-1150  (355092-355167)   100% ->
1151-1280  (357231-357360)   100% ->
1281-1380  (359995-360094)   100% ->
1381-1452  (365957-366028)   100% ->
1453-1524  (367240-367311)   100% ->
1525-1653  (374262-374390)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      4 GCTAGCTCGTGTGCCGTGCAGGTGAAGCTGGAGCTGGGGCACCGCGCCCA
        ||  || -||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99994 GCCCGCA GTGTGCCGTGCAGGTGAAGCTGGAGCTGGGGCACCGCGCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     54 GGTGAGGAAAAAACCCACCGTGGAGGGCTTCACCCACGACTGGATGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100043 GGTGAGGAAAAAACCCACCGTGGAGGGCTTCACCCACGACTGGATGGTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    104 TCGTACGCGGTCCGGAGCACAGTAACATACAGCACTTTGTGGAGAAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100093 TCGTACGCGGTCCGGAGCACAGTAACATACAGCACTTTGTGGAGAAAGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    154 GTCTTCCACTTGCACGAAAGCTTTCCTAGGCCAAAAAGAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100143 GTCTTCCACTTGCACGAAAGCTTTCCTAGGCCAAAAAGAGGTA...CAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    195 GTGCAAAGATCCACCTTACAAAGTAGAAGAATCTGGGTATGCTGGTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 264051 GTGCAAAGATCCACCTTACAAAGTAGAAGAATCTGGGTATGCTGGTTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    245 TTTTGCCAATTGAAGTTTATTTTAAAAACAAG         GAAGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 264101 TTTTGCCAATTGAAGTTTATTTTAAAAACAAGGTA...CAGGAAGAACCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    286 AGGAAAGTCCGCTTTGATTATGACTTATTCCTGCATCTTGAAGGCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272579 AGGAAAGTCCGCTTTGATTATGACTTATTCCTGCATCTTGAAGGCCATCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    336 ACCAGTGAATCACCTCCGCTGTGAAAAGCTAACTTTCAACAACCCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272629 ACCAGTGAATCACCTCCGCTGTGAAAAGCTAACTTTCAACAACCCCACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    386 AGGACTTTAGGAGAAAGTTGCTGAAGGCAGGAGGG         GACCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 272679 AGGACTTTAGGAGAAAGTTGCTGAAGGCAGGAGGGGTA...CAGGACCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    427 AATAGGAGTATTCATACCA           GCAGC   AGCAGCAGCAGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>--|||||---||||||||||||
 306417 AATAGGAGTATTCATACCAGCA...CAGCAGCAGCAGTAGCAGCAGCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    463 AGCAGCAGCAGCAGCAGCAGTAGCAGCAGCAGTAGCAGCAGCAGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306504 AGCAGCAGCAGCAGCAGCAGTAGCAGCAGCAGTAGCAGCAGCAGCAGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    513 CAGTAGTACCAGTTTTTCAAAGCCTCACAAATTAATGAAGGAGCACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306554 CAGTAGTACCAGTTTTTCAAAGCCTCACAAATTAATGAAGGAGCACAAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    563 AAAAACCTTCTAAAGACTCCAGAGAACATAAAAGTGCCTTCAAAGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306604 AAAAACCTTCTAAAGACTCCAGAGAACATAAAAGTGCCTTCAAAGAACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    613 TCCAGGGATCACAACAAATCTTCCAAAGAATCCTCTAAGAAACCCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306654 TCCAGGGATCACAACAAATCTTCCAAAGAATCCTCTAAGAAACCCAAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    663 AAATAAACCACTGAAAGAAGAGAAAATAGTTCCTAAGATGGCCTTCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306704 AAATAAACCACTGAAAGAAGAGAAAATAGTTCCTAAGATGGCCTTCAAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    713 AACCTAAACCCATGTCAAAAGAGCCAAAACCAGATAGTAACTTACTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306754 AACCTAAACCCATGTCAAAAGAGCCAAAACCAGATAGTAACTTACTCACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    763 ATCACCAGTGGACAAGATAAGAAGGCTCCTAGTAAAAGGCCGCCCATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306804 ATCACCAGTGGACAAGATAAGAAGGCTCCTAGTAAAAGGCCGCCCATTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    813 AGATTCTGAAGAACTCTCAGCCAAAAAAAGGAAAAAGAGTAGCTCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306854 AGATTCTGAAGAACTCTCAGCCAAAAAAAGGAAAAAGAGTAGCTCAGAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    863 CTTTATTTAAAAGTTTTTCTAGCGCACCACCACTGATACTCACTTGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306904 CTTTATTTAAAAGTTTTTCTAGCGCACCACCACTGATACTCACTTGTTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    913 GCTGACAAAAAACAGATAAAAGATAAATCTCATGTCAAGATGGGAAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306954 GCTGACAAAAAACAGATAAAAGATAAATCTCATGTCAAGATGGGAAAGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    963 CAAAATTGAAAGTGAGACATCAGAGAAGAAGAAATCAACGTTACCGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307004 CAAAATTGAAAGTGAGACATCAGAGAAGAAGAAATCAACGTTACCGCCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1013 TTGATGATATTGTGGATCCCAATGATTCAGATGTGGAGGAGAATATATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307054 TTGATGATATTGTGGATCCCAATGATTCAGATGTGGAGGAGAATATATCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1063 TCTAAATCTGAT         TCTGAACAACCCAGTCCTGCCAGCTCCAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 307104 TCTAAATCTGATGTG...AAGTCTGAACAACCCAGTCCTGCCAGCTCCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1104 CTCCAGCTCCAGCTCCAGCTTCACACCATCCCAGACCAGGCAACAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 355121 CTCCAGCTCCAGCTCCAGCTTCACACCATCCCAGACCAGGCAACAAGGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151       GTCCTTTGAGGTCTATAATGAAAGATCTGCATTCTGATGACAAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 355171 ...CAGGTCCTTTGAGGTCTATAATGAAAGATCTGCATTCTGATGACAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1195 GAGGAGGAATCAGATGAAGTGGAGGATAACGACAATGACTCTGAAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 357275 GAGGAGGAATCAGATGAAGTGGAGGATAACGACAATGACTCTGAAATGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1245 GAGGCCTGTAAATAGAGGAGGCAGCCGAAGTCGCAG         AGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 357325 GAGGCCTGTAAATAGAGGAGGCAGCCGAAGTCGCAGGTG...CAGAGTTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1286 GCTTAAGTGATGGCAGCGATAGTGAAAGCAGTTCTGCTTCTTCACCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 360000 GCTTAAGTGATGGCAGCGATAGTGAAAGCAGTTCTGCTTCTTCACCCCTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1336 CATCACGAACCTCCACCACCCTTACTAAAAACCAACAACAACCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 360050 CATCACGAACCTCCACCACCCTTACTAAAAACCAACAACAACCAGGTA..

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1381     ATTCTTGAAGTGAAAAGTCCAATAAAGCAAAGCAAATCAGATAAGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 360100 .TAGATTCTTGAAGTGAAAAGTCCAATAAAGCAAAGCAAATCAGATAAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1427 AAATAAAGAATGGTGAATGTGACAAG         GCATACCTAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 366003 AAATAAAGAATGGTGAATGTGACAAGGTA...CAGGCATACCTAGATGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1468 CTGGTAGAGCTTCACAGAAGGTTAATGACATTGAGAGAAAGACACATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367255 CTGGTAGAGCTTCACAGAAGGTTAATGACATTGAGAGAAAGACACATTCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1518 GCAGCAG         ATCGTGAACCTTATAGAAGAAACTGGACACTTTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367305 GCAGCAGGTG...TAGATCGTGAACCTTATAGAAGAAACTGGACACTTTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1559 ATATCACAAACACAACATTTGATTTTGATCTTTGCTCGCTGGACAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 374296 ATATCACAAACACAACATTTGATTTTGATCTTTGCTCGCTGGACAAAACC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1609 ACAGTCCGTAAACTACAGAGTTACCTGGAAACATCTGGAACATCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 374346 ACAGTCCGTAAACTACAGAGTTACCTGGAAACATCTGGAACATCC