seq1 = pF1KB8733.tfa, 1464 bp
seq2 = pF1KB8733/gi568815592f_30229318.tfa (gi568815592f:30229318_30442256), 212939 bp

>pF1KB8733 1464
>gi568815592f:30229318_30442256 (Chr6)

1-453  (100001-100453)   100% ->
454-549  (101464-101559)   100% ->
550-780  (106428-106658)   100% ->
781-803  (110591-110613)   100% ->
804-919  (111188-111303)   100% ->
920-1464  (112395-112939)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAGACAAGTCTGTTAGAGGCTGGGGCCTCTGCAGCCTCTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGAGACAAGTCTGTTAGAGGCTGGGGCCTCTGCAGCCTCTACAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCGGCTTTGGAGAACTTACAGGTGGAGGCGAGCTGCTCTGTGTGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCGGCTTTGGAGAACTTACAGGTGGAGGCGAGCTGCTCTGTGTGCCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTATCTGAAGGAACCTGTCATCATTGAGTGTGGGCACAACTTCTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTATCTGAAGGAACCTGTCATCATTGAGTGTGGGCACAACTTCTGCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTTGCATCACCCGCTGGTGGGAGGACCTAGAGAGGGACTTCCCTTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCTTGCATCACCCGCTGGTGGGAGGACCTAGAGAGGGACTTCCCTTGTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGTCTGTCGAAAGACATCCCGCTACCGCAGTCTCCGACCTAATCGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGTCTGTCGAAAGACATCCCGCTACCGCAGTCTCCGACCTAATCGGCAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TAGGCAGTATGGTGGAAATTGCCAAGCAGCTCCAGGCCGTCAAGCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TAGGCAGTATGGTGGAAATTGCCAAGCAGCTCCAGGCCGTCAAGCGGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCCGGGATGAGAGCCTCTGCCCCCAACACCATGAGGCCCTCAGCCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATCCGGGATGAGAGCCTCTGCCCCCAACACCATGAGGCCCTCAGCCTTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTGTTATGAGGACCAGGAGGCTGTATGCTTGATATGTGCAATTTCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTGTTATGAGGACCAGGAGGCTGTATGCTTGATATGTGCAATTTCCCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCCACCGGGCCCACACCGTTGTGCCACTGGACGATGCTACACAGGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCCACCGGGCCCACACCGTTGTGCCACTGGACGATGCTACACAGGAGTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAG         GAAAAACTGCAGAAGTGTCTGGAGCCCCTGGAACAGAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAGGTG...CAGGAAAAACTGCAGAAGTGTCTGGAGCCCCTGGAACAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCTGCAGGAGATCACTCGCTGCAAGTCCTCTGAGGAGAAGAAGCCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101502 GCTGCAGGAGATCACTCGCTGCAAGTCCTCTGAGGAGAAGAAGCCTGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGCTCAAG         AGACTAGTGGAAAGTCGCCGACAGCAGATCTTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101552 AGCTCAAGGTA...CAGAGACTAGTGGAAAGTCGCCGACAGCAGATCTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGGGAGTTTGAAGAGCTTCATAGGCGGCTGGATGAAGAGCAGCAGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106461 AGGGAGTTTGAAGAGCTTCATAGGCGGCTGGATGAAGAGCAGCAGGTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCTTTCACGACTGGAAGAAGAGGAACAGGACATTCTGCAGCGACTCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106511 GCTTTCACGACTGGAAGAAGAGGAACAGGACATTCTGCAGCGACTCCGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AAAATGCTGCTCACCTTGGGGACAAGCGCCGGGACCTGGCCCACTTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106561 AAAATGCTGCTCACCTTGGGGACAAGCGCCGGGACCTGGCCCACTTGGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GCCGAGGTGGAGGGCAAGTGCTTACAGTCAGGCTTCGAGATGCTTAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 106611 GCCGAGGTGGAGGGCAAGTGCTTACAGTCAGGCTTCGAGATGCTTAAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    781        GATGTCAAAAGTACCCTGGAAAA         ATGTGAAAAGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 106661 T...TAGGATGTCAAAAGTACCCTGGAAAAGTA...TAGATGTGAAAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGAAGACCATGGAGGTGACTTCAGTATCCATAGAGCTGGAAAAGAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111199 TGAAGACCATGGAGGTGACTTCAGTATCCATAGAGCTGGAAAAGAACTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AGCAATTTTCCCCGACAGTACTTTGCCCTAAGGAAAATCCTTAAACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111249 AGCAATTTTCCCCGACAGTACTTTGCCCTAAGGAAAATCCTTAAACAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AATTG         CGGATGTGACCCTGGACCCTGAGACAGCTCATCCTA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111299 AATTGGTG...CAGCGGATGTGACCCTGGACCCTGAGACAGCTCATCCTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ACCTAGTCCTGTCAGAGGATCGTAAGAGCGTCAAGTTCGTGGAGACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112431 ACCTAGTCCTGTCAGAGGATCGTAAGAGCGTCAAGTTCGTGGAGACAAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTCCGGGATCTCCCTGACACACCAAGGCGTTTCACCTTCTACCCTTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112481 CTCCGGGATCTCCCTGACACACCAAGGCGTTTCACCTTCTACCCTTGCGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CCTGGCTACTGAGGGTTTCACCTCAGGTCGACACTACTGGGAGGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112531 CCTGGCTACTGAGGGTTTCACCTCAGGTCGACACTACTGGGAGGTGGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TGGGCGACAAGACCCACTGGGCAGTGGGTGTATGCCGGGACTCCGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112581 TGGGCGACAAGACCCACTGGGCAGTGGGTGTATGCCGGGACTCCGTGAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CGAAAGGGCGAGTTGACTCCACTCCCTGAGACTGGCTACTGGCGGGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112631 CGAAAGGGCGAGTTGACTCCACTCCCTGAGACTGGCTACTGGCGGGTGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GCTATGGAATGGGGACAAATATGCAGCCACCACCACACCTTTTACCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112681 GCTATGGAATGGGGACAAATATGCAGCCACCACCACACCTTTTACCCCTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TGCACATCAAGGTGAAACCCAAGCGGGTAGGCATATTCCTAGACTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112731 TGCACATCAAGGTGAAACCCAAGCGGGTAGGCATATTCCTAGACTATGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GCCGGCACACTGTCTTTCTACAATGTCACAGACCGCTCTCATATCTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112781 GCCGGCACACTGTCTTTCTACAATGTCACAGACCGCTCTCATATCTACAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 CTTCACTGATACTTTTACTGAGAAACTTTGGCCCCTCTTCTACCCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112831 CTTCACTGATACTTTTACTGAGAAACTTTGGCCCCTCTTCTACCCAGGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 TCCGGGCTGGACGGAAGAATGCTGCACCACTTACCATCAGGCCCCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112881 TCCGGGCTGGACGGAAGAATGCTGCACCACTTACCATCAGGCCCCCAACA

   1500     .
   1456 GATTGGGAG
        |||||||||
 112931 GATTGGGAG