seq1 = pF1KB8727.tfa, 1476 bp
seq2 = pF1KB8727/gi568815576f_35199929.tfa (gi568815576f:35199929_35447206), 247278 bp

>pF1KB8727 1476
>gi568815576f:35199929_35447206 (Chr22)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-137  (117949-118033)   100% ->
138-216  (122031-122109)   100% ->
217-366  (123100-123249)   100% ->
367-501  (123568-123702)   100% ->
502-648  (123840-123986)   100% ->
649-765  (127343-127459)   100% ->
766-899  (130419-130552)   100% ->
900-933  (133053-133086)   100% ->
934-1027  (133476-133569)   100% ->
1028-1148  (134400-134520)   100% ->
1149-1224  (138785-138860)   100% ->
1225-1284  (145797-145856)   100% ->
1285-1324  (147002-147041)   97% ->
1325-1476  (147127-147278)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTTTCTCCTGGGGAACCCGTTCAGCTCTCCAGTGGGACAGCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACTTTCTCCTGGGGAACCCGTTCAGCTCTCCAGTGGGACAGCGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CG         AGAAAGCCACAGATGGCTCCCTGCAGAGCGAGGACTGGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGTG...CAGAGAAAGCCACAGATGGCTCCCTGCAGAGCGAGGACTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCTCAACATGGAGATCTGCGACATCATCAACGAGACGGAGGAAGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 117988 CCCTCAACATGGAGATCTGCGACATCATCAACGAGACGGAGGAAGGGTA.

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    138      TCCCAAAGATGCCCTCCGAGCAGTAAAGAAGAGAATCGTGGGGAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118038 ..TAGTCCCAAAGATGCCCTCCGAGCAGTAAAGAAGAGAATCGTGGGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TAAGAACTTCCACGAGGTGATGCTGGCTCTCACA         GTCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 122076 TAAGAACTTCCACGAGGTGATGCTGGCTCTCACAGTG...CAGGTCTTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AAACCTGTGTCAAGAACTGCGGGCACCGCTTCCACGTGCTGGTGGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123107 AAACCTGTGTCAAGAACTGCGGGCACCGCTTCCACGTGCTGGTGGCCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAGGACTTCGTGGAGAGTGTGCTGGTGAGGACCATCCTGCCCAAGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123157 CAGGACTTCGTGGAGAGTGTGCTGGTGAGGACCATCCTGCCCAAGAACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCCACCCACCATCGTGCATGACAAAGTGCTCAACCTCATCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 123207 CCCACCCACCATCGTGCATGACAAAGTGCTCAACCTCATCCAGGTG...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    367   TCCTGGGCTGACGCGTTCCGCAGCTCGCCCGATCTGACAGGTGTGGTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123566 AGTCCTGGGCTGACGCGTTCCGCAGCTCGCCCGATCTGACAGGTGTGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACCATCTATGAGGACCTGCGGAGGAAAGGCCTGGAGTTCCCCATGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123616 ACCATCTATGAGGACCTGCGGAGGAAAGGCCTGGAGTTCCCCATGACTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTGGACATGCTGTCACCCATCCACACACCCCAGAGG         ACCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 123666 CCTGGACATGCTGTCACCCATCCACACACCCCAGAGGGTG...TAGACCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGTTCAACTCAGAGACACAATCAGGACAGGATTCTGTGGGCACTGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123844 TGTTCAACTCAGAGACACAATCAGGACAGGATTCTGTGGGCACTGACTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGCCAGCAAGAGGACTCTGGCCAGCATGCTGCCCCTCTGCCCGCCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123894 AGCCAGCAAGAGGACTCTGGCCAGCATGCTGCCCCTCTGCCCGCCCCGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATACTCTCCGGTGACACGCCCATAGCACCAACCCCGGAACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 123944 CATACTCTCCGGTGACACGCCCATAGCACCAACCCCGGAACAGGTA...C

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    649   ATTGGGAAGCTGCGCAGTGAGCTGGAGATGGTGAGTGGGAACGTGAGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127341 AGATTGGGAAGCTGCGCAGTGAGCTGGAGATGGTGAGTGGGAACGTGAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTGATGTCGGAGATGCTGACGGAGCTGGTGCCCACCCAGGCCGAGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127391 GTGATGTCGGAGATGCTGACGGAGCTGGTGCCCACCCAGGCCGAGCCCGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGACCTGGAGCTGCTGCAG         GAGCTCAACCGCACGTGCCGAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 127441 AGACCTGGAGCTGCTGCAGGTG...CAGGAGCTCAACCGCACGTGCCGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCATGCAGCAGCGGGTCCTGGAGCTCATCCCTCAGATCGCCAATGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130441 CCATGCAGCAGCGGGTCCTGGAGCTCATCCCTCAGATCGCCAATGAGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTGACAGAGGAGCTGCTCATCGTCAATGACAATCTCAACAATGTGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130491 CTGACAGAGGAGCTGCTCATCGTCAATGACAATCTCAACAATGTGTTCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCGCCATGAACG         GTTTGAACGGTTCCGAACAGGCCAGACCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 130541 GCGCCATGAACGGTA...TAGGTTTGAACGGTTCCGAACAGGCCAGACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCAAG         GCCCCAAGTGAGGCCGAGCCGGCAGCTGACCTGATC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133082 CCAAGGTA...CAGGCCCCAAGTGAGGCCGAGCCGGCAGCTGACCTGATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GACATGGGCCCTGACCCAGCAGCCACCGGCAACCTCTCATCCCAGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133512 GACATGGGCCCTGACCCAGCAGCCACCGGCAACCTCTCATCCCAGCTGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGGAATGA         ACCTGGGCTCCAGCAGTGTGAGAGCTGGCCTGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 133562 AGGAATGAGTA...CAGACCTGGGCTCCAGCAGTGTGAGAGCTGGCCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AGTCTCTGGAGGCCTCTGGTCGACTGGAAGATGAGTTTGACATGTTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134433 AGTCTCTGGAGGCCTCTGGTCGACTGGAAGATGAGTTTGACATGTTTGCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CTGACACGGGGCAGCTCACTGGCTGACCAACGGAAAGA         GGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 134483 CTGACACGGGGCAGCTCACTGGCTGACCAACGGAAAGAGTG...CAGGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 AAAATACGAAGCCCCCCAAGCAACAGACGGCCTGGCTGGAGCCCTGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138788 AAAATACGAAGCCCCCCAAGCAACAGACGGCCTGGCTGGAGCCCTGGACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CCCGGCAGCAGAGCACTGGCGCG         ATCCCAGTCACCCAGGCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 138838 CCCGGCAGCAGAGCACTGGCGCGGTA...CAGATCCCAGTCACCCAGGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 TGCCTCATGGAGGACATCGAGCAGTGGCTGTCCACTGACGTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 145815 TGCCTCATGGAGGACATCGAGCAGTGGCTGTCCACTGACGTGGTA...CA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1285  GGGAATGATGCGGAAGAGCCTAAGGGGGTCACCAGCGAAG         
        >|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 147001 GGGTAATGATGCGGAAGAGCCTAAGGGGGTCACCAGCGAAGGTA...TAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 AATTTGACAAATTCCTGGAAGAACGGGCCAAAGCCGCGGACCGATTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147127 AATTTGACAAATTCCTGGAAGAACGGGCCAAAGCCGCGGACCGATTGCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 AACCTCTCCAGCCCCTCAGCTGAGGGCCCCCCGGGTCCCCCATCTGGCCC
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 147177 AACCTCTCCAGCCCCTCAGCTGAGGGGCCCCCGGGTCCCCCATCTGGCCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 AGCGCCCCGGAAGAAGACCCAGGAGAAAGATGATGACATGCTGTTTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147227 AGCGCCCCGGAAGAAGACCCAGGAGAAAGATGATGACATGCTGTTTGCCT

   1600 
   1475 TA
        ||
 147277 TA