seq1 = pF1KB8725.tfa, 1992 bp
seq2 = pF1KB8725/gi568815576f_31943282.tfa (gi568815576f:31943282_32210210), 266929 bp

>pF1KB8725 1992
>gi568815576f:31943282_32210210 (Chr22)

1-135  (100001-100135)   100% ->
136-207  (106662-106733)   100% ->
208-312  (123654-123758)   100% ->
313-372  (124686-124745)   100% ->
373-477  (125215-125319)   100% ->
478-583  (138585-138690)   100% ->
584-664  (139793-139873)   100% ->
665-885  (141158-141378)   100% ->
886-1021  (141619-141754)   100% ->
1022-1129  (142939-143046)   100% ->
1130-1280  (148331-148481)   100% ->
1281-1449  (155902-156070)   100% ->
1450-1665  (158741-158956)   100% ->
1666-1771  (161505-161610)   100% ->
1772-1992  (166709-166929)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACAGTAGCACCTGGAGCCCCAAGACCACCGCGGTCACCCGGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACAGTAGCACCTGGAGCCCCAAGACCACCGCGGTCACCCGGCCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAGACCCACGAGCTCATTCGCAATGCAGCCGATATCTCCATCATCGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAGACCCACGAGCTCATTCGCAATGCAGCCGATATCTCCATCATCGTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTACTTCGTGGTAGTGATGGCCGTCGGACTGTGG         GCTATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100101 TCTACTTCGTGGTAGTGATGGCCGTCGGACTGTGGGTA...CAGGCTATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTTCCACCAATCGTGGGACTGTTGGAGGCTTCTTCCTGGCAGGCCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106668 TTTTCCACCAATCGTGGGACTGTTGGAGGCTTCTTCCTGGCAGGCCGAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TATGGTGTGGTGGCCG         ATTGGAGCCTCCCTCTTTGCTAGTA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106718 TATGGTGTGGTGGCCGGTA...CAGATTGGAGCCTCCCTCTTTGCTAGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACATTGGAAGTGGCCACTTTGTGGGGCTGGCCGGGACTGGGGCAGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123679 ACATTGGAAGTGGCCACTTTGTGGGGCTGGCCGGGACTGGGGCAGCTTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCATCGCCATTGGAGGCTTTGAATGGAAT         GCCCTGGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 123729 GGCATCGCCATTGGAGGCTTTGAATGGAATGTG...CAGGCCCTGGTTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGTGGTTGTGCTGGGCTGGCTGTTTGTCCCCATCTATATTAAGGCTGGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 124697 GGTGGTTGTGCTGGGCTGGCTGTTTGTCCCCATCTATATTAAGGCTGGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373         GTGGTGACAATGCCAGAGTACCTGAGGAAGCGGTTTGGAGGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124747 TA...CAGGTGGTGACAATGCCAGAGTACCTGAGGAAGCGGTTTGGAGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAGCGGATCCAGGTCTACCTTTCCCTTCTGTCCCTGCTGCTCTACATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125257 CAGCGGATCCAGGTCTACCTTTCCCTTCTGTCCCTGCTGCTCTACATTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CACCAAGATCTCG         GCAGACATCTTCTCGGGGGCCATATTCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 125307 CACCAAGATCTCGGTG...CAGGCAGACATCTTCTCGGGGGCCATATTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCAATCTGGCCTTAGGCCTGAATCTGTATTTAGCCATCTTTCTCTTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138613 TCAATCTGGCCTTAGGCCTGAATCTGTATTTAGCCATCTTTCTCTTATTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCAATCACTGCCCTTTACACAATTACAG         GGGGCCTGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 138663 GCAATCACTGCCCTTTACACAATTACAGGTG...TAGGGGGCCTGGCGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGTGATTTACACGGACACCTTGCAGACGGTGATCATGCTGGTGGGGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139806 GGTGATTTACACGGACACCTTGCAGACGGTGATCATGCTGGTGGGGTCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TAATCCTGACTGGGTTTG         CTTTTCACGAAGTGGGAGGCTAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 139856 TAATCCTGACTGGGTTTGGTA...CAGCTTTTCACGAAGTGGGAGGCTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GACGCCTTCATGGAAAAGTACATGAAAGCCATTCCAACCATAGTGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141181 GACGCCTTCATGGAAAAGTACATGAAAGCCATTCCAACCATAGTGTCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGGCAACACCACCTTTCAGGAAAAATGCTACACTCCAAGGGCCGACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141231 TGGCAACACCACCTTTCAGGAAAAATGCTACACTCCAAGGGCCGACTCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCCACATCTTCCGAGATCCCCTCACGGGAGACCTCCCATGGCCTGGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141281 TCCACATCTTCCGAGATCCCCTCACGGGAGACCTCCCATGGCCTGGGTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATCTTTGGGATGTCCATCCTTACCTTGTGGTACTGGTGCACAGATCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 141331 ATCTTTGGGATGTCCATCCTTACCTTGTGGTACTGGTGCACAGATCAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    886        GTCATTGTGCAGCGCTGCCTCTCAGCCAAGAATATGTCTCACG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141381 A...CAGGTCATTGTGCAGCGCTGCCTCTCAGCCAAGAATATGTCTCACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGAAGGGTGGCTGCATCCTGTGTGGGTATCTAAAGCTGATGCCCATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141662 TGAAGGGTGGCTGCATCCTGTGTGGGTATCTAAAGCTGATGCCCATGTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATCATGGTGATGCCAGGAATGATCAGCCGCATTCTGTACACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 141712 ATCATGGTGATGCCAGGAATGATCAGCCGCATTCTGTACACAGGTA...C

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1022   AAAAAATTGCCTGTGTCGTCCCTTCAGAATGTGAGAAATATTGCGGTA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142937 AGAAAAAATTGCCTGTGTCGTCCCTTCAGAATGTGAGAAATATTGCGGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCAAGGTTGGCTGTACCAACATCGCCTATCCAACCTTAGTGGTGGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142987 CCAAGGTTGGCTGTACCAACATCGCCTATCCAACCTTAGTGGTGGAGCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATGCCCAATG         GACTGCGAGGCCTGATGCTATCAGTCATGCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 143037 ATGCCCAATGGTG...CAGGACTGCGAGGCCTGATGCTATCAGTCATGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGCCTCCCTCATGAGCTCCCTGACCTCCATCTTCAACAGCGCCAGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148362 GGCCTCCCTCATGAGCTCCCTGACCTCCATCTTCAACAGCGCCAGCACCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCTTCACCATGGACATCTACGCCAAGGTCCGCAAGAGAGCATCTGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148412 TCTTCACCATGGACATCTACGCCAAGGTCCGCAAGAGAGCATCTGAGAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GAGCTCATGATTGCCGGAAG         GTTGTTTATCCTGGTGCTGAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 148462 GAGCTCATGATTGCCGGAAGGTA...CAGGTTGTTTATCCTGGTGCTGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TGGCATCAGCATCGCCTGGGTGCCCATTGTGCAGTCAGCACAAAGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155923 TGGCATCAGCATCGCCTGGGTGCCCATTGTGCAGTCAGCACAAAGTGGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AACTCTTCGATTACATCCAGTCCATCACCAGTTACTTGGGACCACCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155973 AACTCTTCGATTACATCCAGTCCATCACCAGTTACTTGGGACCACCCATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GCGGCTGTCTTCCTGCTTGCTATTTTCTGGAAGAGAGTCAATGAGCCA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 156023 GCGGCTGTCTTCCTGCTTGCTATTTTCTGGAAGAGAGTCAATGAGCCAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1450        GGAGCCTTTTGGGGACTGATCCTAGGACTTCTGATTGGGATTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156073 A...CAGGGAGCCTTTTGGGGACTGATCCTAGGACTTCTGATTGGGATTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CACGTATGATTACTGAGTTTGCTTATGGAACCGGGAGCTGCATGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158784 CACGTATGATTACTGAGTTTGCTTATGGAACCGGGAGCTGCATGGAGCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AGCAACTGTCCCACGATTATCTGTGGGGTGCACTACTTGTACTTTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158834 AGCAACTGTCCCACGATTATCTGTGGGGTGCACTACTTGTACTTTGCCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TATCCTCTTCGCCATTTCTTTCATCACCATCGTGGTCATCTCCCTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158884 TATCCTCTTCGCCATTTCTTTCATCACCATCGTGGTCATCTCCCTCCTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CCAAACCCATTCCGGATGTGCAT         CTCTACCGTCTGTGTTGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 158934 CCAAACCCATTCCGGATGTGCATGTG...CAGCTCTACCGTCTGTGTTGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 AGCCTGCGCAACAGCAAAGAGGAGCGTATTGACCTGGATGCGGAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161523 AGCCTGCGCAACAGCAAAGAGGAGCGTATTGACCTGGATGCGGAAGAGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GAACATCCAAGAAGGCCCTAAGGAGACCATTGAAATAG         AAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 161573 GAACATCCAAGAAGGCCCTAAGGAGACCATTGAAATAGGTG...CAGAAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 CACAAGTTCCTGAGAAGAAAAAAGGAATCTTCAGGAGAGCCTATGACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166712 CACAAGTTCCTGAGAAGAAAAAAGGAATCTTCAGGAGAGCCTATGACCTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 TTTTGTGGGCTAGAGCAGCACGGTGCACCCAAGATGACTGAGGAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166762 TTTTGTGGGCTAGAGCAGCACGGTGCACCCAAGATGACTGAGGAAGAGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GAAAGCCATGAAGATGAAGATGACGGACACCTCTGAGAAGCCTTTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166812 GAAAGCCATGAAGATGAAGATGACGGACACCTCTGAGAAGCCTTTGTGGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 GGACAGTGTTGAACGTCAATGGCATCATCCTGGTGACCGTGGCTGTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166862 GGACAGTGTTGAACGTCAATGGCATCATCCTGGTGACCGTGGCTGTCTTT

   2100     .    :    .
   1975 TGCCATGCATATTTTGCC
        ||||||||||||||||||
 166912 TGCCATGCATATTTTGCC