seq1 = pF1KB8720.tfa, 2160 bp
seq2 = pF1KB8720/gi568815576f_46208148.tfa (gi568815576f:46208148_46430127), 221980 bp

>pF1KB8720 2160
>gi568815576f:46208148_46430127 (Chr22)

1-22  (89311-89332)   100% ->
23-80  (100003-100060)   100% ->
81-705  (100172-100796)   100% ->
706-870  (103994-104158)   100% ->
871-994  (105743-105866)   100% ->
995-1375  (107885-108265)   100% ->
1376-1448  (115043-115115)   100% ->
1449-1667  (118289-118507)   99% ->
1668-1869  (120541-120742)   100% ->
1870-2079  (121211-121420)   100% ->
2080-2160  (121900-121980)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGACCCTAAGAAGGAAG         ACATTCTTCTTTTGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
  89311 ATGGATGACCCTAAGAAGGAAGGCA...TAGACATTCTTCTTTTGGCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGAAAAATTTGACTTCGATCTTTCATTGTCTTCTTCGAG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100022 TGAAAAATTTGACTTCGATCTTTCATTGTCTTCTTCGAGGTA...TAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 CAAATGAAGATGATGAAGTCTTCTTCGGACCCTTTGGACATAAAGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100174 CAAATGAAGATGATGAAGTCTTCTTCGGACCCTTTGGACATAAAGAAAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TGTATTGCTGCCAGCTTGGAATTAAATAATCCGGTTCCCGAACAGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100224 TGTATTGCTGCCAGCTTGGAATTAAATAATCCGGTTCCCGAACAGCCTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTTGCCCACATCTGAGAGTCCCTTTGCCTGGAGCCCTCTGGCCGGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100274 GTTGCCCACATCTGAGAGTCCCTTTGCCTGGAGCCCTCTGGCCGGGGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGTTCGTGGAGGTGTACAAAGAAGCTCACTTACTGGCTTTACACATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100324 AGTTCGTGGAGGTGTACAAAGAAGCTCACTTACTGGCTTTACACATTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCAGCAGCCGGAACCAGGCAGCCCAAGCTGCCAAGCCTGAAGACCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100374 AGCAGCAGCCGGAACCAGGCAGCCCAAGCTGCCAAGCCTGAAGACCCTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAGCCAGGGCGTGGAAAGATTCATACAGGAGTCAAAATTAAAAATAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100424 GAGCCAGGGCGTGGAAAGATTCATACAGGAGTCAAAATTAAAAATAAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCTTTGAGAAAGAAAAGGAAATGAAGAAAAGCCCCACGTCTCTTAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100474 TCTTTGAGAAAGAAAAGGAAATGAAGAAAAGCCCCACGTCTCTTAAAAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGACATACTACCTGTCAGACAGCCCCTTGCTGGGGCCCCCTGTGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100524 GAGACATACTACCTGTCAGACAGCCCCTTGCTGGGGCCCCCTGTGGGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCCTCGGCTCTTGGCCTCCTCCCCGGCCCTGCCCAGCTCTGGTGCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100574 GCCTCGGCTCTTGGCCTCCTCCCCGGCCCTGCCCAGCTCTGGTGCCCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCCGCCTCACCCGGGCGCCGGGGCCTCCGCACTCTGCTCATGCTTTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100624 CCCGCCTCACCCGGGCGCCGGGGCCTCCGCACTCTGCTCATGCTTTGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGGGAATCATGCACTGCTCATGCTGCAAGTCAGGCAGCGACTCAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100674 AGGGAATCATGCACTGCTCATGCTGCAAGTCAGGCAGCGACTCAGAGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCCCGGGACCAAATTGCTGCTGCCTCGAGCGGCCTCTGTTAGAGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100724 GCCCGGGACCAAATTGCTGCTGCCTCGAGCGGCCTCTGTTAGAGGAAGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GCATCCCTGGGGCTGCGGAGAAG         CCCAAGAAAGAGATTCCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100774 GCATCCCTGGGGCTGCGGAGAAGGTA...CAGCCCAAGAAAGAGATTCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCTAGTCCTTCCAGGACAAAAATCCCAGCTGAGAAGGAATCCCACCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104012 GCTAGTCCTTCCAGGACAAAAATCCCAGCTGAGAAGGAATCCCACCGGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGTTCTCCCTGACAAACCTGCCCCGGGTGCTGTCAATGTGCCGGCCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104062 TGTTCTCCCTGACAAACCTGCCCCGGGTGCTGTCAATGTGCCGGCCGCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GAAGCCACTTGGGCCAGGGCAAGCGGGCGATCCCTGTTCCAAACAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104112 GAAGCCACTTGGGCCAGGGCAAGCGGGCGATCCCTGTTCCAAACAAGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    871       TTGGGGCTGAAGAAGACCCTGTTAAAAGCACCCGGCTCTACCAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104162 ...CAGTTGGGGCTGAAGAAGACCCTGTTAAAAGCACCCGGCTCTACCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CAATCTCGCAAGGAAGTCCTCCTCGGGGCCTGTTTGGAGCGGGGCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105787 CAATCTCGCAAGGAAGTCCTCCTCGGGGCCTGTTTGGAGCGGGGCATCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GTGCGTGCACATCCCCAGCAGTGGGCAAAG         CTAAATCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 105837 GTGCGTGCACATCCCCAGCAGTGGGCAAAGGTG...TAGCTAAATCAAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAATTTGCAAGTATTCCTGCAAATAGCTCCCGGCCTCTGTCAAACATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107896 GAATTTGCAAGTATTCCTGCAAATAGCTCCCGGCCTCTGTCAAACATCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CAAGTCAGGCAGAATGGGACCCGCCATGCTGCGGCCAGCTCTGCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107946 CAAGTCAGGCAGAATGGGACCCGCCATGCTGCGGCCAGCTCTGCCTGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GCCCTGTGGGGGCATCCTCCTGGCAGGCCAAGCGGGTCGATGTTTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107996 GCCCTGTGGGGGCATCCTCCTGGCAGGCCAAGCGGGTCGATGTTTCTGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CTGGCAGCGGAGCAGCTCACGGCACCCCCCTCAGCATCCCCCACCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108046 CTGGCAGCGGAGCAGCTCACGGCACCCCCCTCAGCATCCCCCACCCAACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CCAGACTCCGGAAGGTGGCGGCCAGTGGCTGAACTCCAGTTGCGCTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108096 CCAGACTCCGGAAGGTGGCGGCCAGTGGCTGAACTCCAGTTGCGCTTGGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CAGAATCTTCTCAATTGAATAAGACTAGAAGTATCAGACGGCGAGATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108146 CAGAATCTTCTCAATTGAATAAGACTAGAAGTATCAGACGGCGAGATTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 TGTCTAAATTCCAAGACAAAGGTTATGCCTACTCCTACAAATCAATTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108196 TGTCTAAATTCCAAGACAAAGGTTATGCCTACTCCTACAAATCAATTTAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 AATTCCTAAGTTTTCTATTG         GTGACTCCCCGGACAGCTCAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 108246 AATTCCTAAGTTTTCTATTGGTG...TAGGTGACTCCCCGGACAGCTCAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 CACCAAAGCTTTCGCGGGCACAGCGGCCGCAGTCGTGCACGTCAGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115064 CACCAAAGCTTTCGCGGGCACAGCGGCCGCAGTCGTGCACGTCAGTTGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 AG         GGTCACTGTCCACAGCACCCCGGTTAGACGCTCATCTGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115114 AGGTG...CAGGGTCACTGTCCACAGCACCCCGGTTAGACGCTCATCTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 GCCAGCACCACAAAGCCTGCTGAGCGCACGGCGTGTGTCAGCCTTGCCCA
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 118328 GCCAGCACCACAAAGCCTGCTGAGCGCATGGCGTGTGTCAGCCTTGCCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 CACCCGCCAGCCGGCGCTGCTCTGGCCTTCCACCGATGACCCCCAAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118378 CACCCGCCAGCCGGCGCTGCTCTGGCCTTCCACCGATGACCCCCAAAACG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 ATGCCCAGGGCCGTGGGCTCTCCCCTGTGTGTGCCAGCTCGGAGACGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118428 ATGCCCAGGGCCGTGGGCTCTCCCCTGTGTGTGCCAGCTCGGAGACGTTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 CTCTGAGCCCCGCAAGAACTCTGCAATGAG         AACTGAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 118478 CTCTGAGCCCCGCAAGAACTCTGCAATGAGGTA...CAGAACTGAACCAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 CAAGGGAGAGCAACAGAAAGACAGATTCCAGGCTGGTGGATGTGTCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120552 CAAGGGAGAGCAACAGAAAGACAGATTCCAGGCTGGTGGATGTGTCCCCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 GACAGGGGTTCTCCTCCTTCCCGTGTGCCTCAGGCACTTAACTTTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120602 GACAGGGGTTCTCCTCCTTCCCGTGTGCCTCAGGCACTTAACTTTTCTCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 AGAGGAAAGCGATTCTACTTTCTCCAAAAGTACTGCCACAGAAGTAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120652 AGAGGAAAGCGATTCTACTTTCTCCAAAAGTACTGCCACAGAAGTAGCTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 GGGAGGAAGCCAAGCCGGGTGGAGATGCAGCCCCTAGTGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 120702 GGGAGGAAGCCAAGCCGGGTGGAGATGCAGCCCCTAGTGAGGTG...CAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 GCTCTTCTTGTAGATATCAAACTGGAACCACTCGCGGTCACTCCAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121211 GCTCTTCTTGTAGATATCAAACTGGAACCACTCGCGGTCACTCCAGATGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 TGCAAGCCAGCCCCTCATTGACCTTCCTCTCATCGACTTCTGCGATACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121261 TGCAAGCCAGCCCCTCATTGACCTTCCTCTCATCGACTTCTGCGATACCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 CAGAAGCACACGTGGCTGTAGGATCTGAAAGCAGGCCTCTGATCGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121311 CAGAAGCACACGTGGCTGTAGGATCTGAAAGCAGGCCTCTGATCGACCTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 ATGACAAACACTCCAGACATGAATAAAAATGTGGCCAAACCTTCACCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121361 ATGACAAACACTCCAGACATGAATAAAAATGTGGCCAAACCTTCACCGGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 GGTGGGACAG         CTCATAGACCTGAGCTCCCCTCTGATCCAGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 121411 GGTGGGACAGGTG...CAGCTCATAGACCTGAGCTCCCCTCTGATCCAGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 TGAGCCCTGAGGCTGACAAGGAGAACGTGGATTCCCCACTCCTCAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121931 TGAGCCCTGAGGCTGACAAGGAGAACGTGGATTCCCCACTCCTCAAGTTC