seq1 = pF1KB8718.tfa, 1815 bp
seq2 = pF1KB8718/gi568815576f_20873304.tfa (gi568815576f:20873304_21080125), 206822 bp

>pF1KB8718 1815
>gi568815576f:20873304_21080125 (Chr22)

1-31  (94642-94672)   100% ->
32-245  (100004-100217)   100% ->
246-355  (100455-100564)   100% ->
356-465  (100760-100869)   100% ->
466-510  (100949-100993)   100% ->
511-607  (101222-101318)   100% ->
608-720  (101401-101513)   100% ->
721-807  (102389-102475)   100% ->
808-899  (102912-103003)   100% ->
900-1030  (103105-103235)   100% ->
1031-1146  (103348-103463)   100% ->
1147-1218  (103564-103635)   100% ->
1219-1282  (103729-103792)   100% ->
1283-1359  (104397-104473)   100% ->
1360-1477  (104585-104702)   100% ->
1478-1576  (105968-106066)   100% ->
1577-1652  (106324-106399)   100% ->
1653-1757  (106717-106821)   100% ->
1758-1778  (107444-107464)   100% ->
1779-1815  (107689-107725)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCGGCTGCTTCTCCAAACCCAAACCAG         TGGAGCTCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  94642 ATGGGCGGCTGCTTCTCCAAACCCAAACCAGGTA...CAGTGGAGCTCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GATCGAGGTGGTGCTGCCTGAGAAGGAGCGAGGCAAGGAGGAGCTGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100014 GATCGAGGTGGTGCTGCCTGAGAAGGAGCGAGGCAAGGAGGAGCTGTCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCAGTGGGAAGGGCAGCCCCCGGGCCTACCAGGGCAATGGCACGGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100064 CCAGTGGGAAGGGCAGCCCCCGGGCCTACCAGGGCAATGGCACGGCCCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACTTCCACACGGAGGAGCGCCTGTCCACCCCTCACCCCTACCCCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100114 CACTTCCACACGGAGGAGCGCCTGTCCACCCCTCACCCCTACCCCAGCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCAGGATTGCGTGGAGGCTGCTGTCTGCCACGTCAAGGACCTCGAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100164 TCAGGATTGCGTGGAGGCTGCTGTCTGCCACGTCAAGGACCTCGAGAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCCA         GATGCGGGAAGTGGAGCTGGGCTGGGGGAAGGTGTTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100214 GCCAGTG...CAGGATGCGGGAAGTGGAGCTGGGCTGGGGGAAGGTGTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGGTGAAGGACAATGGGGAGTTCCACGCCCTGGGCCATAAGTGTCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100492 CTGGTGAAGGACAATGGGGAGTTCCACGCCCTGGGCCATAAGTGTCCGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTACGGCGCACCCCTGGTGAAAG         GCGTTCTGTCCCGTGGTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100542 CTACGGCGCACCCCTGGTGAAAGGTG...CAGGCGTTCTGTCCCGTGGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGGTGCGCTGCCCCTGGCACGGCGCCTGCTTCAACATCAGCACTGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100778 GGGTGCGCTGCCCCTGGCACGGCGCCTGCTTCAACATCAGCACTGGGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGGAGGACTTCCCTGGCCTGGACAGTCTACACAAGTTCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100828 CTGGAGGACTTCCCTGGCCTGGACAGTCTACACAAGTTCCAGGTG...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    466  GTGAAGATTGAGAAGGAGAAGGTGTACGTCCGGGCCAGCAAGCAG    
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100948 GGTGAAGATTGAGAAGGAGAAGGTGTACGTCCGGGCCAGCAAGCAGGTG.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    511      GCCCTACAGCTGCAGCGAAGGACCAAGGTGATGGCCAAGTGTATC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100998 ..CAGGCCCTACAGCTGCAGCGAAGGACCAAGGTGATGGCCAAGTGTATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TCTCCAAGTGCTGGGTACAGCAGTAGCACCAATGTGCTCATTGTGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101267 TCTCCAAGTGCTGGGTACAGCAGTAGCACCAATGTGCTCATTGTGGGTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AG         GTGCAGCTGGCCTGGTGTGTGCAGAGACACTGCGGCAGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101317 AGGTT...CAGGTGCAGCTGGCCTGGTGTGTGCAGAGACACTGCGGCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGGGCTTCTCCGACCGGATCGTCCTGTGCACGCTAGACCGGCACCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101440 AGGGCTTCTCCGACCGGATCGTCCTGTGCACGCTAGACCGGCACCTTCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TACGACCGTCCCAAGCTCAGCAAG         TCCCTGGACACACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101490 TACGACCGTCCCAAGCTCAGCAAGGTA...CAGTCCCTGGACACACAGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGAGCAGCTGGCCCTGAGGCCCAAGGAGTTTTTCCGAGCCTATGGCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102406 TGAGCAGCTGGCCCTGAGGCCCAAGGAGTTTTTCCGAGCCTATGGCATCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGGTGCTCACCGAGGCTCAG         GTGGTCACAGTGGACGTGAGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102456 AGGTGCTCACCGAGGCTCAGGTA...CAGGTGGTCACAGTGGACGTGAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ACTAAGAAGGTCGTGTTCAAGGATGGCTTCAAGCTGGAGTACAGCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102933 ACTAAGAAGGTCGTGTTCAAGGATGGCTTCAAGCTGGAGTACAGCAAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GCTGCTGGCACCAGGGAGCAG         CCCCAAGACTCTGAGCTGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102983 GCTGCTGGCACCAGGGAGCAGGTG...CAGCCCCAAGACTCTGAGCTGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AAGGCAAAGAAGTGGAGAACGTGTTCACTATCCGGACGCCAGAGGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103125 AAGGCAAAGAAGTGGAGAACGTGTTCACTATCCGGACGCCAGAGGATGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AATCGCGTGGTGAGGCTGGCCCGAGGCCGCAACGTGGTCGTCGTGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103175 AATCGCGTGGTGAGGCTGGCCCGAGGCCGCAACGTGGTCGTCGTGGGAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CGGCTTCCTGG         GGATGGAGGTGGCCGCTTACCTGACGGAGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103225 CGGCTTCCTGGGTG...CAGGGATGGAGGTGGCCGCTTACCTGACGGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AGGCCCACTCTGTGTCTGTGGTGGAGCTGGAGGAGACGCCCTTCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103378 AGGCCCACTCTGTGTCTGTGGTGGAGCTGGAGGAGACGCCCTTCAGGAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TTCCTGGGGGAGCGCGTGGGTCGTGCCCTCATGAAG         ATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103428 TTCCTGGGGGAGCGCGTGGGTCGTGCCCTCATGAAGGTG...CAGATGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TGAGAACAACCGGGTGAAGTTCTACATGCAGACGGAGGTGTCTGAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103569 TGAGAACAACCGGGTGAAGTTCTACATGCAGACGGAGGTGTCTGAGCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GGGGCCAGGAGGGAAAG         CTGAAGGAGGTTGTGCTGAAGAGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103619 GGGGCCAGGAGGGAAAGGTG...CAGCTGAAGGAGGTTGTGCTGAAGAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 AGCAAGGTCGTGCGGGCTGACGTCTGCGTGGTGGGCATTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103753 AGCAAGGTCGTGCGGGCTGACGTCTGCGTGGTGGGCATTGGTG...CAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 TGCAGTGCCCGCCACAGGCTTCCTGAGGCAAAGCGGCATCGGTTTGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104398 TGCAGTGCCCGCCACAGGCTTCCTGAGGCAAAGCGGCATCGGTTTGGATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CCCGAGGCTTCATCCCTGTCAACAAG         ATGATGCAGACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104448 CCCGAGGCTTCATCCCTGTCAACAAGGTG...CAGATGATGCAGACCAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 GTCCCAGGCGTGTTTGCAGCTGGCGATGCTGTCACCTTCCCCCTTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104600 GTCCCAGGCGTGTTTGCAGCTGGCGATGCTGTCACCTTCCCCCTTGCCTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 GAGGAACAACCGCAAAGTGAACATTCCACATTGGCAGATGGCTCATGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104650 GAGGAACAACCGCAAAGTGAACATTCCACATTGGCAGATGGCTCATGCTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 AGG         GGCGCGTGGCAGCCCAGAACATGTTGGCGCAGGAGGCG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104700 AGGGTA...CAGGGCGCGTGGCAGCCCAGAACATGTTGGCGCAGGAGGCG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 GAGATGAGCACTGTGCCCTACCTCTGGACCGCCATGTTTGGCAAGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106006 GAGATGAGCACTGTGCCCTACCTCTGGACCGCCATGTTTGGCAAGAGCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 GCGCTACGCGG         GCTACGGAGAAGGCTTCGACGACGTCATCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 106056 GCGCTACGCGGGTA...CAGGCTACGGAGAAGGCTTCGACGACGTCATCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 TCCAGGGGGATCTGGAGGAGCTGAAGTTTGTGGCTTTTTACACTAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106354 TCCAGGGGGATCTGGAGGAGCTGAAGTTTGTGGCTTTTTACACTAAGTG.

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1653      AGGCGACGAGGTGATCGCCGTGGCCAGCATGAACTACGATCCCAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106404 ..CAGAGGCGACGAGGTGATCGCCGTGGCCAGCATGAACTACGATCCCAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 TGTGTCCAAGGTCGCTGAGGTGCTGGCCTCAGGCCGTGCCATCCGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106762 TGTGTCCAAGGTCGCTGAGGTGCTGGCCTCAGGCCGTGCCATCCGGAAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 GGGAGGTGGA         GCTGTTTGTGCTGCACAGCAA         G
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 106812 GGGAGGTGGAGTG...AAGGCTGTTTGTGCTGCACAGCAAGTA...CAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .
   1780 ACTGGCGACATGTCCTGGCTTACGGGGAAAGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107690 ACTGGCGACATGTCCTGGCTTACGGGGAAAGGATCC