seq1 = pF1KB8714.tfa, 1329 bp
seq2 = pF1KB8714/gi568815576f_29106039.tfa (gi568815576f:29106039_29358941), 252903 bp

>pF1KB8714 1329
>gi568815576f:29106039_29358941 (Chr22)

1-101  (100001-100101)   100% ->
102-215  (108888-109001)   100% ->
216-319  (109489-109592)   100% ->
320-403  (119095-119178)   100% ->
404-465  (120452-120513)   100% ->
466-586  (124982-125102)   100% ->
587-676  (125555-125644)   100% ->
677-823  (126218-126364)   100% ->
824-913  (127341-127430)   100% ->
914-966  (127576-127628)   100% ->
967-1029  (128099-128161)   100% ->
1030-1074  (128267-128311)   100% ->
1075-1119  (137407-137451)   100% ->
1120-1204  (148165-148249)   100% ->
1205-1329  (152779-152903)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCGGCCCGCGGGCTTGGGCGCTGCTCTGCCTCGGGCTCCTGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCGGCCCGCGGGCTTGGGCGCTGCTCTGCCTCGGGCTCCTGCTCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGAGGCGGCGCTGCGTGGAGCATCGGGGCAGCTCCGTTCTCCGGACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGAGGCGGCGCTGCGTGGAGCATCGGGGCAGCTCCGTTCTCCGGACGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 G         GAACTGGTGCTCCTATGTGGTGACCCGCACCATCTCATGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTA...CAGGAACTGGTGCTCCTATGTGGTGACCCGCACCATCTCATGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATGTGCAGAATGGCACCTACCTTCAGCGAGTGCTGCAGAACTGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108928 CATGTGCAGAATGGCACCTACCTTCAGCGAGTGCTGCAGAACTGCCCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCCCATGAGCTGTCCGGGGAGCAG         CTACAGAACTGTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108978 GCCCATGAGCTGTCCGGGGAGCAGGTA...CAGCTACAGAACTGTGGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GACCCACATACAAGGTGATGTACAAGATAGTGACCGCCCGTGAGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109506 GACCCACATACAAGGTGATGTACAAGATAGTGACCGCCCGTGAGTGGAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGCTGCCCTGGGCACTCAGGAGTGAGCTGCGAGGAAG         TTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 109556 TGCTGCCCTGGGCACTCAGGAGTGAGCTGCGAGGAAGGTA...TAGTTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGCTTCCTCTGCCTCCTTGGAGCCCATGTGGTCGGGCAGTACCATGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119099 AGCTTCCTCTGCCTCCTTGGAGCCCATGTGGTCGGGCAGTACCATGCGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGATGGCGCTTCGGCCCACAGCCTTCTCAG         GTTGTCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 119149 GGATGGCGCTTCGGCCCACAGCCTTCTCAGGTG...CAGGTTGTCTCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TGCAGCAAAGTGTCAGAGCTGACAGAGCGGCTGAAGGTGCTGGAGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120463 TGCAGCAAAGTGTCAGAGCTGACAGAGCGGCTGAAGGTGCTGGAGGCCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 G         ATGACCATGCTGACTGTCATAGAGCAGCCAGTACCTCCAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120513 GGTG...CAGATGACCATGCTGACTGTCATAGAGCAGCCAGTACCTCCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CACCAGCTACCCCTGAGGACCCTGCCCCGCTCTGGGGTCCCCCTCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125022 CACCAGCTACCCCTGAGGACCCTGCCCCGCTCTGGGGTCCCCCTCCTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAGGGCAGCCCCGGAGATGGAGGCCTCCAGG         ACCAAGTCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 125072 CAGGGCAGCCCCGGAGATGGAGGCCTCCAGGGTG...CAGACCAAGTCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGCTTGGGGGCTTCCCGGGCCCACCGGCCCCAAGGGAGATGCCGGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125565 TGCTTGGGGGCTTCCCGGGCCCACCGGCCCCAAGGGAGATGCCGGCAGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGGGCCCAATGGGGATGAGAGGCCCACCAG         GTCCACAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 125615 GGGGCCCAATGGGGATGAGAGGCCCACCAGGTG...CAGGTCCACAGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CCCCCAGGGAGCCCTGGCCGGGCTGGAGCTGTGGGCACCCCTGGAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126229 CCCCCAGGGAGCCCTGGCCGGGCTGGAGCTGTGGGCACCCCTGGAGAGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGGACCTCCTGGGCCACCAGGGCCTCCTGGCCCCCCTGGGCCCCCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126279 GGGACCTCCTGGGCCACCAGGGCCTCCTGGCCCCCCTGGGCCCCCAGCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTGTTGGGCCACCCCATGCCCGGATCTCCCAGCATG         GAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 126329 CTGTTGGGCCACCCCATGCCCGGATCTCCCAGCATGGTG...CAGGAGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CCATTGCTGTCCAACACCTTCACTGAGACCAACAACCACTGGCCCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127346 CCATTGCTGTCCAACACCTTCACTGAGACCAACAACCACTGGCCCCAGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ACCCACTGGGCCTCCAGGCCCTCCAGGGCCCATGG         GTCCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 127396 ACCCACTGGGCCTCCAGGCCCTCCAGGGCCCATGGGTA...CAGGTCCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTGGGCCTCCTGGCCCCACAGGTGTCCCTGGGAGTCCTGGTCACATA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 127582 CTGGGCCTCCTGGCCCCACAGGTGTCCCTGGGAGTCCTGGTCACATAGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    967       GGACCCCCAGGCCCCACTGGACCCAAAGGAATCTCTGGCCACCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127632 ...CAGGGACCCCCAGGCCCCACTGGACCCAAAGGAATCTCTGGCCACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 AGGAGAGAAGGGCGAGAGA         GGACTGCGTGGGGAGCCTGGCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 128143 AGGAGAGAAGGGCGAGAGAGTG...CAGGGACTGCGTGGGGAGCCTGGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 CCCAAGGCTCTGCTGGGCAGCGG         GGGGAACCTGGCCCTAAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 128289 CCCAAGGCTCTGCTGGGCAGCGGGTA...CAGGGGGAACCTGGCCCTAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 GGAGACCCTGGTGAGAAGAGCCACTGG         GGGGAGGGGTTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 137425 GGAGACCCTGGTGAGAAGAGCCACTGGGTA...CAGGGGGAGGGGTTGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 CCAGCTACGCGAGGCTTTGAAGATTTTAGCTGAGAGGGTTTTAATCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148179 CCAGCTACGCGAGGCTTTGAAGATTTTAGCTGAGAGGGTTTTAATCTTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 AAACAATGATTGGGCTCTATG         AACCAGAGCTGGGGTCTGGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 148229 AAACAATGATTGGGCTCTATGGTG...CAGAACCAGAGCTGGGGTCTGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 GCGGGCCCTGCCGGCACAGGCACCCCCAGCCTCCTTCGGGGCAAGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152799 GCGGGCCCTGCCGGCACAGGCACCCCCAGCCTCCTTCGGGGCAAGAGGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 CGGACATGCAACCAACTACCGGATCGTGGCCCCCAGGAGCCGGGACGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152849 CGGACATGCAACCAACTACCGGATCGTGGCCCCCAGGAGCCGGGACGAGA

   1450     .
   1325 GAGGC
        |||||
 152899 GAGGC