seq1 = pF1KB8710.tfa, 1200 bp
seq2 = pF1KB8710/gi568815596r_101177241.tfa (gi568815596r:101177241_101408588), 231348 bp

>pF1KB8710 1200
>gi568815596r:101177241_101408588 (Chr2)

(complement)

1-460  (100001-100460)   100% ->
461-711  (113408-113658)   100% ->
712-780  (114507-114575)   100% ->
781-863  (119534-119616)   100% ->
864-960  (122412-122508)   100% ->
961-1159  (126532-126730)   99% ->
1160-1200  (131308-131348)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTGGCGGCGGCGCGAAGCCAGCGTCGGGGCTCGCGGCGTGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTGGCGGCGGCGCGAAGCCAGCGTCGGGGCTCGCGGCGTGTTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGGCGTTGCTCGCCCTGGCCCTGTGCGTGCCCGGGGCCCGGGGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTGGCGTTGCTCGCCCTGGCCCTGTGCGTGCCCGGGGCCCGGGGCCGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCTCGAGTGGTTCTCGGCCGTGGTAAACATCGAGTACGTGGACCCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTCTCGAGTGGTTCTCGGCCGTGGTAAACATCGAGTACGTGGACCCGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCAACCTGACGGTGTGGAGCGTCTCGGAGAGTGGCCGCTTCGGCGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCAACCTGACGGTGTGGAGCGTCTCGGAGAGTGGCCGCTTCGGCGACAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCGCCCAAGGAGGGCGCGCATGGCCTGGTGGGCGTCCCGTGGGCGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTCGCCCAAGGAGGGCGCGCATGGCCTGGTGGGCGTCCCGTGGGCGCCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGGAGACCTCGAGGGCTGCGCGCCCGACACGCGCTTCTTCGTGCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGGAGACCTCGAGGGCTGCGCGCCCGACACGCGCTTCTTCGTGCCCGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCGGCGGCCGAGGGGCCGCGCCCTGGGTCGCCCTGGTGGCTCGTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCCGGCGGCCGAGGGGCCGCGCCCTGGGTCGCCCTGGTGGCTCGTGGGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTGCACCTTCAAGGACAAGGTGCTGGTGGCGGCGCGGAGGAACGCCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTGCACCTTCAAGGACAAGGTGCTGGTGGCGGCGCGGAGGAACGCCTCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCGTCGTCCTCTACAATGAGGAGCGCTACGGGAACATCACCTTGCCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCGTCGTCCTCTACAATGAGGAGCGCTACGGGAACATCACCTTGCCCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCTCACGCGG         GAACAGGAAATATAGTGGTCATTATGATTAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCTCACGCGGGTG...CAGGAACAGGAAATATAGTGGTCATTATGATTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTATCCAAAAGGAAGAGAAATTTTGGAGCTGGTGCAAAAAGGAATTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113439 CTATCCAAAAGGAAGAGAAATTTTGGAGCTGGTGCAAAAAGGAATTCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TAACGATGACCATAGGGGTTGGCACCCGGCATGTACAGGAGTTCATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113489 TAACGATGACCATAGGGGTTGGCACCCGGCATGTACAGGAGTTCATCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GGTCAGTCTGTGGTGTTTGTGGCCATTGCCTTCATCACCATGATGATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113539 GGTCAGTCTGTGGTGTTTGTGGCCATTGCCTTCATCACCATGATGATTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTCGTTAGCCTGGCTAATATTTTACTATATACAGCGTTTCCTATATACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113589 CTCGTTAGCCTGGCTAATATTTTACTATATACAGCGTTTCCTATATACTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCTCTCAGATTGGAAGTCAG         AGCCATAGAAAAGAAACTAAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 113639 GCTCTCAGATTGGAAGTCAGGTA...AAGAGCCATAGAAAAGAAACTAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AAAGTTATTGGCCAGCTTCTACTTCATACTGTAAAGCATGGAGAAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 114528 AAAGTTATTGGCCAGCTTCTACTTCATACTGTAAAGCATGGAGAAAAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    781        GGAATTGATGTTGATGCTGAAAATTGTGCAGTGTGTATTGAAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114578 A...CAGGGAATTGATGTTGATGCTGAAAATTGTGCAGTGTGTATTGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ATTTCAAAGTAAAGGATATTATTAGAATTCTGCCATGCAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 119577 ATTTCAAAGTAAAGGATATTATTAGAATTCTGCCATGCAAGTA...TAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CATATTTTTCATAGAATATGCATTGACCCATGGCTTTTGGATCACCGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122413 CATATTTTTCATAGAATATGCATTGACCCATGGCTTTTGGATCACCGAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 ATGTCCAATGTGTAAACTTGATGTCATCAAAGCCCTAGGATATTGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 122463 ATGTCCAATGTGTAAACTTGATGTCATCAAAGCCCTAGGATATTGGGTT.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961      GGAGAGCCTGGGGATGTACAGGAGATGCCTGCTCCAGAATCTCCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122513 ..AAGGGAGAGCCTGGGGATGTACAGGAGATGCCTGCTCCAGAATCTCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CCTGGAAGGGATCCAGCTGCAAATTTGAGTCTAGCTTTACCAGATGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126577 CCTGGAAGGGATCCAGCTGCAAATTTGAGTCTAGCTTTACCAGATGATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CGGAAGTGATGAGAGCAGTCCACCATCAGCCTCCCCTGCTGAATCTGAGC
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126627 CGGAAGTGATGACAGCAGTCCACCATCAGCCTCCCCTGCTGAATCTGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CACAGTGTGATCCCAGCTTTAAAGGAGATGCAGGAGAAAATACGGCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126677 CACAGTGTGATCCCAGCTTTAAAGGAGATGCAGGAGAAAATACGGCATTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CTAG         AAGCCGGCAGGAGTGACTCTCGGCATGGAGGACCCAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126727 CTAGGTG...CAGAAGCCGGCAGGAGTGACTCTCGGCATGGAGGACCCAT

   1250 
   1197 CTCC
        ||||
 131345 CTCC