seq1 = pF1KB8707.tfa, 1617 bp
seq2 = pF1KB8707/gi568815595f_180812686.tfa (gi568815595f:180812686_181070359), 257674 bp

>pF1KB8707 1617
>gi568815595f:180812686_181070359 (Chr3)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-104  (120649-120701)   100% ->
105-198  (122453-122546)   100% ->
199-270  (135180-135251)   100% ->
271-419  (135662-135810)   100% ->
420-513  (136036-136129)   100% ->
514-630  (136542-136658)   100% ->
631-801  (138613-138783)   100% ->
802-880  (141077-141155)   100% ->
881-990  (145134-145243)   100% ->
991-1077  (148783-148869)   100% ->
1078-1135  (150198-150255)   100% ->
1136-1198  (150343-150405)   100% ->
1199-1402  (155366-155569)   100% ->
1403-1604  (157473-157674)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAGCTGACGGTGGAGGTTCGCGGCTCTAACGGGGCTTTCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGAGCTGACGGTGGAGGTTCGCGGCTCTAACGGGGCTTTCTACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         GGATTTATCAAAGATGTTCATGAAGACTCCCTTACAGTTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTA...CAGGGATTTATCAAAGATGTTCATGAAGACTCCCTTACAGTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTTTTGAAAATAA         TTGGCAACCAGAACGCCAGGTTCCATTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 120689 TTTTTGAAAATAAGTA...CAGTTGGCAACCAGAACGCCAGGTTCCATTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AATGAAGTTAGATTACCACCACCACCTGATATAAAAAAAGAAATTAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122481 AATGAAGTTAGATTACCACCACCACCTGATATAAAAAAAGAAATTAGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGGAGATGAAGTAGAG         GTATATTCAAGAGCAAATGACCAAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 122531 AGGAGATGAAGTAGAGGTA...CAGGTATATTCAAGAGCAAATGACCAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGCCATGTGGGTGGTGGTTGGCTAAAGTTCGGATGATGAAAGGAGAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 135205 AGCCATGTGGGTGGTGGTTGGCTAAAGTTCGGATGATGAAAGGAGAAGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    271       TTTTATGTCATTGAATATGCTGCTTGTGACGCTACTTACAATGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135255 ...TAGTTTTATGTCATTGAATATGCTGCTTGTGACGCTACTTACAATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AATAGTCACATTTGAACGACTTCGGCCTGTCAATCAAAATAAAACTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135706 AATAGTCACATTTGAACGACTTCGGCCTGTCAATCAAAATAAAACTGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAAAAAATACCTTCTTTAAATGCACAGTGGATGTTCCTGAGGATTTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135756 AAAAAAATACCTTCTTTAAATGCACAGTGGATGTTCCTGAGGATTTGAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAGGC         GTGTGCTAATGAAAATGCACATAAAGATTTTAAGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135806 GAGGCGTG...TAGGTGTGCTAATGAAAATGCACATAAAGATTTTAAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGCAGTAGGAGCATGCAGAATTTTTTACCATCCAGAAACAACACAGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136072 AGCAGTAGGAGCATGCAGAATTTTTTACCATCCAGAAACAACACAGCTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGATACTG         TCTGCCAGTGAAGCAACTGTGAAGAGAGTAAAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 136122 TGATACTGGTA...TAGTCTGCCAGTGAAGCAACTGTGAAGAGAGTAAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ATCTTAAGTGACATGCATTTGCGAAGTATTCGTACGAAGTTGATGCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136575 ATCTTAAGTGACATGCATTTGCGAAGTATTCGTACGAAGTTGATGCTTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GTCCAGAAATGAAGAGGCCACTAAGCATTTAGAA         TGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 136625 GTCCAGAAATGAAGAGGCCACTAAGCATTTAGAAGTA...TAGTGCACAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AACAACTTGCAGCAGCTTTTCATGAGGAATTTGTTGTGAGAGAAGATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138620 AACAACTTGCAGCAGCTTTTCATGAGGAATTTGTTGTGAGAGAAGATTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ATGGGCCTGGCAATAGGAACACATGGTAGTAACATCCAGCAAGCTAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138670 ATGGGCCTGGCAATAGGAACACATGGTAGTAACATCCAGCAAGCTAGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGTTCCTGGAGTTACCGCCATTGAGCTAGATGAAGATACTGGAACATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138720 GGTTCCTGGAGTTACCGCCATTGAGCTAGATGAAGATACTGGAACATTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GAATCTACGGAGAG         AGTGCTGATGCTGTAAAAAAGGCTAGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 138770 GAATCTACGGAGAGGTA...CAGAGTGCTGATGCTGTAAAAAAGGCTAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GGTTTCTTGGAATTTGTGGAGGATTTTATTCAGGTTCCTAGGAATCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141104 GGTTTCTTGGAATTTGTGGAGGATTTTATTCAGGTTCCTAGGAATCTCGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TG         GAAAAGTAATTGGAAAAAATGGCAAAGTTATTCAAGAAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141154 TGGTA...AAGGAAAAGTAATTGGAAAAAATGGCAAAGTTATTCAAGAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TAGTGGACAAATCTGGTGTGGTTCGAGTGAGAATTGAAGGGGACAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145173 TAGTGGACAAATCTGGTGTGGTTCGAGTGAGAATTGAAGGGGACAATGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AATAAATTACCCAGAGAAGAC         GGTATGGTTCCATTTGTATT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 145223 AATAAATTACCCAGAGAAGACGTA...CAGGGTATGGTTCCATTTGTATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TGTTGGCACTAAAGAAAGCATTGGAAATGTGCAGGTTCTTCTAGAGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148803 TGTTGGCACTAAAGAAAGCATTGGAAATGTGCAGGTTCTTCTAGAGTATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ATATTGCCTATCTAAAG         GAAGTAGAACAGCTAAGAATGGAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 148853 ATATTGCCTATCTAAAGGTT...TAGGAAGTAGAACAGCTAAGAATGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CGCCTACAGATTGATGAACAGCTGCGACAGATTG         GTTCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 150222 CGCCTACAGATTGATGAACAGCTGCGACAGATTGGTA...AAGGTTCTAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 GTCTTATAGCGGAAGAGGCAGAGGTCGTCGGGGACCTAATTACACCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150350 GTCTTATAGCGGAAGAGGCAGAGGTCGTCGGGGACCTAATTACACCTCCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 GTTATG         GTACAAATTCTGAGCTGTCTAACCCCTCTGAAACG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150400 GTTATGGTA...AAGGTACAAATTCTGAGCTGTCTAACCCCTCTGAAACG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 GAATCTGAGCGTAAAGACGAGCTGAGTGATTGGTCATTGGCAGGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155401 GAATCTGAGCGTAAAGACGAGCTGAGTGATTGGTCATTGGCAGGAGAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 TGATCGAGACAGCCGACATCAGCGTGACAGCAGGAGACGCCCAGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155451 TGATCGAGACAGCCGACATCAGCGTGACAGCAGGAGACGCCCAGGAGGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 GAGGCAGAAGTGTTTCAGGGGGTCGAGGTCGTGGTGGACCACGTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155501 GAGGCAGAAGTGTTTCAGGGGGTCGAGGTCGTGGTGGACCACGTGGTGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 AAATCCTCCATCAGTTCTG         TGCTCAAAGATCCAGACAGCAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 155551 AAATCCTCCATCAGTTCTGGTA...TAGTGCTCAAAGATCCAGACAGCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 TCCATACAGCTTACTTGATAATACAGAATCAGATCAGACTGCAGACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157495 TCCATACAGCTTACTTGATAATACAGAATCAGATCAGACTGCAGACACTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 ATGCCAGCGAATCTCATCACAGTACTAACCGTCGTAGGCGGTCTCGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157545 ATGCCAGCGAATCTCATCACAGTACTAACCGTCGTAGGCGGTCTCGTAGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 CGAAGGACTGATGAAGATGCTGTTCTGATGGATGGAATGACTGAATCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157595 CGAAGGACTGATGAAGATGCTGTTCTGATGGATGGAATGACTGAATCTGA

   1700     .    :    .    :    .    :
   1575 TACAGCTTCAGTTAATGAAAATGGGCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 157645 TACAGCTTCAGTTAATGAAAATGGGCTAGG