seq1 = pF1KB8705.tfa, 1128 bp
seq2 = pF1KB8705/gi568815597f_100796263.tfa (gi568815597f:100796263_101074854), 278592 bp

>pF1KB8705 1128
>gi568815597f:100796263_101074854 (Chr1)

1-80  (100001-100080)   100% ->
81-182  (100308-100409)   100% ->
183-296  (110590-110703)   100% ->
297-384  (114801-114888)   100% ->
385-511  (115850-115976)   100% ->
512-655  (117401-117544)   100% ->
656-706  (121815-121865)   100% ->
707-842  (125444-125579)   100% ->
843-933  (165566-165656)   100% ->
934-1083  (169507-169656)   100% ->
1084-1128  (178548-178592)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGCCCCTGTCCATCAAAGACGATGAATACAAACCACCCAAGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTGCCCCTGTCCATCAAAGACGATGAATACAAACCACCCAAGTTCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTGTTCGGCAAGATCTCGGGCTGGTTTAG         GTCTATACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100051 TTTGTTCGGCAAGATCTCGGGCTGGTTTAGGTG...CAGGTCTATACTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCGACAAGACTTCCCGGAACCTGTTTTTCTTCCTGTGCCTGAACCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100319 CCGACAAGACTTCCCGGAACCTGTTTTTCTTCCTGTGCCTGAACCTCTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCGCTTTTGTGGAACTACTCTACGGCATCTGGAGCAACTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100369 TTCGCTTTTGTGGAACTACTCTACGGCATCTGGAGCAACTGGTA...CAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTTAGGCTTGATTTCCGACTCTTTTCACATGTTTTTCGATAGCACTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110590 CTTAGGCTTGATTTCCGACTCTTTTCACATGTTTTTCGATAGCACTGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTTTGGCTGGACTGGCAGCTTCTGTTATTTCAAAATGGAGAGATAATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110640 TTTTGGCTGGACTGGCAGCTTCTGTTATTTCAAAATGGAGAGATAATGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTTTCTCCTATGG         GTATGTTAGAGCGGAAGTTCTGGCTGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 110690 GCTTTCTCCTATGGGTA...TAGGTATGTTAGAGCGGAAGTTCTGGCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTTTGTCAATGGCCTATTTTTGATCTTCACTGCTTTTTTTATTTTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114828 CTTTGTCAATGGCCTATTTTTGATCTTCACTGCTTTTTTTATTTTCTCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGGAGTTGAG         AGAGCATTAGCCCCTCCAGATGTCCACCAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 114878 AAGGAGTTGAGGTA...TAGAGAGCATTAGCCCCTCCAGATGTCCACCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAGAGACTGCTTCTTGTTTCCATTCTTGGGTTTGTGGTAAACCTAATAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115880 GAGAGACTGCTTCTTGTTTCCATTCTTGGGTTTGTGGTAAACCTAATAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AATATTTGTTTTCAAACATGGAGGTCATGGACATTCTCATGGCTCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 115930 AATATTTGTTTTCAAACATGGAGGTCATGGACATTCTCATGGCTCTGGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    512       GCCACGGACACAGTCATTCCCTCTTTAATGGTGCTCTAGATCAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115980 ...TAGGCCACGGACACAGTCATTCCCTCTTTAATGGTGCTCTAGATCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCACATGGCCATGTCGATCATTGCCATAGCCATGAAGTGAAACATGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117445 GCACATGGCCATGTCGATCATTGCCATAGCCATGAAGTGAAACATGGTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGCACATAGCCATGATCATGCTCATGGACATGGACACTTTCATTCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117495 TGCACATAGCCATGATCATGCTCATGGACATGGACACTTTCATTCTCATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656          ATGGCCCGTCCTTAAAAGAAACAACAGGACCCAGCAGACAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117545 GTG...CAGATGGCCCGTCCTTAAAAGAAACAACAGGACCCAGCAGACAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATTTTACAAG         GTGTATTTTTACATATCCTAGCAGATACACT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 121856 ATTTTACAAGGTA...TAGGTGTATTTTTACATATCCTAGCAGATACACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGGAAGTATTGGTGTAATTGCTTCTGCCATCATGATGCAAAATTTTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125475 TGGAAGTATTGGTGTAATTGCTTCTGCCATCATGATGCAAAATTTTGGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGATGATAGCAGATCCTATCTGTTCAATTCTTATAGCCATTCTTATAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125525 TGATGATAGCAGATCCTATCTGTTCAATTCTTATAGCCATTCTTATAGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTAAG         TGTTATTCCTCTTTTAAGAGAATCTGTTGGAATATT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125575 GTAAGGTA...TAGTGTTATTCCTCTTTTAAGAGAATCTGTTGGAATATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AATGCAGAGAACTCCTCCCCTATTAGAAAATAGTCTGCCTCAGTGCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165602 AATGCAGAGAACTCCTCCCCTATTAGAAAATAGTCTGCCTCAGTGCTATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGAGG         GTACAGCAGTTGCAAGGAGTTTACAGTTTACAGGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165652 AGAGGGTG...CAGGTACAGCAGTTGCAAGGAGTTTACAGTTTACAGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CAGCACTTCTGGACTTTATGTTCTGACGTTTATGTTGGGACCTTGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169543 CAGCACTTCTGGACTTTATGTTCTGACGTTTATGTTGGGACCTTGAAATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AATAGTAGCACCTGATGCTGATGCTAGGTGGATTTTAAGCCAAACACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169593 AATAGTAGCACCTGATGCTGATGCTAGGTGGATTTTAAGCCAAACACATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATATTTTTACTCAG         GCTGGAGTGAGACAGCTCTACGTACAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 169643 ATATTTTTACTCAGGTA...CAGGCTGGAGTGAGACAGCTCTACGTACAG

   1200     .    :    .
   1111 ATTGACTTTGCAGCCATG
        ||||||||||||||||||
 178575 ATTGACTTTGCAGCCATG