seq1 = pF1KB8704.tfa, 714 bp
seq2 = pF1KB8704/gi568815595f_115576024.tfa (gi568815595f:115576024_115820879), 244856 bp

>pF1KB8704 714
>gi568815595f:115576024_115820879 (Chr3)

1-30  (47667-47696)   100% ->
31-628  (99990-100587)   100% ->
629-714  (144771-144856)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTGCTGTATGAGAAGAACCAAACAG         GTTGAAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  47667 ATGCTGTGCTGTATGAGAAGAACCAAACAGGTA...AAGGTTGAAAAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGATGACGACCAAAAGATTGAACAAGATGGTATCAAACCAGAAGATAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 TGATGACGACCAAAAGATTGAACAAGATGGTATCAAACCAGAAGATAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCATAAGGCCGCAACCAAAATTCAGGCTAGCTTCCGTGGACACATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCATAAGGCCGCAACCAAAATTCAGGCTAGCTTCCGTGGACACATAACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGGAAAAAGCTCAAAGGAGAGAAGAAGGATGATGTCCAAGCTGCTGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGAAAAAGCTCAAAGGAGAGAAGAAGGATGATGTCCAAGCTGCTGAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAAGCTAATAAGAAGGATGAAGCCCCTGTTGCCGATGGGGTGGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGAAGCTAATAAGAAGGATGAAGCCCCTGTTGCCGATGGGGTGGAGAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGGAGAAGGCACCACTACTGCCGAAGCAGCCCCAGCCACTGGCTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGGGAGAAGGCACCACTACTGCCGAAGCAGCCCCAGCCACTGGCTCCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCTGATGAGCCCGGCAAAGCAGGAGAAACTCCTTCCGAGGAGAAGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCTGATGAGCCCGGCAAAGCAGGAGAAACTCCTTCCGAGGAGAAGAAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGAGGGTGATGCTGCCACAGAGCAGGCAGCCCCCCAGGCTCCTGCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGAGGGTGATGCTGCCACAGAGCAGGCAGCCCCCCAGGCTCCTGCATCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAGAGGAGAAGGCCGGCTCAGCTGAGACAGAAAGTGCCACTAAAGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAGAGGAGAAGGCCGGCTCAGCTGAGACAGAAAGTGCCACTAAAGCTTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACTGATAACTCGCCGTCCTCCAAGGCTGAAGATGCCCCAGCCAAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACTGATAACTCGCCGTCCTCCAAGGCTGAAGATGCCCCAGCCAAGGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCCTAAACAAGCCGATGTGCCTGCTGCTGTCACTGCTGCTGCTGCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCCTAAACAAGCCGATGTGCCTGCTGCTGTCACTGCTGCTGCTGCCACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCCCTGCCGCAGAGGATGCTGCTGCCAAGGCAACAGCCCAGCCTCCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCCCTGCCGCAGAGGATGCTGCTGCCAAGGCAACAGCCCAGCCTCCAACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GAGACTGGGGAGAGCAGCCAAGCTGAAGAGAACATAG         AAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100551 GAGACTGGGGAGAGCAGCCAAGCTGAAGAGAACATAGGTG...CAGAAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGTAGATGAAACCAAACCTAAGGAAAGTGCCCGGCAGGACGAGGGTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144775 TGTAGATGAAACCAAACCTAAGGAAAGTGCCCGGCAGGACGAGGGTAAAG

    700     .    :    .    :    .    :
    683 AAGAGGAACCTGAGGCTGACCAAGAACATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 144825 AAGAGGAACCTGAGGCTGACCAAGAACATGCC