seq1 = pF1KB8703.tfa, 1722 bp
seq2 = pF1KB8703/gi568815581f_7463077.tfa (gi568815581f:7463077_7671480), 208404 bp

>pF1KB8703 1722
>gi568815581f:7463077_7671480 (Chr17)

1-715  (100001-100715)   99% ->
716-955  (101549-101788)   100% ->
956-1067  (101883-101994)   100% ->
1068-1215  (102364-102511)   100% ->
1216-1263  (102641-102688)   100% ->
1264-1341  (103851-103928)   100% ->
1342-1479  (107280-107417)   100% ->
1480-1563  (107605-107688)   100% ->
1564-1614  (107807-107857)   100% ->
1615-1722  (108297-108404)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAGAGACTATACAAGGGACCGGGTCCTGGGGGCCTGAGCCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAAGAGACTATACAAGGGACCGGGTCCTGGGGGCCTGAGCCTCCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCCGGCATACCCCCAGCTTACTCAAGTCCCAGGCGGGAGCGTCTTCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCCGGCATACCCCCAGCTTACTCAAGTCCCAGGCGGGAGCGTCTTCGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCCCCCACCTCCCAAACCCCGACTCAAGTCAGGTGGAGGGTTTGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCCCCCACCTCCCAAACCCCGACTCAAGTCAGGTGGAGGGTTTGGGCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATCCTGGGTCAGGGACCACAGTGCCAGCCAGACGCCTCCCTGTCCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GATCCTGGGTCAGGGACCACAGTGCCAGCCAGACGCCTCCCTGTCCCCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACCCTCTTTTGATGCCTCAGCAAGTGAAGAGGAGGAAGAAGAGGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACCCTCTTTTGATGCCTCAGCAAGTGAAGAGGAGGAAGAAGAGGAGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGTGGATGAAGATGAAGAGGAGGAAGTGGCAGCTTGGAGGCTGCCCCCA
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGAGGATGAAGATGAAGAGGAGGAAGTGGCAGCTTGGAGGCTGCCCCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGATGGAGTCAGCTGGGAACCTCCCAGCGGCCCCGCCCTTCCCGCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGATGGAGTCAGCTGGGAACCTCCCAGCGGCCCCGCCCTTCCCGCCCCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCATCGAAAAACCTGCTCACAGCGCCGCCGCCGAGCCATGAGAGCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCATCGAAAAACCTGCTCACAGCGCCGCCGCCGAGCCATGAGAGCCTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGATGCTGCTCTACTCAAAAAGCACCTCGCTGACATTCCACTGGAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGATGCTGCTCTACTCAAAAAGCACCTCGCTGACATTCCACTGGAAGCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGGGGGCGCCACCGGGGCCGGCGGCGGGGCCTCGCACACCCCAAGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGGGGGCGCCACCGGGGCCGGCGGCGGGGCCTCGCACACCCCAAGAACCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCTTTCACCCCAGCAAGGGGGTGCGACGCCACAGGTGCCATCCCCCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCTTTCACCCCAGCAAGGGGGTGCGACGCCACAGGTGCCATCCCCCTGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GTCGTTTTGACTCCCCCCGGGGGCCACCTCCACCCCGGCTGGGTCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GTCGTTTTGACTCCCCCCGGGGGCCACCTCCACCCCGGCTGGGTCTGCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGTGCTCTCATGGCTGAGGATGGGGTGAGAGGGTCTCCACCAGTGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGTGCTCTCATGGCTGAGGATGGGGTGAGAGGGTCTCCACCAGTGCCCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGGGCCCCCCATGGAGGAAGATGGACTCAGGTGGACTCCAAAGTCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGGGCCCCCCATGGAGGAAGATGGACTCAGGTGGACTCCAAAGTCTCCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGGACCCTGACTCGG         GCCTCCTTTCATGTACTCTGCCCAAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGGACCCTGACTCGGGTA...TAGGCCTCCTTTCATGTACTCTGCCCAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GGTTTTGGGGGACAATCTGGGCCAGAAGGGGAGCGCAGCTTGGCACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101575 GGTTTTGGGGGACAATCTGGGCCAGAAGGGGAGCGCAGCTTGGCACCCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGATGCCAGCATCCTCATCAGCAATGTGTGCAGCATCGGGGACCATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101625 TGATGCCAGCATCCTCATCAGCAATGTGTGCAGCATCGGGGACCATGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCCAGGAGCTTTTTCAGGGCTCAGATTTGGGCATGGCAGAAGAGGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101675 CCCAGGAGCTTTTTCAGGGCTCAGATTTGGGCATGGCAGAAGAGGCAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AGGCCTGGGGAGAAAGCCGGCCAGCACAGCCCCCTGCGAGAGGAGCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101725 AGGCCTGGGGAGAAAGCCGGCCAGCACAGCCCCCTGCGAGAGGAGCATGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GACCTGCGTACAGA         GCATCTTGGACGAATTCCTTCAAACGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101775 GACCTGCGTACAGAGTA...CAGGCATCTTGGACGAATTCCTTCAAACGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ATGGCAGCCTCATACCCCTCAGCACTGATGAGGTAGTAGAGAAGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101910 ATGGCAGCCTCATACCCCTCAGCACTGATGAGGTAGTAGAGAAGCTGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GACATTTTCCAGCAGGAGTTTTCCACCCCTTCCAG         GAAGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101960 GACATTTTCCAGCAGGAGTTTTCCACCCCTTCCAGGTG...CAGGAAGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CCTGGTGTTGCAGCTGATCCAGTCTTACCAGCGGATGCCAGGCAATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102370 CCTGGTGTTGCAGCTGATCCAGTCTTACCAGCGGATGCCAGGCAATGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TGGTGAGGGGCTTCCGAGTGGCTTATAAGCGGCACGTGCTGACCATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102420 TGGTGAGGGGCTTCCGAGTGGCTTATAAGCGGCACGTGCTGACCATGGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GACTTGGGGACCTTGTATGGACAGAACTGGCTCAATGACCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102470 GACTTGGGGACCTTGTATGGACAGAACTGGCTCAATGACCAGGTG...CA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1216  GTGATGAACATGTATGGAGACCTGGTCATGGACACAGTCCCTGAAAAG 
        >||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102640 GGTGATGAACATGTATGGAGACCTGGTCATGGACACAGTCCCTGAAAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1264         GTGCATTTCTTCAATAGTTTCTTCTATGATAAACTCCGTACC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102690 TA...CAGGTGCATTTCTTCAATAGTTTCTTCTATGATAAACTCCGTACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 AAGGGTTATGATGGGGTGAAAAGGTGGACCAAAAAC         GTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103893 AAGGGTTATGATGGGGTGAAAAGGTGGACCAAAAACGTG...TAGGTGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CATCTTCAATAAGGAGCTACTGCTAATCCCCATCCACCTGGAGGTGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107285 CATCTTCAATAAGGAGCTACTGCTAATCCCCATCCACCTGGAGGTGCATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 GGTCCCTCATCTCTGTTGATGTGAGGCGACGCACCATCACCTATTTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107335 GGTCCCTCATCTCTGTTGATGTGAGGCGACGCACCATCACCTATTTTGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 TCGCAGCGTACCCTAAACCGCCGCTGCCCTAAG         CATATTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 107385 TCGCAGCGTACCCTAAACCGCCGCTGCCCTAAGGTT...TAGCATATTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CAAGTATCTACAGGCAGAGGCGGTAAAGAAAGACCGACTGGATTTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107613 CAAGTATCTACAGGCAGAGGCGGTAAAGAAAGACCGACTGGATTTCCACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 AGGGCTGGAAAGGTTACTTCAAAATG         AATGTGGCCAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 107663 AGGGCTGGAAAGGTTACTTCAAAATGGTG...TAGAATGTGGCCAGGCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 AATAATGACAGTGACTGTGGTGCTTTTGTGTTGCAG         TACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 107822 AATAATGACAGTGACTGTGGTGCTTTTGTGTTGCAGGTA...CAGTACTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 CAAGCATCTGGCCCTGTCTCAGCCATTCAGCTTCACCCAGCAGGACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108302 CAAGCATCTGGCCCTGTCTCAGCCATTCAGCTTCACCCAGCAGGACATGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CCAAACTTCGTCGGCAGATCTACAAGGAGCTGTGTCACTGCAAACTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108352 CCAAACTTCGTCGGCAGATCTACAAGGAGCTGTGTCACTGCAAACTCACT

   1800 
   1720 GTG
        |||
 108402 GTG