seq1 = pF1KB8699.tfa, 1623 bp
seq2 = pF1KB8699/gi568815597r_70162720.tfa (gi568815597r:70162720_70454408), 291689 bp

>pF1KB8699 1623
>gi568815597r:70162720_70454408 (Chr1)

(complement)

1-430  (100001-100430)   99% ->
431-472  (118310-118351)   100% ->
473-577  (129452-129556)   100% ->
578-663  (138843-138928)   100% ->
664-709  (140619-140664)   100% ->
710-776  (148119-148185)   100% ->
777-921  (153501-153645)   99% ->
922-1053  (158148-158279)   100% ->
1054-1215  (161860-162021)   99% ->
1216-1295  (177565-177644)   98% ->
1296-1394  (179591-179689)   100% ->
1395-1495  (183453-183553)   100% ->
1496-1623  (191562-191689)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCGGGGAGAAGATCCGCTCACTGCGGAGGGACCACAAGCCCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCGGGGAGAAGATCCGCTCACTGCGGAGGGACCACAAGCCCAGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAAGAAGGGGACCTGCTGGAGCCCGGGGATGAGGAAGCGGCGGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAAGAAGGGGACCTGCTGGAGCCCGGGGATGAGGAAGCGGCGGCTGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGGCGGTACCTTTACCAGAAGCAGGATTGGCAAGGGCGGCAAAGCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGGCGGTACCTTTACCAGAAGCAGGATTGGCAAGGGCGGCAAAGCTTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CATAAGACCTTCAGTAACCATCACCACCGGCTACAGCTGAAGGCAGCTCC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CATAAGATCTTCAGTAACCATCACCACCGGCTACAGCTGAAGGCAGCTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCTCCTCCAATCCCCCCGGCGCCCCGGCTCTGCCGCTGCACAATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCCTCCTCCAATCCCCCCGGCGCCCCGGCTCTGCCGCTGCACAATTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGTGACTGCCAACTCCCAGTCCCCGGCCCTTCTGGCCGGCACCAACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGTGACTGCCAACTCCCAGTCCCCGGCCCTTCTGGCCGGCACCAACCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTTGCTGTCGTCGCGGATGGAGGCAGTTGCCCCGCACACTACCCGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTTGCTGTCGTCGCGGATGGAGGCAGTTGCCCCGCACACTACCCGGTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGAGTGCGTCTTCAAGGGGGATGTGAGGAGACTCTCCTCTCTCATCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGAGTGCGTCTTCAAGGGGGATGTGAGGAGACTCTCCTCTCTCATCCGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGCACAATATCGGGCAGAAAGATAATCACG         GAAATACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100401 CGCACAATATCGGGCAGAAAGATAATCACGGTG...TAGGAAATACTCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTACACCTTGCTGTGATGTTAGGAAATAAAG         AATGTGCCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 118321 TTACACCTTGCTGTGATGTTAGGAAATAAAGGTT...CAGAATGTGCCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTTACTTTTGGCTCACAATGCTCCAGTCAAGGTGAAAAATGCTCAGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129462 TTTACTTTTGGCTCACAATGCTCCAGTCAAGGTGAAAAATGCTCAGGGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GGAGCCCTCTGGCGGAAGCCATCAGCTATGGAGATAGGCAGATGA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 129512 GGAGCCCTCTGGCGGAAGCCATCAGCTATGGAGATAGGCAGATGAGTA..

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    578     TTACAGCTCTTTTGAGGAAGCTTAAGCAGCAATCCAGGGAAAGTGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129562 .TAGTTACAGCTCTTTTGAGGAAGCTTAAGCAGCAATCCAGGGAAAGTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGAAGAAAAACGACCTCGATTATTAAAAGCCCTGAAAGAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 138889 TGAAGAAAAACGACCTCGATTATTAAAAGCCCTGAAAGAGGTA...CAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TAGGTGACTTTTATCTAGAACTTCACTGGGATTTTCAAAGCTGGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 140620 TAGGTGACTTTTATCTAGAACTTCACTGGGATTTTCAAAGCTGGGGTA..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    710     TGCCTTTACTTTCCCGAATTCTGCCTTCCGATGCATGTAAAATATA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140670 .CAGTGCCTTTACTTTCCCGAATTCTGCCTTCCGATGCATGTAAAATATA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAAACAAGGTATCAATATCAG         GCTTGACACAACTCTCATAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 148165 CAAACAAGGTATCAATATCAGGTA...CAGGCTTGACACAACTCTCATAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACTTTACTGACATGAAGTGCCAACGAGGGGGTCTAAGCTTCATTTTCAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 153521 ACTTTACTGACATGAAGTGCCAACGAGGGGATCTAAGCTTCATTTTCAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGGGATGCGGCGCCCTCTGAATCTTTTGTAGTATTAGACAATGAACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153571 GGGGATGCGGCGCCCTCTGAATCTTTTGTAGTATTAGACAATGAACAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGTTTATCAGCGAATACATCATGAG         GAATCAGAGATGGAAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 153621 AGTTTATCAGCGAATACATCATGAGGTG...CAGGAATCAGAGATGGAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CAGAAGAAGAGGTGGATATTTTAATGAGCAGTGATATTTACTCTGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158164 CAGAAGAAGAGGTGGATATTTTAATGAGCAGTGATATTTACTCTGCAACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTATCAACAAAATCAATTTCTTTCACGCGTGCCCAGACAGGATGGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158214 TTATCAACAAAATCAATTTCTTTCACGCGTGCCCAGACAGGATGGCTTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TCGGGAAGATAAAACA         GGAAGAGTAGGAAACTTTTTGGCAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>| |||||||||||||||||||||||
 158264 TCGGGAAGATAAAACAGTA...TAGGAAAGAGTAGGAAACTTTTTGGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACTTTTACCTGGTGAATGGACTTGTTTTAGAATCAAGGAAAAGAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161885 ACTTTTACCTGGTGAATGGACTTGTTTTAGAATCAAGGAAAAGAAGAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CATCTCAGTGAAGAGGATATTCTTCGAAATAAGGCCATCATGGAGAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161935 CATCTCAGTGAAGAGGATATTCTTCGAAATAAGGCCATCATGGAGAGTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GAGTAAAGGTGGAAACATAATGGAACAGAATTTTGAG         CCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 161985 GAGTAAAGGTGGAAACATAATGGAACAGAATTTTGAGGTA...CAGCCGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TTCGAAGACAGTCTCTTTCACCTCCTCCTCAGAACACTATTACATGGGAA
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 177569 TTCGAAGACAGTCTCTTACACCTCCTCCTCAGAACACTATTACATGGGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GAATATATATCTGCTGAAAATGGAAA         AGCTCCTCATCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 177619 GAATATATATCTGCTGAAAATGGAAAGTA...TAGAGCTCCTCATCTGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TAGAGAATTGGTGTGCAAAGAGAGTAAGAAAACGTTTAAAGCTACGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179606 TAGAGAATTGGTGTGCAAAGAGAGTAAGAAAACGTTTAAAGCTACGATAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CCATGAGCCAGGAATTTCCCTTAGGGATAGAGTT         ATTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 179656 CCATGAGCCAGGAATTTCCCTTAGGGATAGAGTTGTA...CAGATTATTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AATGTTTTAGAAGTAGTAGCTCCCTTCAAGCACTTTAACAAGCTTAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183460 AATGTTTTAGAAGTAGTAGCTCCCTTCAAGCACTTTAACAAGCTTAGAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 ATTTGTTCAGATGAAGCTTCCTCCAGGCTTTCCTGTAAAATTAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 183510 ATTTGTTCAGATGAAGCTTCCTCCAGGCTTTCCTGTAAAATTAGGTA...

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1496    ATATACCTGTGTTTCCCACAATCACAGCCACTGTGACTTTTCAGGAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191559 TAGATATACCTGTGTTTCCCACAATCACAGCCACTGTGACTTTTCAGGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TTTCAATACGATGAATTTGATGGCTCCATCTTTACTATACCTGATGACTA
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191609 TTTCGATACGATGAATTTGATGGCTCCATCTTTACTATACCTGATGACTA

   1700     .    :    .    :    .    :
   1593 CAAGGAAGACCCAAGCCGTTTTCCTGATCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 191659 CAAGGAAGACCCAAGCCGTTTTCCTGATCTT