seq1 = pF1KB8694.tfa, 1365 bp
seq2 = pF1KB8694/gi568815586f_12713368.tfa (gi568815586f:12713368_12929551), 216184 bp

>pF1KB8694 1365
>gi568815586f:12713368_12929551 (Chr12)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-181  (100764-100857)   98% ->
182-370  (107841-108029)   99% ->
371-442  (108288-108359)   100% ->
443-561  (108598-108716)   100% ->
562-633  (109294-109365)   100% ->
634-750  (109836-109952)   100% ->
751-897  (110503-110649)   100% ->
898-1035  (111173-111310)   100% ->
1036-1106  (112633-112703)   100% ->
1107-1236  (113879-114008)   100% ->
1237-1365  (116056-116184)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCACCCGAGGAACACGATTCTCCGACCGAAGCGTCCCAGCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCACCCGAGGAACACGATTCTCCGACCGAAGCGTCCCAGCCGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTGGAAGAGGAGGAAACTAAAACATTTAAAGACCTG         GGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 TGTGGAAGAGGAGGAAACTAAAACATTTAAAGACCTGGTG...AAGGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGACAGATGTGTTGTGTGAAGCTTGTGACCAGTTGGGATGGACAAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100768 TGACAGATGTGTTGTGTGAAGCTTGTGACCAGTTGGGATGGACAAAACCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCAAGATTCAGATTGAAGCTATTCCTTTGGCCTTACAAG         G
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100818 ACCAAGATCCAGATTGAAGCTATTCCTTTGGCCTTACAAGGTA...TAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCGTGATATCATTGGGCTTGCAGAAACTGGCCCTGGAAAGACAGGCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 107842 TCGTGATATCATTGGGCTTGCAGAAACTGGCTCTGGAAAGACAGGCGCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGCTTTGCCCATTCTAAACGCACTGCTGGAGACCCCGCAGCGTTTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107892 TTGCTTTGCCCATTCTAAACGCACTGCTGGAGACCCCGCAGCGTTTGTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCCTAGTTCTTACCCCGACTCGGGAGCTGGCCTTTCAGATCTCAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107942 GCCCTAGTTCTTACCCCGACTCGGGAGCTGGCCTTTCAGATCTCAGAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTTTGAAGCCCTGGGGTCCTCTATTGGAGTGCAGAGTG         CTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 107992 GTTTGAAGCCCTGGGGTCCTCTATTGGAGTGCAGAGTGGTA...TAGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGATTGTAGGTGGAATTGATTCAATGTCTCAATCTTTGGCCCTTGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108291 TGATTGTAGGTGGAATTGATTCAATGTCTCAATCTTTGGCCCTTGCAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAACCACATATAATAATAG         CAACTCCTGGTCGACTGATTGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 108341 AAACCACATATAATAATAGGTG...TAGCAACTCCTGGTCGACTGATTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCACTTGGAAAATACGAAAGGTTTCAACTTGAGAGCTCTCAAATACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108620 CCACTTGGAAAATACGAAAGGTTTCAACTTGAGAGCTCTCAAATACTTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCATGGATGAAGCCGACCGAATACTGAATATGGATTTTGAGACAGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 108670 TCATGGATGAAGCCGACCGAATACTGAATATGGATTTTGAGACAGAGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    562       GTTGACAAGATCCTCAAAGTGATTCCTCGAGATCGGAAAACATT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108720 ...TAGGTTGACAAGATCCTCAAAGTGATTCCTCGAGATCGGAAAACATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCTCTTCTCTGCCACCATGACCAAGAAG         GTTCAAAAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 109338 CCTCTTCTCTGCCACCATGACCAAGAAGGTG...CAGGTTCAAAAACTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGCGAGCAGCTCTGAAGAATCCTGTGAAATGTGCCGTTTCCTCTAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109849 AGCGAGCAGCTCTGAAGAATCCTGTGAAATGTGCCGTTTCCTCTAAATAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGACAGTTGAAAAATTACAGCAATATTATATTTTTATTCCCTCTAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109899 CAGACAGTTGAAAAATTACAGCAATATTATATTTTTATTCCCTCTAAATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAAG         GATACCTACCTGGTTTATATTCTAAATGAATTGGCTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109949 CAAGGTA...TAGGATACCTACCTGGTTTATATTCTAAATGAATTGGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GAAACTCCTTTATGATATTCTGCAGCACCTGTAATAATACCCAGAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110540 GAAACTCCTTTATGATATTCTGCAGCACCTGTAATAATACCCAGAGAACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCTTTGCTACTGCGAAATCTTGGCTTCACTGCCATCCCCCTCCATGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110590 GCTTTGCTACTGCGAAATCTTGGCTTCACTGCCATCCCCCTCCATGGACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AATGAGTCAG         AGTAAGCGCCTAGGATCCCTTAATAAGTTTA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 110640 AATGAGTCAGGTA...CAGAGTAAGCGCCTAGGATCCCTTAATAAGTTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGGCCAAGGCCCGTTCCATTCTTCTAGCAACTGACGTTGCCAGCCGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111204 AGGCCAAGGCCCGTTCCATTCTTCTAGCAACTGACGTTGCCAGCCGAGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TTGGACATACCTCATGTAGATGTGGTTGTCAACTTTGACATTCCTACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111254 TTGGACATACCTCATGTAGATGTGGTTGTCAACTTTGACATTCCTACCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TTCCAAG         GATTACATCCATCGAGTAGGTCGAACAGCTAGAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111304 TTCCAAGGTG...TAGGATTACATCCATCGAGTAGGTCGAACAGCTAGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTGGGCGCTCCGGAAAGGCTATTACTTTTGTCACACA         GTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 112667 CTGGGCGCTCCGGAAAGGCTATTACTTTTGTCACACAGTA...CAGGTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GATGTGGAACTCTTCCAGCGCATAGAACACTTAATTGGGAAGAAACTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113883 GATGTGGAACTCTTCCAGCGCATAGAACACTTAATTGGGAAGAAACTACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AGGTTTTCCAACACAGGATGATGAGGTTATGATGCTGACAGAACGCGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113933 AGGTTTTCCAACACAGGATGATGAGGTTATGATGCTGACAGAACGCGTCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CTGAAGCCCAAAGGTTTGCCCGAATG         GAGTTAAGGGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 113983 CTGAAGCCCAAAGGTTTGCCCGAATGGTA...CAGGAGTTAAGGGAGCAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GGAGAAAAGAAGAAACGCTCGCGAGAGGATGCTGGAGATAATGATGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116071 GGAGAAAAGAAGAAACGCTCGCGAGAGGATGCTGGAGATAATGATGACAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AGAGGGTGCTATTGGTGTCAGGAACAAGGTGGCTGGAGGAAAAATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116121 AGAGGGTGCTATTGGTGTCAGGAACAAGGTGGCTGGAGGAAAAATGAAGA

   1450     .    :
   1352 AGCGGAAAGGCCGT
        ||||||||||||||
 116171 AGCGGAAAGGCCGT