seq1 = pF1KB8693.tfa, 1614 bp
seq2 = pF1KB8693/gi568815595f_9549584.tfa (gi568815595f:9549584_9801970), 252387 bp

>pF1KB8693 1614
>gi568815595f:9549584_9801970 (Chr3)

1-159  (100001-100159)   100% ->
160-308  (104038-104186)   99% ->
309-417  (112684-112792)   100% ->
418-493  (119136-119211)   100% ->
494-554  (119849-119909)   100% ->
555-677  (121465-121587)   100% ->
678-751  (123102-123175)   100% ->
752-822  (127734-127804)   98% ->
823-897  (128401-128475)   100% ->
898-964  (133595-133661)   100% ->
965-1050  (135002-135087)   100% ->
1051-1127  (135305-135381)   100% ->
1128-1164  (135628-135664)   100% ->
1165-1235  (138238-138308)   100% ->
1236-1294  (139113-139171)   100% ->
1295-1433  (139361-139499)   100% ->
1434-1614  (152207-152387)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGGCGCTCGGGCCGCCGCCGCCGCTGCCTCGGCGGGGTCCTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGGCGCTCGGGCCGCCGCCGCCGCTGCCTCGGCGGGGTCCTCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTTCAGGCAACCAGCCGCCTCAGGAGCTGGGGCTTGGGGAGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCTTCAGGCAACCAGCCGCCTCAGGAGCTGGGGCTTGGGGAGCTGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAGTTCTCCCGGACTCAGTACCGGGCCAAGGATGGCAGCGGGACCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGAGTTCTCCCGGACTCAGTACCGGGCCAAGGATGGCAGCGGGACCGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCTCTAAG         GTTGGGCGCATTGAGAAGAGATGTCTGGAGCT
        |||||||||>>>...>>>|||| |||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCTCTAAGGTG...CAGGTTGAGCGCATTGAGAAGAGATGTCTGGAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTTGGCCGAGACTACTGTTTCAGCGTGATTCCAAACACGAATGGGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104070 GTTTGGCCGAGACTACTGTTTCAGCGTGATTCCAAACACGAATGGGGATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTGTGGCCACTATCCCCGGCACATCGTGTTCCTGGAGTATGAGAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104120 TCTGTGGCCACTATCCCCGGCACATCGTGTTCCTGGAGTATGAGAGTTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGAAGGAGAAAGACAC         GTTTGAGAGTACCGTACAGGTGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104170 GAGAAGGAGAAAGACACGTG...TAGGTTTGAGAGTACCGTACAGGTGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAGTTGCAAGACCTCATCCACCGCAGCAAGATGGCCCGGTGCAGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112708 CAAGTTGCAAGACCTCATCCACCGCAGCAAGATGGCCCGGTGCAGAGGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGTTTGTCTGCCCAGTAATCCTGTTCAAGGGCAAG         CACATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 112758 GGTTTGTCTGCCCAGTAATCCTGTTCAAGGGCAAGGTA...CAGCACATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGCAGGTCGGCCACACTGGCTGGATGGGGAGAGCTGTATGGACGCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119142 TGCAGGTCGGCCACACTGGCTGGATGGGGAGAGCTGTATGGACGCTCAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTACAACTATTTTTTCTCAG         GGGGTGCAGATGATGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 119192 CTACAACTATTTTTTCTCAGGTG...CAGGGGGTGCAGATGATGCCTGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGATGTGGAGGACGTCACGGAGGAGGACTGTGCTCTTCG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 119870 CAGATGTGGAGGACGTCACGGAGGAGGACTGTGCTCTTCGGTC...CAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGTGGTGACACGCATCTTTTTGATAAGGTCAGAGGCTATGACATCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121466 AGTGGTGACACGCATCTTTTTGATAAGGTCAGAGGCTATGACATCAAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTTCGATACCTGTCAGTCAAATACATCTGTGACCTGATGGTGGAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121516 GCTTCGATACCTGTCAGTCAAATACATCTGTGACCTGATGGTGGAGAACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGAAGGTGAAGTTTGGCATGAA         TGTAACCTCCTCTGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 121566 AGAAGGTGAAGTTTGGCATGAAGTA...TAGTGTAACCTCCTCTGAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTGGACAAAGCCCAGCGCTATGCCGACTTCACTCTCCTCTCCATCCCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123121 GTGGACAAAGCCCAGCGCTATGCCGACTTCACTCTCCTCTCCATCCCGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCCAG         GCTGCGAATTTTTCAAGGAATATAAAGATCGGGATT
        |||||>>>...>>>|||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 123171 TCCAGGTA...CAGGCTGTGAATTTTTCAAGGAATATAAAGATCGGGATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACATGGCAGAAGGGCTCATATTTAACTGGAAGCAG         GACTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 127770 ACATGGCAGAAGGGCTCATATTTAACTGGAAGCAGGTA...CAGGACTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GTTGATGCCCCATTGAGCATCCCCGACTTCCTGACTCACTCTCTGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128407 GTTGATGCCCCATTGAGCATCCCCGACTTCCTGACTCACTCTCTGAACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGACTGGAGCCAGTATCAG         TGTTGGGATCTGGTGCAACAAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 128457 TGACTGGAGCCAGTATCAGGTG...CAGTGTTGGGATCTGGTGCAACAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CACAAAACTACCTGAAGCTGCTGCTTTCCTTAGTTAACAGTGATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 133617 CACAAAACTACCTGAAGCTGCTGCTTTCCTTAGTTAACAGTGATGGTG..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965     ATGACAGCGGGCTGCTGGTACACTGTATCTCAGGCTGGGATCGGAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133667 .TAGATGACAGCGGGCTGCTGGTACACTGTATCTCAGGCTGGGATCGGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCCCCTCTTCATCTCCCTCCTGCGCCTTTCCTTGTGGGCT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 135048 CCCCCTCTTCATCTCCCTCCTGCGCCTTTCCTTGTGGGCTGTG...CAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 ATGGGCTCATCCACACGTCCCTGAAGCCCACTGAGATCCTCTACCTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135306 ATGGGCTCATCCACACGTCCCTGAAGCCCACTGAGATCCTCTACCTCACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GTGGCCTATGACTGGTTCCTCTTCGG         GCACATGTTGGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 135356 GTGGCCTATGACTGGTTCCTCTTCGGGTA...CAGGCACATGTTGGTAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 TCGGCTCAGCAAAGGGGAGGAG         ATTTTCTTCTTCTGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 135643 TCGGCTCAGCAAAGGGGAGGAGGTG...TAGATTTTCTTCTTCTGCTTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 ATTTTTTGAAGCATATTACCTCCGAGGAGTTCTCTGCTCTGAAGACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138257 ATTTTTTGAAGCATATTACCTCCGAGGAGTTCTCTGCTCTGAAGACCCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 AG         GAGGAAGAGTTTGCCAGCCCGGGATGGAGGCTTCACCCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138307 AGGTA...TAGGAGGAAGAGTTTGCCAGCCCGGGATGGAGGCTTCACCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 GGAAGACATCTGCATGCTGA         GACGAAAGGACCGTGGCAGCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 139152 GGAAGACATCTGCATGCTGAGTG...TAGGACGAAAGGACCGTGGCAGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1316 CCACCAGCCTTGGCAGCGACTTCTCCCTGGTCATGGAGAGTTCCCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139382 CCACCAGCCTTGGCAGCGACTTCTCCCTGGTCATGGAGAGTTCCCCAGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 GCCACTGGGAGCTTCACCTATGAGGCCGTGGAGCTGGTCCCAGCAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139432 GCCACTGGGAGCTTCACCTATGAGGCCGTGGAGCTGGTCCCAGCAGGAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 GCCAACTCAGGCAGCTTG         GCTTGCAGCCCTGAGTGATCGAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 139482 GCCAACTCAGGCAGCTTGGTA...TAGGCTTGCAGCCCTGAGTGATCGAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 AGACTCGGCTGCAGGAGGTGCGCTCAGCCTTCTTGGCTGCGTACAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152230 AGACTCGGCTGCAGGAGGTGCGCTCAGCCTTCTTGGCTGCGTACAGCAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 ACAGTGGGGCTTCGGGCAGTAGCCCCCAGTCCTTCCGGTGCCATCGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152280 ACAGTGGGGCTTCGGGCAGTAGCCCCCAGTCCTTCCGGTGCCATCGGGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 CCTGCTGGAGCAATTTGCCCGTGGTGTTGGACTCCGGAGCATCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152330 CCTGCTGGAGCAATTTGCCCGTGGTGTTGGACTCCGGAGCATCAGCAGCA

   1750     .
   1607 ATGCCTTG
        ||||||||
 152380 ATGCCTTG