seq1 = pF1KB8691.tfa, 2079 bp
seq2 = pF1KB8691/gi568815575f_52982499.tfa (gi568815575f:52982499_53187936), 205438 bp

>pF1KB8691 2079
>gi568815575f:52982499_53187936 (ChrX)

1-807  (100001-100807)   100% ->
808-885  (102047-102124)   100% ->
886-997  (102257-102368)   100% ->
998-1143  (102456-102601)   100% ->
1144-1238  (102729-102823)   100% ->
1239-1918  (103133-103812)   100% ->
1919-2079  (105278-105438)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCGCCCAGATGAGGGGCCTCCGGCCAAGACCCGCCGCCTGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCGCCCAGATGAGGGGCCTCCGGCCAAGACCCGCCGCCTGAGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCGAGTCTCCACAGCGCGACCCGCCCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCGAGTCTCCACAGCGCGACCCGCCCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTCCGACTGCCGCTGCCTCCACCCCAGCAGCGCCCGAGGCTCCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTCCGACTGCCGCTGCCTCCACCCCAGCAGCGCCCGAGGCTCCAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAAACGGAGGCGGCACAGGTGCTGGCCGATATGAGGGGGGTGGGACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAAACGGAGGCGGCACAGGTGCTGGCCGATATGAGGGGGGTGGGACTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCCGCGCTGCCCCCGCCGCCTCCCTATGTCATTCTCGAGGAGGGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCCGCGCTGCCCCCGCCGCCTCCCTATGTCATTCTCGAGGAGGGGGGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCGCGCATACTTCACGCTCGGTGCTGAGTGTCCCGGCTGGGATTCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCGCGCATACTTCACGCTCGGTGCTGAGTGTCCCGGCTGGGATTCTACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCGAGTCGGGGTATGGGGAGGCGCCCCCGCCCACGGAGAGCCTGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATCGAGTCGGGGTATGGGGAGGCGCCCCCGCCCACGGAGAGCCTGGAAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACTCCCCACTCCTGAGGCCTCGGGGGGGAGCCTGGAAATCGATTTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACTCCCCACTCCTGAGGCCTCGGGGGGGAGCCTGGAAATCGATTTTCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTGTACAGTCGAGCAGTTTTGGTGGAGAGGGGGCCCTAGAAACCTGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTGTACAGTCGAGCAGTTTTGGTGGAGAGGGGGCCCTAGAAACCTGTAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCAGTGGGGTGGGCGCCCCAGAGGTTAGTTGACCCGAAGAGCAAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCAGTGGGGTGGGCGCCCCAGAGGTTAGTTGACCCGAAGAGCAAGGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGCGATCATCATAGTGGAGGATGAGGATGAGGATGAGCGGGAGAGTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGCGATCATCATAGTGGAGGATGAGGATGAGGATGAGCGGGAGAGTATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GGAGCAGCAGGAGGCGGCGGCGGCGGCGGAGGAGGAAGCAGAGGAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GGAGCAGCAGGAGGCGGCGGCGGCGGCGGAGGAGGAAGCAGAGGAAGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AAGAGGGAAAGCAGAGAGAGAAATGCCGAGAGGATGGAGAGCATCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AAGAGGGAAAGCAGAGAGAGAAATGCCGAGAGGATGGAGAGCATCCTGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGCACTGGAGGATATTCAGCTGGATCTGGAGGCAGTGAACATCAAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGCACTGGAGGATATTCAGCTGGATCTGGAGGCAGTGAACATCAAGGCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCAAAGCCTTCCTGCGTCTCAAGCGCAAGTTCATCCAGATGCGAAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCAAAGCCTTCCTGCGTCTCAAGCGCAAGTTCATCCAGATGCGAAGACCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCCTGGAGCGCAGAGACCTCATCATCCAGCATATCCCAGGCTTCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCCTGGAGCGCAGAGACCTCATCATCCAGCATATCCCAGGCTTCTGGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAAAGCA         TTCCTCAACCACCCCAGAATTTCAATTTTGATCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAAAGCAGTA...CAGTTCCTCAACCACCCCAGAATTTCAATTTTGATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ACCGACGTGATGAAGACATTTTCCGCTACTTGACCAATCTGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102081 ACCGACGTGATGAAGACATTTTCCGCTACTTGACCAATCTGCAGGTC...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    886    GTACAGGATCTCAGACATATCTCCATGGGCTACAAAATGAAGCTGTA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102254 CAGGTACAGGATCTCAGACATATCTCCATGGGCTACAAAATGAAGCTGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CTTCCAGACTAACCCCTACTTCACAAACATGGTGATTGTCAAGGAGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102304 CTTCCAGACTAACCCCTACTTCACAAACATGGTGATTGTCAAGGAGTTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AGCGCAACCGCTCAG         GCCGGCTGGTGTCTCACTCAACCCCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 102354 AGCGCAACCGCTCAGGTA...TAGGCCGGCTGGTGTCTCACTCAACCCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 ATCCGCTGGCACCGGGGCCAGGAACCCCAGGCCCGTCGTCACGGGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102482 ATCCGCTGGCACCGGGGCCAGGAACCCCAGGCCCGTCGTCACGGGAACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GGATGCGAGCCACAGCTTTTTCAGCTGGTTCTCAAACCATAGCCTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102532 GGATGCGAGCCACAGCTTTTTCAGCTGGTTCTCAAACCATAGCCTCCCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AGGCTGACAGGATTGCTGAG         ATTATCAAGAATGATCTGTGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102582 AGGCTGACAGGATTGCTGAGGTG...CAGATTATCAAGAATGATCTGTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GTTAACCCTCTACGCTACTACCTGAGAGAAAGGGGCTCCAGGATAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102750 GTTAACCCTCTACGCTACTACCTGAGAGAAAGGGGCTCCAGGATAAAGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 AAAGAAGCAAGAAATGAAGAAACG         TAAAACCAGGGGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102800 AAAGAAGCAAGAAATGAAGAAACGGTA...CAGTAAAACCAGGGGCAGAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 GTGAGGTGGTGATCATGGAAGACGCCCCTGACTATTATGCAGTGGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103150 GTGAGGTGGTGATCATGGAAGACGCCCCTGACTATTATGCAGTGGAAGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 ATTTTCAGCGAGATCTCAGACATTGATGAGACAATTCATGACATCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103200 ATTTTCAGCGAGATCTCAGACATTGATGAGACAATTCATGACATCAAGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 CTCTGACTTCATGGAGACCACCGACTACTTCGAGACCACTGACAATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103250 CTCTGACTTCATGGAGACCACCGACTACTTCGAGACCACTGACAATGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 TAACTGACATCAATGAGAACATCTGCGACAGCGAGAATCCTGACCACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103300 TAACTGACATCAATGAGAACATCTGCGACAGCGAGAATCCTGACCACAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 GAGGTCCCCAACAACGAGACCACTGATAACAACGAGAGTGCTGATGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103350 GAGGTCCCCAACAACGAGACCACTGATAACAACGAGAGTGCTGATGACCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 CGAAACCACTGACAACAATGAGAGTGCAGATGACAACAACGAGAATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103400 CGAAACCACTGACAACAATGAGAGTGCAGATGACAACAACGAGAATCCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 AAGACAATAACAAGAACACTGATGACAACGAAGAGAACCCTAACAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103450 AAGACAATAACAAGAACACTGATGACAACGAAGAGAACCCTAACAACAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 GAGAACACTTACGGCAACAACTTCTTCAAAGGTGGCTTCTGGGGCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103500 GAGAACACTTACGGCAACAACTTCTTCAAAGGTGGCTTCTGGGGCAGCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 TGGCAACAACCAGGACAGCAGCGACAGTGACAATGAAGCAGATGAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103550 TGGCAACAACCAGGACAGCAGCGACAGTGACAATGAAGCAGATGAGGCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 GTGATGATGAAGATAATGATGGCAACGAAGGTGACAATGAGGGCAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103600 GTGATGATGAAGATAATGATGGCAACGAAGGTGACAATGAGGGCAGTGAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 GATGATGGCAATGAAGGTGACAATGAAGGCAGCGATGATGACGACAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103650 GATGATGGCAATGAAGGTGACAATGAAGGCAGCGATGATGACGACAGAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 CATTGAGTACTATGAGAAAGTTATTGAAGACTTTGACAAGGATCAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103700 CATTGAGTACTATGAGAAAGTTATTGAAGACTTTGACAAGGATCAGGCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 ACTACGAGGACGTGATAGAGATCATCTCAGACGAATCAGTGGAAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103750 ACTACGAGGACGTGATAGAGATCATCTCAGACGAATCAGTGGAAGAAGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 GGCATTGAGGAAG         GCATCCAGCAAGATGAGGACATCTATGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 103800 GGCATTGAGGAAGGTG...CAGGCATCCAGCAAGATGAGGACATCTATGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 GGAAGGAAACTATGAGGAGGAAGGAAGTGAAGATGTCTGGGAAGAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105306 GGAAGGAAACTATGAGGAGGAAGGAAGTGAAGATGTCTGGGAAGAAGGGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 AAGATTCGGACGACTCTGACCTAGAGGATGTGCTTCAGGTCCCAAACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105356 AAGATTCGGACGACTCTGACCTAGAGGATGTGCTTCAGGTCCCAAACGGT

   2100     .    :    .    :    .    :
   2047 TGGGCCAATCCGGGGAAGAGGGGGAAAACCGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 105406 TGGGCCAATCCGGGGAAGAGGGGGAAAACCGGA