seq1 = pF1KB8687.tfa, 1944 bp
seq2 = pF1KB8687/gi568815592f_73294906.tfa (gi568815592f:73294906_73516223), 221318 bp

>pF1KB8687 1944
>gi568815592f:73294906_73516223 (Chr6)

1-250  (100001-100250)   100% ->
251-306  (102784-102839)   100% ->
307-436  (105329-105458)   100% ->
437-568  (106954-107085)   100% ->
569-650  (109785-109866)   100% ->
651-807  (110774-110930)   100% ->
808-926  (111459-111577)   100% ->
927-1037  (112600-112710)   100% ->
1038-1179  (113055-113196)   99% ->
1180-1280  (114343-114443)   100% ->
1281-1368  (117300-117387)   100% ->
1369-1496  (118753-118880)   100% ->
1497-1606  (119065-119174)   100% ->
1607-1745  (119643-119781)   100% ->
1746-1833  (120592-120679)   100% ->
1834-1944  (121208-121318)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCACCACGGAGGAGCTCCCAAGGCCTCTACGTGGGTCGTTGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCCACCACGGAGGAGCTCCCAAGGCCTCTACGTGGGTCGTTGCTAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCGGCGAAGCTCGACAGTGTCCCGAGCGCCAGAGAGGAGGCCGGCGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCGGCGAAGCTCGACAGTGTCCCGAGCGCCAGAGAGGAGGCCGGCGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTTGAATCGAACAGGTCCTGAGGGATATAGTGTCGGCAGAGGTGGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTTGAATCGAACAGGTCCTGAGGGATATAGTGTCGGCAGAGGTGGTCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGAGAGGCACCTCTAGGCCCCCGGAGGCCGTGGCCGCTGGTCACGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGGAGAGGCACCTCTAGGCCCCCGGAGGCCGTGGCCGCTGGTCACGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACTGCCGCTGTGTTTTGCTTTGAAGAGCCACTTTGTTGGCGCGGTAATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACTGCCGCTGTGTTTTGCTTTGAAGAGCCACTTTGTTGGCGCGGTAATCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251          GTCGTGGTGGGTCAAAAATAAAGAATATACAAAGTACAACA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTG...CAGGTCGTGGTGGGTCAAAAATAAAGAATATACAAAGTACAACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AACACCACAATCCAA         ATAATACAAGAACAACCAGAATCATT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 102825 AACACCACAATCCAAGTA...TAGATAATACAAGAACAACCAGAATCATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGTCAAAATTTTTGGCAGCAAGGCAATGCAAACGAAAGCAAAAGCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105355 AGTCAAAATTTTTGGCAGCAAGGCAATGCAAACGAAAGCAAAAGCAGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAGACAATTTTGTTAAAAAGCTAGAAGAAAATTACAATTCAGAATGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105405 TAGACAATTTTGTTAAAAAGCTAGAAGAAAATTACAATTCAGAATGCGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATTG         ATACTGCATTCCAACCTTCTGTTGGAAAAGATGGAAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105455 ATTGGTA...CAGATACTGCATTCCAACCTTCTGTTGGAAAAGATGGAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CACAGATAACAATGTTGTTGCAGGAGATCGGCCATTGATAGATTGGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106991 CACAGATAACAATGTTGTTGCAGGAGATCGGCCATTGATAGATTGGGATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAATTAGAGAGGAAGGTTTGAAATGGCAAAAAACAAAGTGGGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 107041 AAATTAGAGAGGAAGGTTTGAAATGGCAAAAAACAAAGTGGGCAGGTC..

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    569     ATTTACCACCAATTAAGAAAAACTTTTATAAAGAGTCCACTGCCAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107091 .CAGATTTACCACCAATTAAGAAAAACTTTTATAAAGAGTCCACTGCCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AAGTGCCATGTCAAAAGTAGAAGCAGATAGTTGGAG         GAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 109831 AAGTGCCATGTCAAAAGTAGAAGCAGATAGTTGGAGGTG...AAGGAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAAATTTTAATATAACGTGGGATGACTTGAAGGATGGGGAGAAACGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110779 AAAATTTTAATATAACGTGGGATGACTTGAAGGATGGGGAGAAACGACCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATCCCCAATCCTACCTGCACATTTGATGACGCCTTTCAATGTTATCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110829 ATCCCCAATCCTACCTGCACATTTGATGACGCCTTTCAATGTTATCCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGTTATGGAAAACATTAAAAAGGCAGGTTTTCAAAAGCCAACACCTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110879 GGTTATGGAAAACATTAAAAAGGCAGGTTTTCAAAAGCCAACACCTATTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AG         TCACAGGCATGGCCCATTGTGTTGCAAGGAATAGATCTT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110929 AGGTA...CAGTCACAGGCATGGCCCATTGTGTTGCAAGGAATAGATCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATAGGAGTAGCCCAGACTGGAACAGGAAAGACATTGTGTTATTTAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111498 ATAGGAGTAGCCCAGACTGGAACAGGAAAGACATTGTGTTATTTAATGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGGATTTATTCATCTGGTCCTTCAACCCAG         CCTTAAAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 111548 TGGATTTATTCATCTGGTCCTTCAACCCAGGTA...AAGCCTTAAAGGTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAAGGAATAGACCCGGCATGTTAGTTCTAACTCCCACTCGGGAATTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112611 AAAGGAATAGACCCGGCATGTTAGTTCTAACTCCCACTCGGGAATTAGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTTCAAGTAGAAGGAGAATGTTGCAAATATTCATATAAAGGGCTTCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112661 CTTCAAGTAGAAGGAGAATGTTGCAAATATTCATATAAAGGGCTTCGGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038          TGTTTGTGTATATGGTGGTGGAAATGGAGATGAACAAATAG
        >>>...>>>||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 112711 GTA...AAGTGTTTGTGTATATGGTGGTGGAAATAGAGATGAACAAATAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AAGAGCTTAAAAAAGGTGTAGATATCATAATTGCAACTCCCGGAAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113096 AAGAGCTTAAAAAAGGTGTAGATATCATAATTGCAACTCCCGGAAGATTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AATGATCTGCAAATGAGTAACTTCGTCAATCTGAAGAATATAACCTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113146 AATGATCTGCAAATGAGTAACTTCGTCAATCTGAAGAATATAACCTACTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 G         GTTTTAGATGAAGCAGACAAGATGTTGGACATGGGATTTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113196 GGTA...CAGGTTTTAGATGAAGCAGACAAGATGTTGGACATGGGATTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AACCCCAGATAATGAAGATTTTGTTAGATGTGCGCCCAGATAGGCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114383 AACCCCAGATAATGAAGATTTTGTTAGATGTGCGCCCAGATAGGCAGACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTTATGACCAG         TGCTACATGGCCTCATTCAGTTCATCGCCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 114433 GTTATGACCAGGTA...CAGTGCTACATGGCCTCATTCAGTTCATCGCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CGCACAATCTTATTTGAAAGAACCAATGATTGTCTATGTTGGTACATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117330 CGCACAATCTTATTTGAAAGAACCAATGATTGTCTATGTTGGTACATTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATCTAGTT         GCTGTAAGTTCAGTGAAGCAAAATATAATTGTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 117380 ATCTAGTTGTA...TAGGCTGTAAGTTCAGTGAAGCAAAATATAATTGTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ACCACCGAGGAAGAGAAATGGAGTCACATGCAAACTTTTCTACAGAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118786 ACCACCGAGGAAGAGAAATGGAGTCACATGCAAACTTTTCTACAGAGTAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GTCATCCACAGACAAAGTCATTGTCTTCGTTTCTCGAAAAGCTGT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 118836 GTCATCCACAGACAAAGTCATTGTCTTCGTTTCTCGAAAAGCTGTGTA..

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497     TGCGGATCACTTATCAAGTGACCTAATACTTGGAAATATATCAGTA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118886 .CAGTGCGGATCACTTATCAAGTGACCTAATACTTGGAAATATATCAGTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GAGTCTCTGCATGGAGATAGAGAACAGAGAGATCGGGAGAAAGCATTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119111 GAGTCTCTGCATGGAGATAGAGAACAGAGAGATCGGGAGAAAGCATTAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GAACTTTAAAACAG         GCAAAGTGAGAATACTAATTGCAACTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 119161 GAACTTTAAAACAGGTA...TAGGCAAAGTGAGAATACTAATTGCAACTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 ATCTAGCCTCTAGAGGACTTGATGTCCATGACGTTACACATGTCTATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119670 ATCTAGCCTCTAGAGGACTTGATGTCCATGACGTTACACATGTCTATAAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TTTGACTTTCCACGGAATATTGAAGAATACGTACACCGAATAGGGCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119720 TTTGACTTTCCACGGAATATTGAAGAATACGTACACCGAATAGGGCGCAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GGGAAGAGCAGG         GAGGACTGGTGTTTCCATTACAACTTTGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 119770 GGGAAGAGCAGGGTA...AAGGAGGACTGGTGTTTCCATTACAACTTTGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 CTAGAAATGATTGGAGGGTTGCCTCTGAATTGATTAATATTCTGGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120621 CTAGAAATGATTGGAGGGTTGCCTCTGAATTGATTAATATTCTGGAAAGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GCAAATCAG         AGTATTCCAGAGGAGCTTGTATCAATGGCTGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 120671 GCAAATCAGGTG...CAGAGTATTCCAGAGGAGCTTGTATCAATGGCTGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 GAGGTTTGAGGCACATCAACGGAAAAGGGAAATGGAAAGAAAAATGGAAA
        ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 121240 GAGGTTTAAGGCACATCAACAGAAAAGGGAAATGGAAAGAAAAATGGAAA

   2050     .    :    .    :    .
   1916 GACCTCAAGGAAGGCCCAAGAAGTTTCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||
 121290 GACCTCAAGGAAGGCCCAAGAAGTTTCAT