seq1 = pF1KB8686.tfa, 1212 bp
seq2 = pF1KB8686/gi568815595f_132560538.tfa (gi568815595f:132560538_132776523), 215986 bp

>pF1KB8686 1212
>gi568815595f:132560538_132776523 (Chr3)

1-161  (100001-100161)   100% ->
162-207  (105286-105331)   100% ->
208-297  (105447-105536)   100% ->
298-407  (108281-108390)   100% ->
408-494  (109661-109747)   100% ->
495-579  (110428-110512)   100% ->
580-684  (111240-111344)   100% ->
685-812  (111513-111640)   100% ->
813-948  (114711-114846)   100% ->
949-1024  (115068-115143)   100% ->
1025-1131  (115280-115386)   100% ->
1132-1212  (115906-115986)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAGTCTGTGGAGCGCCTGCAGCAGCGGGTCCAGGAGCTGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGAGTCTGTGGAGCGCCTGCAGCAGCGGGTCCAGGAGCTGGAGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAACTTGCCCAGGAGAGGAGTCTGCAGGTCCCGAGGAGCGGCGACGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAACTTGCCCAGGAGAGGAGTCTGCAGGTCCCGAGGAGCGGCGACGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGGCGGCCGGGTCCGCATCGAGAAGATGAGCTCAGAGGTGGTGGATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGGCGGCCGGGTCCGCATCGAGAAGATGAGCTCAGAGGTGGTGGATTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATCCCTACAG         CCGCTTGATGGCATTGAAACGAATGGGAAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AATCCCTACAGGTA...AAGCCGCTTGATGGCATTGAAACGAATGGGAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTAAGCGACTATGAG         AAAATCCGTACCTTTGCCGTAGCAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 105316 TGTAAGCGACTATGAGGTA...CAGAAAATCCGTACCTTTGCCGTAGCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAGTAGGTGTTGGTGGAGTAGGTAGTGTGACTGCTGAAATGCTGACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105472 TAGTAGGTGTTGGTGGAGTAGGTAGTGTGACTGCTGAAATGCTGACAAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGTGGCATTGGTAAG         TTGCTACTCTTTGATTATGACAAGGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105522 TGTGGCATTGGTAAGGTA...TAGTTGCTACTCTTTGATTATGACAAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAACTAGCCAATATGAATAGACTTTTCTTCCAACCTCATCAAGCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108307 GGAACTAGCCAATATGAATAGACTTTTCTTCCAACCTCATCAAGCAGGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TAAGTAAAGTTCAAGCAGCAGAACATACTCTGAG         GAACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 108357 TAAGTAAAGTTCAAGCAGCAGAACATACTCTGAGGTA...TAGGAACATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AATCCTGATGTTCTTTTTGAAGTACACAACTATAATATAACCACAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109668 AATCCTGATGTTCTTTTTGAAGTACACAACTATAATATAACCACAGTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAACTTTCAACATTTCATGGATAGAATAAG         TAATGGTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 109718 AAACTTTCAACATTTCATGGATAGAATAAGGTA...TAGTAATGGTGGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TAGAAGAAGGAAAACCTGTTGATCTAGTTCTTAGCTGTGTGGACAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110439 TAGAAGAAGGAAAACCTGTTGATCTAGTTCTTAGCTGTGTGGACAATTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAAGCTCGAATGACAATAAATACA         GCTTGTAATGAACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 110489 GAAGCTCGAATGACAATAAATACAGTG...AAGGCTTGTAATGAACTTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ACAAACATGGATGGAATCTGGGGTCAGTGAAAATGCAGTTTCAGGGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111257 ACAAACATGGATGGAATCTGGGGTCAGTGAAAATGCAGTTTCAGGGCATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TACAGCTTATAATTCCTGGAGAATCTGCTTGTTTTGCG         TGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 111307 TACAGCTTATAATTCCTGGAGAATCTGCTTGTTTTGCGGTA...TAGTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GCTCCACCACTTGTAGTTGCTGCAAATATTGATGAAAAGACTCTGAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111516 GCTCCACCACTTGTAGTTGCTGCAAATATTGATGAAAAGACTCTGAAACG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGAAGGTGTTTGTGCAGCCAGTCTTCCTACCACTATGGGTGTGGTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111566 AGAAGGTGTTTGTGCAGCCAGTCTTCCTACCACTATGGGTGTGGTTGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GGATCTTAGTACAAAACGTGTTAAA         GTTTCTGTTAAATTTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 111616 GGATCTTAGTACAAAACGTGTTAAAGTA...TAGGTTTCTGTTAAATTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GGTACTGTTAGTTTTTACCTTGGATACAATGCAATGCAGGATTTTTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114727 GGTACTGTTAGTTTTTACCTTGGATACAATGCAATGCAGGATTTTTTTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TACTATGTCCATGAAGCCAAATCCTCAGTGTGATGACAGAAATTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114777 TACTATGTCCATGAAGCCAAATCCTCAGTGTGATGACAGAAATTGCAGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGCAGCAGGAGGAATATAAG         AAAAAGGTAGCAGCACTGCCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 114827 AGCAGCAGGAGGAATATAAGGTA...CAGAAAAAGGTAGCAGCACTGCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AAACAAGAGGTTATACAAGAAGAGGAAGAGATAATCCATGAAGATAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115089 AAACAAGAGGTTATACAAGAAGAGGAAGAGATAATCCATGAAGATAATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ATGGG         GTATTGAGCTGGTATCTGAGGTTTCAGAAGAGGAAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115139 ATGGGGTA...CAGGTATTGAGCTGGTATCTGAGGTTTCAGAAGAGGAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGAAAAATTTTTCAGGTCCAGTTCCAGACTTACCTGAAGGAATTACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115316 TGAAAAATTTTTCAGGTCCAGTTCCAGACTTACCTGAAGGAATTACAGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GCATACACAATTCCAAAAAAG         CAAGAAGATTCTGTCACTGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 115366 GCATACACAATTCCAAAAAAGGTA...TAGCAAGAAGATTCTGTCACTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GTTAACAGTGGAAGATTCTGGTGAAAGCTTGGAAGACCTCATGGCCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115926 GTTAACAGTGGAAGATTCTGGTGAAAGCTTGGAAGACCTCATGGCCAAAA

   1300     .    :
   1202 TGAAGAATATG
        |||||||||||
 115976 TGAAGAATATG