seq1 = pF1KB8676.tfa, 1266 bp
seq2 = pF1KB8676/gi568815586r_10520147.tfa (gi568815586r:10520147_10734618), 214472 bp

>pF1KB8676 1266
>gi568815586r:10520147_10734618 (Chr12)

(complement)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-187  (100495-100629)   100% ->
188-451  (103311-103574)   100% ->
452-633  (104945-105126)   99% ->
634-717  (106895-106978)   100% ->
718-926  (109760-109968)   100% ->
927-967  (111941-111981)   100% ->
968-1064  (112647-112743)   100% ->
1065-1266  (114271-114472)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCATGACACGGATGCTCCTGGAATGCAGTCTCAGTGACAAGTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCATGACACGGATGCTCCTGGAATGCAGTCTCAGTGACAAGTTGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TG         TCATCCAGGAGAAGCAGTATGAAGTGATTATCGTCCCAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGTA...CAGTCATCCAGGAGAAGCAGTATGAAGTGATTATCGTCCCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTTTGTTGGTTACTATCTTCCTCATCCTTCTTGGGGTCATCCTGTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100534 CTTTGTTGGTTACTATCTTCCTCATCCTTCTTGGGGTCATCCTGTGGCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTATCAGAGAACAAAGAACTCAACAGCAGCGTTCTGGACCTCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100584 TTTATCAGAGAACAAAGAACTCAACAGCAGCGTTCTGGACCTCAAGGTA.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188      GCATTGCCCCTGTTCCTCCACCTAGGGACCTAAGCTGGGAAGCAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100634 ..TAGGCATTGCCCCTGTTCCTCCACCTAGGGACCTAAGCTGGGAAGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GACATGGAGGAAATGTGGCTTTGCCACTTAAGGAGACATCCGTGGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103356 GACATGGAGGAAATGTGGCTTTGCCACTTAAGGAGACATCCGTGGAAAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTCTGGGAGCTACCACACCTGCCCTGGCTAAGCTGCAGGTGCCGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103406 TTTCTGGGAGCTACCACACCTGCCCTGGCTAAGCTGCAGGTGCCGCGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCAACTCTCTGAAGTTCTGGAGCAGATTTGCAGTGGTAGCTGTGGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103456 GCAACTCTCTGAAGTTCTGGAGCAGATTTGCAGTGGTAGCTGTGGGCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCTTTCGAGCCAATATGAACACTGGGGACCCTTCTAAGCCCAAGAGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103506 TCTTTCGAGCCAATATGAACACTGGGGACCCTTCTAAGCCCAAGAGTGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATTCTCAAGGCTTTAAAAG         AACCAGCTGGGCTCCATGAGGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 103556 ATTCTCAAGGCTTTAAAAGGTA...CAGAACCAGCTGGGCTCCATGAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACAAGATTTCTTAGGGCGAATCCAATTCCATCAATACCTGGGGAAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104967 ACAAGATTTCTTAGGGCGAATCCAATTCCATCAATACCTGGGGAAACACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAAACCTGGTGCAGCTGGAAGGCTGCTGCACTGAAAAGCTGCCACTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105017 AAAACCTGGTGCAGCTGGAAGGCTGCTGCACTGAAAAGCTGCCACTCTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATGGTGTTGGAGGATGTGGCCCAGGGGGACCTGCTCGGCTTTCTCTGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 105067 ATGGTGTTGGAGGATGTGGCCCAGGGGGACCTGCTCAGCTTTCTCTGGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTGTCGGCGG         GATGTGATGACTATGGATGGTCTTCTCTATG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 105117 CTGTCGGCGGGTG...TAGGATGTGATGACTATGGATGGTCTTCTCTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATCTCACAGAAAAACAAGTATATCACATCGGAAAGCAGGTCCTTTTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106926 ATCTCACAGAAAAACAAGTATATCACATCGGAAAGCAGGTCCTTTTGGCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTG         GAATTCCTGCAGGAGAAGCATTTGTTCCATGGGGATGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106976 CTGGTA...CAGGAATTCCTGCAGGAGAAGCATTTGTTCCATGGGGATGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGCAGCCAGGAATATTCTGATGCAAAGTGATCTCACTGCTAAGCTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109798 GGCAGCCAGGAATATTCTGATGCAAAGTGATCTCACTGCTAAGCTCTGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GATTAGGCCTGGCTTATGAAGTTTACACCCGAGGGGCCATCTCCTCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109848 GATTAGGCCTGGCTTATGAAGTTTACACCCGAGGGGCCATCTCCTCTACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CAAACCATACCTCTCAAGTGGCTTGCCCCAGAACGGCTTCTCCTGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109898 CAAACCATACCTCTCAAGTGGCTTGCCCCAGAACGGCTTCTCCTGAGACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGCTAGCATCAGAGCAGATGT         CTGGTCTTTTGGGATCCTGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109948 TGCTAGCATCAGAGCAGATGTGTA...CAGCTGGTCTTTTGGGATCCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCTATGAGATGGTGACTCTAG         GAGCACCACCGTATCCTGAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 111961 TCTATGAGATGGTGACTCTAGGTA...CAGGAGCACCACCGTATCCTGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTCCCTCCTACCAGCATCCTAGAGCATCTCCAAAGAAGGAAAATCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112667 GTCCCTCCTACCAGCATCCTAGAGCATCTCCAAAGAAGGAAAATCATGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GAGACCCAGTAGCTGCACACATACCAT         GTACAGTATCATGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 112717 GAGACCCAGTAGCTGCACACATACCATGTA...CAGGTACAGTATCATGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGTCCTGCTGGCGCTGGCGTGAGGCTGACCGCCCCTCACCTAGAGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114285 AGTCCTGCTGGCGCTGGCGTGAGGCTGACCGCCCCTCACCTAGAGAGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CGCTTGCGCCTAGAAGCTGCCATTAAAACTGCAGATGACGAGGCTGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114335 CGCTTGCGCCTAGAAGCTGCCATTAAAACTGCAGATGACGAGGCTGTGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 ACAAGTACCAGAGTTGGTGGTACCTGAACTGTATGCAGCTGTGGCCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114385 ACAAGTACCAGAGTTGGTGGTACCTGAACTGTATGCAGCTGTGGCCGGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .
   1229 TCAGAGTGGAGAGCCTCTTCTACAACTATAGCATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114435 TCAGAGTGGAGAGCCTCTTCTACAACTATAGCATGCTT