seq1 = pF1KB8674.tfa, 1575 bp
seq2 = pF1KB8674/gi568815596r_152020577.tfa (gi568815596r:152020577_152250230), 229654 bp

>pF1KB8674 1575
>gi568815596r:152020577_152250230 (Chr2)

(complement)

1-40  (74589-74628)   97% ->
41-125  (100002-100086)   100% ->
126-201  (101931-102006)   100% ->
202-300  (102109-102207)   97% ->
301-447  (102923-103069)   100% ->
448-517  (105274-105343)   100% ->
518-704  (106218-106404)   100% ->
705-799  (114628-114722)   97% ->
800-882  (116747-116829)   100% ->
883-970  (116971-117058)   100% ->
971-1025  (118063-118117)   100% ->
1026-1179  (123852-124005)   100% ->
1180-1349  (126296-126465)   100% ->
1350-1575  (129429-129654)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCTTGTTCACCGCCAACCCCTTCGAGCAAGACGTGG         A
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
  74589 ATGCCTTTGTTCACCGCCAACCCCTTCGAGCAAGACGTGGGTG...TAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AAAAGCCACGAATGAGTACAACACTACAGAAGATTGGAGTCTTATTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100003 AAAAGCCACGAATGAGTACAACACTACAGAAGATTGGAGTCTTATTATGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACATATGTGACAAAGTTGGAAGTACTCCTAATGG         AGCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100053 ACATATGTGACAAAGTTGGAAGTACTCCTAATGGGTA...TAGAGCGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GATTGCCTAAAAGCCATAATGAAAAGGGTAAATCATAAGGTTCCACATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101938 GATTGCCTAAAAGCCATAATGAAAAGGGTAAATCATAAGGTTCCACATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGCTCTGCAAGCACTAACT         CTTCTTGGGGCTTGTGTGGCAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101988 TGCTCTGCAAGCACTAACTGTG...TAGCTTCTTGGGGCTTGTGTGGCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ACTGTGGAAAGATATTTCGTTTAGGAGTATGTTCCCGTGATTTTGCAACA
        |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
 102131 ACTGTGGAAAGATATTTCATTTAGAAGTATGTTCCCGTGATTTTGCAACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAAGTACGTGCTGTGATTAAAAATAAG         GCACATCCTAAAGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 102181 GAAGTACGTGCTGTGATTAAAAATAAGGTA...AAGGCACATCCTAAAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 ATGTGAAAAACTGAAATCTTTAATGGTGGAGTGGTCAGAAGAATTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102937 ATGTGAAAAACTGAAATCTTTAATGGTGGAGTGGTCAGAAGAATTTCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGGACCCTCAGTTTAGTCTGATATCTGCAACTATTAAATCTATGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102987 AGGACCCTCAGTTTAGTCTGATATCTGCAACTATTAAATCTATGAAAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAAGGAATTACTTTTCCTCCAGCAGGTTCTCAG         ACTGTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103037 GAAGGAATTACTTTTCCTCCAGCAGGTTCTCAGGTG...CAGACTGTCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGCTGCTGCCAAGAATGGTACGTCATCGAACAAAAACAAAGAGGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105282 AGCTGCTGCCAAGAATGGTACGTCATCGAACAAAAACAAAGAGGATGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACATAGCTAAAG         CTATTGAATTATCGCTGCAAGAACAGAAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 105332 ACATAGCTAAAGGTA...TAGCTATTGAATTATCGCTGCAAGAACAGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CAGCAACACACAGAAACAAAATCCTTATATCCATCTTCAGAAATTCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106247 CAGCAACACACAGAAACAAAATCCTTATATCCATCTTCAGAAATTCAGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AAATAATAAGGTTGCACGGAAAGTGAGAGCTTTATATGATTTTGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106297 AAATAATAAGGTTGCACGGAAAGTGAGAGCTTTATATGATTTTGAAGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTGAGGACAATGAACTCACCTTTAAACATGGTGAAATAATTATTGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106347 TTGAGGACAATGAACTCACCTTTAAACATGGTGAAATAATTATTGTTTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GATGACAG         TGATGCCAATTGGTGGAAAGGAGAAAATCACAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 106397 GATGACAGGTA...TAGTGATGCCAATTGGTGGAAAGGAGAAAATCACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGGAATAGGACTTTTCCCATCCGATTTTGTAACAACTAATTTAAACATAG
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 114661 AGGAATAGGACTTTTCCCATCCAATTTTGTAACAACTAATTTAAACATAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGACTGAGGTAG         CGGCTGTGGACAAATTGAATGTAATTGAT
        ||||||||| ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 114711 AGACTGAGGCAGGTA...TAGCGGCTGTGGACAAATTGAATGTAATTGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GATGATGTGGAGGAAATTAAGAAATCAGAGCCTGAGCCTGTTTATATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116776 GATGATGTGGAGGAAATTAAGAAATCAGAGCCTGAGCCTGTTTATATAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGAG         GATAAGATGGATAGAGCCCTGCAGGTACTTCAGAGTA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116826 TGAGGTA...TAGGATAAGATGGATAGAGCCCTGCAGGTACTTCAGAGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TAGATCCAACAGATTCAAAACCAGACTCCCAAGACCTTTTGGATTTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117008 TAGATCCAACAGATTCAAAACCAGACTCCCAAGACCTTTTGGATTTAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 G         ATATCTGCCAACAGATGGGTCCAATGATAGATGAAAAACT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117058 GGTA...CAGATATCTGCCAACAGATGGGTCCAATGATAGATGAAAAACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TGAAGAAATTGATAG         GAAGCATTCAGAATTGTCTGAATTGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 118103 TGAAGAAATTGATAGGTG...CAGGAAGCATTCAGAATTGTCTGAATTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 ATGTTAAAGTCCTGGAAGCTCTGGAACTATATAACAAATTGGTGAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123878 ATGTTAAAGTCCTGGAAGCTCTGGAACTATATAACAAATTGGTGAATGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GCACCAGTGTACTCAGTCTATTCAAAGCTCCACCCTCCAGCACATTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123928 GCACCAGTGTACTCAGTCTATTCAAAGCTCCACCCTCCAGCACATTACCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 ACCTGCATCATCTGGGGTTCCAATGCAG         ACATATCCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 123978 ACCTGCATCATCTGGGGTTCCAATGCAGGTG...TAGACATATCCAGTTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 AATCACATGGTGGAAACTATATGGGTCAGAGCATTCACCAAGTAACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126309 AATCACATGGTGGAAACTATATGGGTCAGAGCATTCACCAAGTAACTGTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GCCCAAAGCTATAGCCTAGGACCCGATCAAATTGGTCCACTGAGATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126359 GCCCAAAGCTATAGCCTAGGACCCGATCAAATTGGTCCACTGAGATCTCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GCCTCCAAATGTGAATTCCTCAGTGACAGCACAGCCTGCTCAAACTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126409 GCCTCCAAATGTGAATTCCTCAGTGACAGCACAGCCTGCTCAAACTTCAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 ATTTAAG         CACTGGACAAGACACTGTTTCCAATCCTACTTAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126459 ATTTAAGGTA...TAGCACTGGACAAGACACTGTTTCCAATCCTACTTAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 ATGAACCAGAACTCTAACCTACAGTCAGCTACTGGTACAACTGCTTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129463 ATGAACCAGAACTCTAACCTACAGTCAGCTACTGGTACAACTGCTTACAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 ACAGCAAATGGGGATGTCTGTGGATATGTCATCTTATCAGAACACTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129513 ACAGCAAATGGGGATGTCTGTGGATATGTCATCTTATCAGAACACTACTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CCAATTTGCCTCAACTGGCAGGCTTTCCGGTGACAGTTCCAGCTCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129563 CCAATTTGCCTCAACTGGCAGGCTTTCCGGTGACAGTTCCAGCTCATCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GTTGCACAGCAGCACACAAATTACCATCAGCAGCCTCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129613 GTTGCACAGCAGCACACAAATTACCATCAGCAGCCTCTCCTT