seq1 = pF1KB8672.tfa, 1713 bp
seq2 = pF1KB8672/gi568815596r_189461881.tfa (gi568815596r:189461881_189680460), 218580 bp

>pF1KB8672 1713
>gi568815596r:189461881_189680460 (Chr2)

(complement)

1-43  (100001-100043)   100% ->
44-111  (100581-100648)   100% ->
112-271  (105141-105300)   100% ->
272-387  (107500-107615)   100% ->
388-514  (108620-108746)   100% ->
515-760  (114862-115107)   99% ->
761-1402  (116236-116877)   100% ->
1403-1713  (118270-118580)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCAGGGCGGGAGATCACAACCGCCAGAGAGGATGCTGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGACCAGGGCGGGAGATCACAACCGCCAGAGAGGATGCTGTGGTG...C

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   GATCCTTGGCCGACTACCTGACCTCTGCAAAATTCCTTCTCTACCTTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100579 AGGATCCTTGGCCGACTACCTGACCTCTGCAAAATTCCTTCTCTACCTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTCATTCTCTCTCTACTTGG         GGAGATCGGATGTGGCACTTT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100629 GTCATTCTCTCTCTACTTGGGTA...AAGGGAGATCGGATGTGGCACTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GCGGTGTCTGTGTTTCTGGTAGAGCTCTATGGAAACAGCCTCCTTTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105162 GCGGTGTCTGTGTTTCTGGTAGAGCTCTATGGAAACAGCCTCCTTTTGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGCAGTCTACGGGCTGGTGGTGGCAGGGTCTGTTCTGGTCCTGGGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105212 AGCAGTCTACGGGCTGGTGGTGGCAGGGTCTGTTCTGGTCCTGGGAGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCATCGGTGACTGGGTGGACAAGAATGCTAGACTTAAAG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 105262 TCATCGGTGACTGGGTGGACAAGAATGCTAGACTTAAAGGTG...CAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCCCAGACCTCGCTGGTGGTACAGAATGTTTCAGTCATCCTGTGTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107502 GCCCAGACCTCGCTGGTGGTACAGAATGTTTCAGTCATCCTGTGTGGAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CATCCTGATGATGGTTTTCTTACATAAACATGAGCTTCTGACCATGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107552 CATCCTGATGATGGTTTTCTTACATAAACATGAGCTTCTGACCATGTACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGGATGGGTTCTC         ACTTCCTGCTATATCCTGATCATCACT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 107602 ATGGATGGGTTCTCGTA...TAGACTTCCTGCTATATCCTGATCATCACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATTGCAAATATTGCAAATTTGGCCAGTACTGCTACTGCAATCACAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108647 ATTGCAAATATTGCAAATTTGGCCAGTACTGCTACTGCAATCACAATCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAGGGATTGGATTGTTGTTGTTGCAGGAGAAGACAGAAGCAAACTAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108697 AAGGGATTGGATTGTTGTTGTTGCAGGAGAAGACAGAAGCAAACTAGCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515          ATATGAATGCCACAATACGAAGGATTGACCAGTTAACCAAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108747 GTA...TAGATATGAATGCCACAATACGAAGGATTGACCAGTTAACCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATCTTAGCCCCCATGGCTGTTGGCCAGATTATGACATTTGGCTCCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114903 ATCTTAGCCCCCATGGCTGTTGGCCAGATTATGACATTTGGCTCCCCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATCGGCTGTGGCTTTATTTCGGGATGGAACTTGGTATCCATGTGCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114953 CATCGGCTGTGGCTTTATTTCGGGATGGAACTTGGTATCCATGTGCGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGTACGTCCTGCTCTGGAAGGTTTACCAGAAAACCCCAGCTCTAGCTGTG
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115003 AGTACGTTCTGCTCTGGAAGGTTTACCAGAAAACCCCAGCTCTAGCTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAAGCTGGTCTTAAAGAAGAGGAAACTGAATTGAAACAGCTGAATTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115053 AAAGCTGGTCTTAAAGAAGAGGAAACTGAATTGAAACAGCTGAATTTACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAAAG         ATACTGAGCCAAAACCCCTGGAGGGAACTCATCTAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115103 CAAAGGTA...CAGATACTGAGCCAAAACCCCTGGAGGGAACTCATCTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGGTGTGAAAGACTCTAACATCCATGAGCTTGAACATGAGCAAGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116272 TGGGTGTGAAAGACTCTAACATCCATGAGCTTGAACATGAGCAAGAGCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACTTGTGCCTCCCAGATGGCTGAGCCCTTCCGTACCTTCCGAGATGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116322 ACTTGTGCCTCCCAGATGGCTGAGCCCTTCCGTACCTTCCGAGATGGATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGTCTCCTACTACAACCAGCCTGTGTTTCTGGCTGGCATGGGTCTTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116372 GGTCTCCTACTACAACCAGCCTGTGTTTCTGGCTGGCATGGGTCTTGCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCCTTTATATGACTGTCCTGGGCTTTGACTGCATCACCACAGGGTACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116422 TCCTTTATATGACTGTCCTGGGCTTTGACTGCATCACCACAGGGTACGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TACACTCAGGGACTGAGTGGTTCCATCCTCAGTATTTTGATGGGAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116472 TACACTCAGGGACTGAGTGGTTCCATCCTCAGTATTTTGATGGGAGCATC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AGCTATAACTGGAATAATGGGAACTGTAGCTTTTACTTGGCTACGTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116522 AGCTATAACTGGAATAATGGGAACTGTAGCTTTTACTTGGCTACGTCGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AATGTGGTTTGGTTCGGACAGGTCTGATCTCAGGATTGGCACAGCTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116572 AATGTGGTTTGGTTCGGACAGGTCTGATCTCAGGATTGGCACAGCTTTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TGTTTGATCTTGTGTGTGATCTCTGTATTCATGCCTGGAAGCCCCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116622 TGTTTGATCTTGTGTGTGATCTCTGTATTCATGCCTGGAAGCCCCCTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CTTGTCCGTTTCTCCTTTTGAAGATATCCGATCAAGGTTCATTCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116672 CTTGTCCGTTTCTCCTTTTGAAGATATCCGATCAAGGTTCATTCAAGGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AGTCAATTACACCTACCAAGATACCTGAAATTACAACTGAAATATACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116722 AGTCAATTACACCTACCAAGATACCTGAAATTACAACTGAAATATACATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TCTAATGGGTCTAATTCTGCTAATATTGTCCCGGAGACAAGTCCTGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116772 TCTAATGGGTCTAATTCTGCTAATATTGTCCCGGAGACAAGTCCTGAATC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TGTGCCCATAATCTCTGTCAGTCTGCTGTTTGCAGGCGTCATTGCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116822 TGTGCCCATAATCTCTGTCAGTCTGCTGTTTGCAGGCGTCATTGCTGCTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 GAATCG         GTCTTTGGTCCTTTGATTTAACTGTGACACAGTTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116872 GAATCGGTA...TAGGTCTTTGGTCCTTTGATTTAACTGTGACACAGTTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CTGCAAGAAAATGTAATTGAATCTGAAAGAGGCATTATAAATGGTGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118305 CTGCAAGAAAATGTAATTGAATCTGAAAGAGGCATTATAAATGGTGTACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 GAACTCCATGAACTATCTTCTTGATCTTCTGCATTTCATCATGGTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118355 GAACTCCATGAACTATCTTCTTGATCTTCTGCATTTCATCATGGTCATCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 TGGCTCCAAATCCTGAAGCTTTTGGCTTGCTCGTATTGATTTCAGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118405 TGGCTCCAAATCCTGAAGCTTTTGGCTTGCTCGTATTGATTTCAGTCTCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 TTTGTGGCAATGGGCCACATTATGTATTTCCGATTTGCCCAAAATACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118455 TTTGTGGCAATGGGCCACATTATGTATTTCCGATTTGCCCAAAATACTCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 GGGAAACAAGCTCTTTGCTTGCGGTCCTGATGCAAAAGAAGTTAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118505 GGGAAACAAGCTCTTTGCTTGCGGTCCTGATGCAAAAGAAGTTAGGAAGG

   1750     .    :    .    :    .
   1688 AAAATCAAGCAAATACATCTGTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||
 118555 AAAATCAAGCAAATACATCTGTTGTT