seq1 = pF1KB8668.tfa, 1389 bp
seq2 = pF1KB8668/gi568815595r_68955440.tfa (gi568815595r:68955440_69180153), 224714 bp

>pF1KB8668 1389
>gi568815595r:68955440_69180153 (Chr3)

(complement)

1-20  (99801-99820)   100% ->
21-62  (100001-100042)   100% ->
63-183  (102236-102356)   100% ->
184-264  (104644-104724)   100% ->
265-347  (108537-108619)   100% ->
348-428  (112146-112226)   98% ->
429-472  (116043-116086)   97% ->
473-537  (116651-116715)   100% ->
538-693  (117017-117172)   100% ->
694-796  (117975-118077)   100% ->
797-910  (118227-118340)   99% ->
911-964  (122845-122898)   100% ->
965-1001  (123339-123375)   100% ->
1002-1083  (123461-123542)   100% ->
1084-1184  (123871-123971)   100% ->
1185-1248  (124091-124154)   100% ->
1249-1303  (124249-124303)   100% ->
1304-1389  (124629-124714)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGATGGCGAGGAGCC         GGAGAAGAAAAGAAGGAGAAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
  99801 ATGGCGGATGGCGAGGAGCCGTA...TAGGGAGAAGAAAAGAAGGAGAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGAGGAGCTGCTGGCTGAGAA         AATGGCTGTTGATGGTGGGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100022 AGAGGAGCTGCTGGCTGAGAAGTT...CAGAATGGCTGTTGATGGTGGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 GTGGGGACACTGGAGACTGGGAAGGTCGCTGGAACCATGTAAAGAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102256 GTGGGGACACTGGAGACTGGGAAGGTCGCTGGAACCATGTAAAGAAGTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTCGAGCGATCTGGACCCTTCACACACCCTGATTTCGAACCGAGCACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102306 CTCGAGCGATCTGGACCCTTCACACACCCTGATTTCGAACCGAGCACTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 A         TCTCTCCAGTTCTTGTTAGATACATGTAAAGTTCTAGTCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102356 AGTG...CAGTCTCTCCAGTTCTTGTTAGATACATGTAAAGTTCTAGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TTGGAGCTGGCGGCTTAGGATGTGAGCTCCTGAAAAATCTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 104684 TTGGAGCTGGCGGCTTAGGATGTGAGCTCCTGAAAAATCTGGTA...CAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GCCTTGTCTGGTTTTAGACAGATTCATGTTATAGATATGGACACTATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108537 GCCTTGTCTGGTTTTAGACAGATTCATGTTATAGATATGGACACTATAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGTTTCCAATCTAAATAGGCAGTTTTTATTTAG         GCCTAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 108587 TGTTTCCAATCTAAATAGGCAGTTTTTATTTAGGTA...TAGGCCTAAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 ATATTGGAAGACCTAAGGCTGAAGTTGCTGCAGAATTTCTAAATGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112154 ATATTGGAAGACCTAAGGCTGAAGTTGCTGCAGAATTTCTAAATGACAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GTTCCTAACTGCAATGTAGTTCC         ACATTTCTACAAGATTCA
        |||||||| ||||||||||||||>>>...>>>||||||| ||||||||||
 112204 GTTCCTAATTGCAATGTAGTTCCGTA...CAGACATTTCAACAAGATTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 AGATTTTAACGACACTTTCTATCGAC         AATTTCATATTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 116061 AGATTTTAACGACACTTTCTATCGACGTA...TAGAATTTCATATTATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 TATGTGGACTGGACTCTATCATCGCCAGAAGATGGATAAATGGCATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116666 TATGTGGACTGGACTCTATCATCGCCAGAAGATGGATAAATGGCATGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538          ATATCTCTTCTAAATTATGAAGATGGTGTCTTAGATCCAAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116716 GTA...TAGATATCTCTTCTAAATTATGAAGATGGTGTCTTAGATCCAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 CTCCATTGTCCCTTTGATAGATGGGGGGACAGAAGGTTTTAAAGGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117058 CTCCATTGTCCCTTTGATAGATGGGGGGACAGAAGGTTTTAAAGGAAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 CCCGGGTGATTCTGCCTGGAATGACTGCTTGTATCGAATGCACGCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117108 CCCGGGTGATTCTGCCTGGAATGACTGCTTGTATCGAATGCACGCTGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CTTTATCCACCACAG         GTTAATTTTCCCATGTGCACCATTGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 117158 CTTTATCCACCACAGGTA...TAGGTTAATTTTCCCATGTGCACCATTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 ATCTATGCCCAGGCTACCAGAACACTGTATTGAGTATGTAAGGATGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118001 ATCTATGCCCAGGCTACCAGAACACTGTATTGAGTATGTAAGGATGTTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AGTGGCCTAAGGAGCAGCCTTTTGGAG         AAGGGGTTCCATTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 118051 AGTGGCCTAAGGAGCAGCCTTTTGGAGGTA...CAGAAGGGGTTCCATTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 GGTGGAGATGATCCTGAACATATACAATGGATTTTCCAAAAATCCCTAGA
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118241 GATGGAGATGATCCTGAACATATACAATGGATTTTCCAAAAATCCCTAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GAGAGCATCACAATATAATATTAGGGGTGTTACGTATAGGCTCACTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118291 GAGAGCATCACAATATAATATTAGGGGTGTTACGTATAGGCTCACTCAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911          GGGTAGTAAAAAGAATCATTCCTGCAGTAGCTTCCACAAAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118341 GTA...CAGGGGTAGTAAAAAGAATCATTCCTGCAGTAGCTTCCACAAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 GCAGTCATTGCAG         CTGTGTGTGCCACTGAGGTTTTTAAAAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 122886 GCAGTCATTGCAGGTG...CAGCTGTGTGTGCCACTGAGGTTTTTAAAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 AGCCACAAG         TGCATACATTCCCTTGAATAATTACTTGGTGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 123367 AGCCACAAGGTA...CAGTGCATACATTCCCTTGAATAATTACTTGGTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1034 TTAATGATGTAGATGGGCTGTATACATACACATTTGAAGCAGAAAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123493 TTAATGATGTAGATGGGCTGTATACATACACATTTGAAGCAGAAAGAAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084          GAAAACTGCCCAGCTTGTAGCCAGCTTCCTCAAAATATTCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123543 GTT...TAGGAAAACTGCCCAGCTTGTAGCCAGCTTCCTCAAAATATTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1125 GTTTTCTCCATCAGCTAAACTACAGGAGGTTTTGGATTATCTAACCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123912 GTTTTCTCCATCAGCTAAACTACAGGAGGTTTTGGATTATCTAACCAATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 GTGCTTCTCT         GCAAATGAAATCTCCAGCCATCACAGCCACC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 123962 GTGCTTCTCTGTA...TAGGCAAATGAAATCTCCAGCCATCACAGCCACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1216 CTAGAGGGAAAAAATAGAACACTTTACTTACAG         TCGGTAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 124122 CTAGAGGGAAAAAATAGAACACTTTACTTACAGGTT...TAGTCGGTAAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1257 CTCTATTGAAGAACGAACAAGGCCAAATCTCTCCAAAACATTGAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 124257 CTCTATTGAAGAACGAACAAGGCCAAATCTCTCCAAAACATTGAAAGGTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1304       AATTGGGGCTTGTTGATGGACAAGAACTGGCGGTTGCTGATGTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124307 ...TAGAATTGGGGCTTGTTGATGGACAAGAACTGGCGGTTGCTGATGTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :
   1348 ACCACCCCACAGACTGTACTATTCAAACTTCATTTTACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124673 ACCACCCCACAGACTGTACTATTCAAACTTCATTTTACTTCT