seq1 = pF1KB8667.tfa, 1272 bp
seq2 = pF1KB8667/gi568815587f_31409785.tfa (gi568815587f:31409785_31883521), 473737 bp

>pF1KB8667 1272
>gi568815587f:31409785_31883521 (Chr11)

1-223  (100001-100223)   100% ->
224-259  (110272-110307)   100% ->
260-381  (129878-129999)   100% ->
382-513  (184986-185117)   100% ->
514-653  (193984-194123)   100% ->
654-738  (217326-217410)   100% ->
739-927  (222433-222621)   100% ->
928-1036  (237957-238065)   100% ->
1037-1143  (240331-240437)   100% ->
1144-1272  (373609-373737)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCAGTGGCAACCTGCGGTAGTGTTGCCGCGAGTACTGGGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCAGTGGCAACCTGCGGTAGTGTTGCCGCGAGTACTGGGTCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTGGCGACAGCCAGCAAGAGCAACGTCACCAGTTTCCAGAGGAGGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTGGCGACAGCCAGCAAGAGCAACGTCACCAGTTTCCAGAGGAGGGGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTAGAGCCAGCGTGACCAACGACAGCGGCCCTCGACTGGTGTCCATTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTAGAGCCAGCGTGACCAACGACAGCGGCCCTCGACTGGTGTCCATTGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCACGCGACCGTCGGTGCGGAATGGACAGCTGCTGGTATCAACCGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCACGCGACCGTCGGTGCGGAATGGACAGCTGCTGGTATCAACCGGGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCAGCCCTAGACCAGCTCTTAG         GTGGAGGTTTAGCCGTTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100201 CCCAGCCCTAGACCAGCTCTTAGGTC...CAGGTGGAGGTTTAGCCGTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAACAGTTCTTCTAATTG         AGGAGGATAAATATAATATTTAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 110290 GAACAGTTCTTCTAATTGGTT...CAGAGGAGGATAAATATAATATTTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCACCTTTGCTCTTCAAGTATTTCCTGGCAGAAGGAATTGTCAATGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129901 TCACCTTTGCTCTTCAAGTATTTCCTGGCAGAAGGAATTGTCAATGGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TACTTTGTTGGTTGCATCTGCTAAAGAGGATCCTGCCAACATTTTACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 129951 TACTTTGTTGGTTGCATCTGCTAAAGAGGATCCTGCCAACATTTTACAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    382         GAACTTCCAGCACCATTACTTGATGATAAATGTAAAAAGGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130001 TA...TAGGAACTTCCAGCACCATTACTTGATGATAAATGTAAAAAGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTTGATGAAGATGTATACAATCATAAAACACCAGAATCTAATATTAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185028 TTTGATGAAGATGTATACAATCATAAAACACCAGAATCTAATATTAAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAAATAGCTTGGCGTTACCAGTTATTACCCAAGATGGAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 185078 GAAAATAGCTTGGCGTTACCAGTTATTACCCAAGATGGAGGCA...CAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGGACCAGTATCATCTTCAAGATTTGGTCACTATTATGATGCATCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193985 TTGGACCAGTATCATCTTCAAGATTTGGTCACTATTATGATGCATCAAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGAATGCCACAAGAACTAATTGAGGCTTCAAATTGGCATGGATTTTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194035 AGAATGCCACAAGAACTAATTGAGGCTTCAAATTGGCATGGATTTTTTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCCAGAGAAAATATCTTCAACTCTCAAAGTAGAACCCTG         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 194085 TCCAGAGAAAATATCTTCAACTCTCAAAGTAGAACCCTGGTA...CAGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTTTGACCCCTGGCTACACAAAGCTGCTTCAGTTTATCCAGAACATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217328 CTTTGACCCCTGGCTACACAAAGCTGCTTCAGTTTATCCAGAACATCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TATGAGGAAGGATTTGATGGATCCAATCCTCAG         AAAAAACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 217378 TATGAGGAAGGATTTGATGGATCCAATCCTCAGGTA...TAGAAAAAACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAGAAACATTTTAAGAATAGGAATTCAGAATCTTGGCTCACCTTTATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222441 GAGAAACATTTTAAGAATAGGAATTCAGAATCTTGGCTCACCTTTATGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GAGACGATATTTGCTGTGCAGAAAATGGTGGCAACAGTCACAGCCTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222491 GAGACGATATTTGCTGTGCAGAAAATGGTGGCAACAGTCACAGCCTTACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAGTTCCTCTATGTTCTCCGTGGTCTTCTGAGAACCTCTCTTTCAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222541 AAGTTCCTCTATGTTCTCCGTGGTCTTCTGAGAACCTCTCTTTCAGCCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CATCATCACAATGCCAACACATCTGATCCAG         AATAAAGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 222591 CATCATCACAATGCCAACACATCTGATCCAGGTA...CAGAATAAAGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTATTGCCCGTGTCACAACCTTGTCAGATGTAGTAGTTGGTCTGGAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237967 TTATTGCCCGTGTCACAACCTTGTCAGATGTAGTAGTTGGTCTGGAATCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTTATTGGTTCTGAGAGAGAAACTAACCCATTGTATAAGGATTATCATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 238017 TTTATTGGTTCTGAGAGAGAAACTAACCCATTGTATAAGGATTATCATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1037         GATTGATTCATATACGGCAGATTCCTCGGCTTAATAACTTGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238067 TA...AAGGATTGATTCATATACGGCAGATTCCTCGGCTTAATAACTTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TCTGTGATGAATCAGATGTCAAAGACTTAGCTTTTAAATTAAAAAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240373 TCTGTGATGAATCAGATGTCAAAGACTTAGCTTTTAAATTAAAAAGGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTATTCACCATTGAG         CGACTGCATTTGCCTCCAGACTTGTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 240423 CTATTCACCATTGAGGTA...TAGCGACTGCATTTGCCTCCAGACTTGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGACACAGTGAGCCGCTCAAGCAAAATGGATCTGGCAGAATCCGCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 373635 AGACACAGTGAGCCGCTCAAGCAAAATGGATCTGGCAGAATCCGCCAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GGCTGGGCCCAGGCTGTGGCATGATGGCCGGAGGCAAGAAGCACCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 373685 GGCTGGGCCCAGGCTGTGGCATGATGGCCGGAGGCAAGAAGCACCTGGAC

   1350 
   1270 TTC
        |||
 373735 TTC