seq1 = pF1KB8665.tfa, 1497 bp
seq2 = pF1KB8665/gi568815579f_54018392.tfa (gi568815579f:54018392_54231429), 213038 bp

>pF1KB8665 1497
>gi568815579f:54018392_54231429 (Chr19)

1-177  (99888-100064)   100% ->
178-238  (100182-100242)   100% ->
239-322  (103469-103552)   100% ->
323-420  (104106-104203)   100% ->
421-527  (105063-105169)   100% ->
528-697  (105358-105527)   100% ->
698-855  (106108-106265)   99% ->
856-945  (108137-108226)   100% ->
946-1073  (109682-109809)   100% ->
1074-1146  (109914-109986)   100% ->
1147-1275  (110666-110794)   100% ->
1276-1374  (110881-110979)   100% ->
1375-1497  (112916-113038)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCTGGCAGATGAGCTCTTAGCTGATCTCGAAGAGGCAGCAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99888 ATGTCTCTGGCAGATGAGCTCTTAGCTGATCTCGAAGAGGCAGCAGAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGGAAGGAGGAAGCTATGGGGAGGAAGAAGAGGAGCCAGCGATCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99938 GGAGGAAGGAGGAAGCTATGGGGAGGAAGAAGAGGAGCCAGCGATCGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGTGCAGGAGGAGACACAGCTGGATCTTTCCGGGGATTCAGTCAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99988 ATGTGCAGGAGGAGACACAGCTGGATCTTTCCGGGGATTCAGTCAAGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCGCCAAGCTATGGGATAGTAAGATG         TTTGCTGAGATTAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100038 ATCGCCAAGCTATGGGATAGTAAGATGGTA...CAGTTTGCTGAGATTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATGAAGATTGAGGAGTATATCAGCAAGCAAGCCAAAGCTTCAGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100196 GATGAAGATTGAGGAGTATATCAGCAAGCAAGCCAAAGCTTCAGAAGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    239       TGATGGGACCAGTGGAGGCCGCGCCTGAATACCGCGTCATCGTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100246 ...CAGTGATGGGACCAGTGGAGGCCGCGCCTGAATACCGCGTCATCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGCCAACAACCTGACCGTGGAGATCGAAAACGAGCTGA         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103513 GATGCCAACAACCTGACCGTGGAGATCGAAAACGAGCTGAGTG...TAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CATCATCCATAAGTTCATCCGGGATAAGTACTCAAAGAGATTCCCTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104107 CATCATCCATAAGTTCATCCGGGATAAGTACTCAAAGAGATTCCCTGAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGAGTCCTTGGTCCCCAATGCACTGGATTACATCCGCACGGTCAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104157 TGGAGTCCTTGGTCCCCAATGCACTGGATTACATCCGCACGGTCAAGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    421       GAGCTGGGCAACAGCCTGGACAAGTGCAAGAACAATGAGAACCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104207 ...CAGGAGCTGGGCAACAGCCTGGACAAGTGCAAGAACAATGAGAACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCAGCAGATCCTCACCAATGCCACCATCATGGTCGTCAGCGTCACCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105107 GCAGCAGATCCTCACCAATGCCACCATCATGGTCGTCAGCGTCACCGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCACCACCCAGGG         GCAGCAGCTGTCGGAGGAGGAGCTGGAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105157 CCACCACCCAGGGGTA...CAGGCAGCAGCTGTCGGAGGAGGAGCTGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CGGCTGGAGGAGGCCTGCGACATGGCGCTGGAGCTGAACGCCTCCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105386 CGGCTGGAGGAGGCCTGCGACATGGCGCTGGAGCTGAACGCCTCCAAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCGCATCTACGAGTATGTGGAGTCCCGGATGTCCTTCATCGCACCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105436 CCGCATCTACGAGTATGTGGAGTCCCGGATGTCCTTCATCGCACCCAACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGTCCATCATTATCGGGGCATCCACGGCCGCCAAGATCATGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 105486 TGTCCATCATTATCGGGGCATCCACGGCCGCCAAGATCATGGGTG...CA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    698  GTGTGGCCGGCGGCCTGACCAACCTCTCCAAGGTGCCCGCCTGCAACAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 106107 GGTGTGGCCGGCGGCCTGACCAACCTCTCCAAGATGCCCGCCTGCAACAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CATGCTGCTCGGGGCCCAGCGCAAGACGCTGTCGGGCTTCTCGTCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106157 CATGCTGCTCGGGGCCCAGCGCAAGACGCTGTCGGGCTTCTCGTCTACCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAGTGCTGCCCCACACCGGCTACATCTACCACAGTGACATCGTGCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106207 CAGTGCTGCCCCACACCGGCTACATCTACCACAGTGACATCGTGCAGTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTGCCACCG         GATCTGCGGCGGAAAGCGGCCCGGCTGGTGGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106257 CTGCCACCGGTG...CAGGATCTGCGGCGGAAAGCGGCCCGGCTGGTGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CGCCAAGTGCACACTGGCAGCCCGTGTGGACAGTTTCCACGAGAGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108169 CGCCAAGTGCACACTGGCAGCCCGTGTGGACAGTTTCCACGAGAGCACAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAGGGAAG         GTGGGCTACGAACTGAAGGATGAGATCGAGCGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 108219 AAGGGAAGGTG...CAGGTGGGCTACGAACTGAAGGATGAGATCGAGCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAATTCGACAAGTGGCAGGAGCCGCCGCCTGTGAAGCAGGTGAAGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109715 AAATTCGACAAGTGGCAGGAGCCGCCGCCTGTGAAGCAGGTGAAGCCGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCCTGCGCCCCTGGATGGACAGCGGAAGAAGCGAGGCGGCCGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 109765 GCCTGCGCCCCTGGATGGACAGCGGAAGAAGCGAGGCGGCCGCAGGTG..

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074     GTACCGCAAGATGAAGGAGCGGCTGGGGCTGACGGAGATCCGGAAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109815 .CAGGTACCGCAAGATGAAGGAGCGGCTGGGGCTGACGGAGATCCGGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CAGGCCAACCGTATGAGCTTCGGAGAG         ATCGAGGAGGACGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 109960 CAGGCCAACCGTATGAGCTTCGGAGAGGTC...TAGATCGAGGAGGACGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CTACCAGGAGGACCTGGGATTCAGCCTGGGCCACCTGGGCAAGTCGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110680 CTACCAGGAGGACCTGGGATTCAGCCTGGGCCACCTGGGCAAGTCGGGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GTGGGCGTGTGCGGCAGACACAGGTAAACGAGGCCACCAAGGCCAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110730 GTGGGCGTGTGCGGCAGACACAGGTAAACGAGGCCACCAAGGCCAGGATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TCCAAGACGCTGCAG         CGGACCCTGCAGAAGCAGAGCGTCGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 110780 TCCAAGACGCTGCAGGTA...CAGCGGACCCTGCAGAAGCAGAGCGTCGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 ATATGGCGGGAAGTCCACCATCCGCGACCGCTCCTCGGGCACGGCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110907 ATATGGCGGGAAGTCCACCATCCGCGACCGCTCCTCGGGCACGGCCTCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GCGTGGCCTTCACCCCACTCCAG         GGCCTGGAGATTGTGAAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 110957 GCGTGGCCTTCACCCCACTCCAGGTA...CAGGGCCTGGAGATTGTGAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CCACAGGCGGCAGAGAAGAAGGTGGCTGAGGCCAACCAGAAGTATTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112934 CCACAGGCGGCAGAGAAGAAGGTGGCTGAGGCCAACCAGAAGTATTTCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CAGCATGGCTGAGTTCCTCAAGGTCAAGGGCGAGAAGAGTGGCCTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112984 CAGCATGGCTGAGTTCCTCAAGGTCAAGGGCGAGAAGAGTGGCCTTATGT

   1600     .
   1493 CCACC
        |||||
 113034 CCACC