seq1 = pF1KB8664.tfa, 1227 bp
seq2 = pF1KB8664/gi568815590f_119773847.tfa (gi568815590f:119773847_120149701), 375855 bp

>pF1KB8664 1227
>gi568815590f:119773847_120149701 (Chr8)

1-122  (100001-100122)   100% ->
123-301  (154554-154732)   100% ->
302-425  (155969-156092)   100% ->
426-604  (191386-191564)   100% ->
605-790  (227679-227864)   98% ->
791-925  (229131-229265)   100% ->
926-996  (232959-233029)   100% ->
997-1101  (235183-235287)   100% ->
1102-1227  (275730-275855)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGGGCGGCAGCACTGGCAGTGCTGGCAGTGACAGCAGCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGAGGGCGGCAGCACTGGCAGTGCTGGCAGTGACAGCAGCACCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGAGTGGCGGGGCGCAGCAAAGGGAGCTGGAGCGCATGGCTGAGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGGAGTGGCGGGGCGCAGCAAAGGGAGCTGGAGCGCATGGCTGAGGTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGTCACCGGGGAACAGCTACG         GCTCAGGCTGCACGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100101 TGGTCACCGGGGAACAGCTACGGTA...CAGGCTCAGGCTGCACGAAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGGTTATTAAAGATAGACGTCATCATCTCAAGACCTACCCAAACTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154573 AAGGTTATTAAAGATAGACGTCATCATCTCAAGACCTACCCAAACTGTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTCGCAAAAGAACTGATTGACTGGCTGATTGAACACAAAGAGGCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154623 TGTCGCAAAAGAACTGATTGACTGGCTGATTGAACACAAAGAGGCTTCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAGAGAGACGGCAATTAAACTCATGCAGAAATTAGCAGACCGGGGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154673 ACAGAGAGACGGCAATTAAACTCATGCAGAAATTAGCAGACCGGGGCATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATTCACCATG         TGTGTGATGAGCATAAGGAATTCAAGGATGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 154723 ATTCACCATGGTG...CAGTGTGTGATGAGCATAAGGAATTCAAGGATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAACTCTTCTACCGCTTTAGAAAGGATGACGGCACCTTCCCATTGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156000 CAAACTCTTCTACCGCTTTAGAAAGGATGACGGCACCTTCCCATTGGATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGAAGTGAAGGCCTTTATGAGAGGACAGAGGCTATATGAAAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 156050 ATGAAGTGAAGGCCTTTATGAGAGGACAGAGGCTATATGAAAAGTA...C

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    426   GCTGATGAGCCCTGAAAACACACTCCTGCAGCCCAGGGAGGAGGAAGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191384 AGGCTGATGAGCCCTGAAAACACACTCCTGCAGCCCAGGGAGGAGGAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGTCAAGTATGAGCGCACCTTCATGGCATCTGAATTCCTGGACTGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191434 GGTCAAGTATGAGCGCACCTTCATGGCATCTGAATTCCTGGACTGGCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTCAGGAAGGTGAGGCCACCACGAGGAAAGAGGCAGAGCAGCTTTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191484 TTCAGGAAGGTGAGGCCACCACGAGGAAAGAGGCAGAGCAGCTTTGCCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CGGCTTATGGAGCATGGCATCATCCAGCATG         TGTCCAGCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||| |||
 191534 CGGCTTATGGAGCATGGCATCATCCAGCATGGTG...CAGTGTCCAACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCACCCATTTGTGGACAGCAATCTTCTCTACCAGTTCAGAATGAACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227689 GCACCCATTTGTGGACAGCAATCTTCTCTACCAGTTCAGAATGAACTTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGCGGAGGCGAAGACTGATGGAGCTGCTCAATGAAAAGTCCCCCTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227739 GGCGGAGGCGAAGACTGATGGAGCTGCTCAATGAAAAGTCCCCCTCCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAGGAAACTCATGACAGTCCCTTCTGCCTGGGGAAGCAGAGCCATGACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 227789 CAGGAAACTCATGACAGTCCCTTCTGCCTGAGGAAGCAGAGCCATGACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TCGGAAATCTACCAGCTTTATGTCAG         TGAGCCCCAGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 227839 TCGGAAATCTACCAGCTTTATGTCAGGTA...CAGTGAGCCCCAGCAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGATCAAGATCGTGTCTGCAGTGAGGAGAAGCAGCATGAGCAGCTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229146 AGATCAAGATCGTGTCTGCAGTGAGGAGAAGCAGCATGAGCAGCTGTGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AGCAGCGGCTACTTCAGCAGCAGCCCCACCCTCAGCAGCAGCCCCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229196 AGCAGCGGCTACTTCAGCAGCAGCCCCACCCTCAGCAGCAGCCCCCCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCTCTGCAACCCCAAGTCCG         TGCTGAAGAGACCTGTCACCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 229246 GCTCTGCAACCCCAAGTCCGGTG...CAGTGCTGAAGAGACCTGTCACCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTGAGGAACTCCTTACTCCCGGGGCTCCGTATGCAAGGAAGACATTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232980 CTGAGGAACTCCTTACTCCCGGGGCTCCGTATGCAAGGAAGACATTCACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997          ATTGTTGGTGACGCGGTTGGCTGGGGTTTTGTGGTGCGAGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233030 GTA...TAGATTGTTGGTGACGCGGTTGGCTGGGGTTTTGTGGTGCGAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AAGTAAGCCATGCCACATCCAGGCTGTAGACCCCAGTGGCCCTGCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235224 AAGTAAGCCATGCCACATCCAGGCTGTAGACCCCAGTGGCCCTGCAGCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CAGCAGGAATGAAG         GTCTGTCAGTTTGTCGTCTCTGTCAAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 235274 CAGCAGGAATGAAGGTA...TAGGTCTGTCAGTTTGTCGTCTCTGTCAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GGGCTCAATGTCCTGCATGTAGACTACCGGACCGTGAGCAATCTGATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275757 GGGCTCAATGTCCTGCATGTAGACTACCGGACCGTGAGCAATCTGATTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1179 GACGGGCCCACGGACGATTGTCATGGAAGTCATGGAGGAGTTAGAGTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275807 GACGGGCCCACGGACGATTGTCATGGAAGTCATGGAGGAGTTAGAGTGC