seq1 = pF1KB8662.tfa, 1131 bp
seq2 = pF1KB8662/gi568815582f_58150015.tfa (gi568815582f:58150015_58379774), 229760 bp

>pF1KB8662 1131
>gi568815582f:58150015_58379774 (Chr16)

1-101  (100001-100101)   100% ->
102-228  (102713-102839)   100% ->
229-390  (103984-104145)   100% ->
391-546  (108354-108509)   100% ->
547-627  (109840-109920)   100% ->
628-783  (112371-112526)   100% ->
784-891  (117465-117572)   100% ->
892-1047  (128468-128623)   100% ->
1048-1131  (129677-129760)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGATGATGAGTCCGAGAGCGTCCTCTCCGACTCCCATGAAGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTGATGATGAGTCCGAGAGCGTCCTCTCCGACTCCCATGAAGGGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGCTGGAGCTGCCTGTTATCCAGCTGTGCGGGCTGGTGGAGGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGCTGGAGCTGCCTGTTATCCAGCTGTGCGGGCTGGTGGAGGAGCTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 G         CTATGTAAACTCTGCTCTCAAAACTGAGACTGAGATGTTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTA...CAGCTATGTAAACTCTGCTCTCAAAACTGAGACTGAGATGTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGAAATATTACGCTAAACTGGAGCCCAGGGATCAGCGACCTCCACGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102753 GAGAAATATTACGCTAAACTGGAGCCCAGGGATCAGCGACCTCCACGATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATCAGAAATTAAAATATCAGCAGCAGATTATGCACAG         TTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102803 ATCAGAAATTAAAATATCAGCAGCAGATTATGCACAGGTA...CAGTTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAGGCAGGCGTAGATCCAAATCCCGGACAGGTATGGACCGTGGGGTAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103988 GAGGCAGGCGTAGATCCAAATCCCGGACAGGTATGGACCGTGGGGTAGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGACTGCCGACCAAAAACTTGAGCTGGTACAAAAAGAGGTTGCGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104038 CTGACTGCCGACCAAAAACTTGAGCTGGTACAAAAAGAGGTTGCGGACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGGATGACTTACGACACACAAGGGCAAATGCGGAACGCGACCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104088 GAAGGATGACTTACGACACACAAGGGCAAATGCGGAACGCGACCTGCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATCACGAG         GCGATCATTGAGGAGGCTGAAATTCGATGGAGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104138 ATCACGAGGTA...CAGGCGATCATTGAGGAGGCTGAAATTCGATGGAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAAGTTTCGAGAGAAGTGCATGAGTTTGAAAAAGATATTCTAAAAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108387 GAAGTTTCGAGAGAAGTGCATGAGTTTGAAAAAGATATTCTAAAAGCCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATCCAAGAAGAAAGGGAGTATTTTGGCCACTCAGAAAGTGATGAAATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108437 ATCCAAGAAGAAAGGGAGTATTTTGGCCACTCAGAAAGTGATGAAATACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTGAGGACATGAACCGCCGGAGG         GATAATATGAAGGAGAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 108487 TTGAGGACATGAACCGCCGGAGGGTA...TAGGATAATATGAAGGAGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTACGTTTGAAAAATGTTTCTCTCAAAGTTCAGAGGAAAAAAATGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109858 TTACGTTTGAAAAATGTTTCTCTCAAAGTTCAGAGGAAAAAAATGCTTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACAATTGAGGCAG         AAGGAAGAGGTGAGTGAGGCCCTTCACG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 109908 ACAATTGAGGCAGGTA...TAGAAGGAAGAGGTGAGTGAGGCCCTTCACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGTTGATTTTCAGCAGTTGAAGATAGAGAACGCTCAATTTCTTGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112399 ATGTTGATTTTCAGCAGTTGAAGATAGAGAACGCTCAATTTCTTGAGACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATTGAAGCAAGGAATCAAGAACTGACCCAGCTAAAGCTGTCATCTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112449 ATTGAAGCAAGGAATCAAGAACTGACCCAGCTAAAGCTGTCATCTGGAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CACTCTGCAGGTTCTCAATGCCTACAAA         AGCAAGCTTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 112499 CACTCTGCAGGTTCTCAATGCCTACAAAGTA...CAGAGCAAGCTTCACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGCAATGGAAATATACCTCAATCTGGACAAGGAGATCTTGCTGAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117478 AGGCAATGGAAATATACCTCAATCTGGACAAGGAGATCTTGCTGAGAAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGCTACTTGAAAAAATTGAAAAAGAAACACTACAAGTAGAGGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 117528 GAGCTACTTGAAAAAATTGAAAAAGAAACACTACAAGTAGAGGAGGTA..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892     GACCGGGCCAAAGCCGAGGCAGTGAATAAGAGGCTCCGGAAGCAGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117578 .CAGGACCGGGCCAAAGCCGAGGCAGTGAATAAGAGGCTCCGGAAGCAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGGCCGAGTTCCGGGCACCACAGGTGATGACTTACGTCCGGGAGAAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128514 TGGCCGAGTTCCGGGCACCACAGGTGATGACTTACGTCCGGGAGAAGATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTAAATGCGGACCTGGAGAAGAGCATCAGGATGTGGGAAAGGAAAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128564 TTAAATGCGGACCTGGAGAAGAGCATCAGGATGTGGGAAAGGAAAGTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GATAGCAGAG         ATGTCCTTAAAAGGCCATCGTAAGGCTTGGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 128614 GATAGCAGAGGTG...CAGATGTCCTTAAAAGGCCATCGTAAGGCTTGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ATCGAATGAAAATAACCAATGAGCAGTTGCAGGCAGATTACCTTGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129708 ATCGAATGAAAATAACCAATGAGCAGTTGCAGGCAGATTACCTTGCTGGG

   1200 
   1129 AAG
        |||
 129758 AAG