seq1 = pF1KB8661.tfa, 1260 bp
seq2 = pF1KB8661/gi568815593r_150591754.tfa (gi568815593r:150591754_150800985), 209232 bp

>pF1KB8661 1260
>gi568815593r:150591754_150800985 (Chr5)

(complement)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-108  (100489-100542)   100% ->
109-138  (101715-101744)   100% ->
139-271  (102355-102487)   100% ->
272-372  (104095-104195)   100% ->
373-545  (104281-104453)   100% ->
546-746  (105280-105480)   100% ->
747-911  (106746-106910)   100% ->
912-1000  (107679-107767)   100% ->
1001-1132  (107960-108091)   100% ->
1133-1260  (109105-109232)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACCTCTCTGGGTTCCAACACCTACAACAGGCAGAACTGGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGACCTCTCTGGGTTCCAACACCTACAACAGGCAGAACTGGGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCG         GACTTCCCCATTCTGTGCCAGACATGTCTTGGAGAAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCGGTG...CAGGACTTCCCCATTCTGTGCCAGACATGTCTTGGAGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCCATATATCCGAATG         ACCAAAGAAAAGTATGGGAAGGAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100526 ACCCATATATCCGAATGGTG...TAGACCAAAGAAAAGTATGGGAAGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TGCAAA         ATCTGTGCCAGGCCATTCACAGTGTTTCGCTGGTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101739 TGCAAAGTA...CAGATCTGTGCCAGGCCATTCACAGTGTTTCGCTGGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 CCCTGGAGTCCGCATGCGTTTCAAGAAGACTGAAGTGTGCCAAACCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102390 CCCTGGAGTCCGCATGCGTTTCAAGAAGACTGAAGTGTGCCAAACCTGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GTAAATTGAAGAATGTCTGTCAGACCTGCCTCTTAGACCTAGAGTATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102440 GTAAATTGAAGAATGTCTGTCAGACCTGCCTCTTAGACCTAGAGTATGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    272        GCCTGCCCATCCAGGTTCGTGACGCAGGATTGTCTTTTAAAGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102490 A...CAGGCCTGCCCATCCAGGTTCGTGACGCAGGATTGTCTTTTAAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGACATGCCAAAGTCAGATGTCAACAAAGAGTACTATACACAGAATATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104138 TGACATGCCAAAGTCAGATGTCAACAAAGAGTACTATACACAGAATATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGAGAGAG         ATTTCTAACTCTGATGGAACACGGCCAGTTGGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104188 AGAGAGAGGTA...TAGATTTCTAACTCTGATGGAACACGGCCAGTTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ATGCTGGGGAAAGCCACATCTACCAGTGACATGCTGCTCAAACTGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104314 ATGCTGGGGAAAGCCACATCTACCAGTGACATGCTGCTCAAACTGGCCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GACCACACCCTACTACAAAAGGAATCGACCCCACATTTGCTCCTTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104364 GACCACACCCTACTACAAAAGGAATCGACCCCACATTTGCTCCTTCTGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGAAAGGAGAGTGTAAGAGAGGAGAGGAATGTCCATACAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 104414 TGAAAGGAGAGTGTAAGAGAGGAGAGGAATGTCCATACAGGCA...TAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CATGAGAAGCCTACAGATCCAGATGACCCCCTTGCTGATCAGAATATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105281 CATGAGAAGCCTACAGATCCAGATGACCCCCTTGCTGATCAGAATATTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGACCGTTATTACGGAATCAATGATCCTGTAGCTGACAAGCTTCTAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105331 AGACCGTTATTACGGAATCAATGATCCTGTAGCTGACAAGCTTCTAAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGGCTTCAACAATGCCTCGGCTGGACCCACCAGAGGATAAAACTATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105381 GGGCTTCAACAATGCCTCGGCTGGACCCACCAGAGGATAAAACTATCACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACACTATATGTTGGTGGTCTAGGTGATACCATTACTGAGACAGATTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105431 ACACTATATGTTGGTGGTCTAGGTGATACCATTACTGAGACAGATTTAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747          AAATCATTTCTACCAGTTCGGAGAGATCCGGACGATCACTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105481 GTT...CAGAAATCATTTCTACCAGTTCGGAGAGATCCGGACGATCACTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTGTGCAGAGACAGCAGTGTGCTTTCATCCAGTTTGCCACACGGCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106787 TTGTGCAGAGACAGCAGTGTGCTTTCATCCAGTTTGCCACACGGCAGGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCAGAAGTGGCTGCTGAGAAGTCCTTTAATAAGTTGATTGTAAATGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106837 GCAGAAGTGGCTGCTGAGAAGTCCTTTAATAAGTTGATTGTAAATGGCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAGACTGAATGTGAAATGGGGAAG         ATCCCAGGCAGCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 106887 CAGACTGAATGTGAAATGGGGAAGGTG...CAGATCCCAGGCAGCCAGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GAAAAGAAAAAGAGAAAGATGGAACTACAGACTCTGGGATCAAACTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107696 GAAAAGAAAAAGAGAAAGATGGAACTACAGACTCTGGGATCAAACTAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCTGTTCCAGGATTGCCAGGAG         CTCTTCCTCCTCCTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 107746 CCTGTTCCAGGATTGCCAGGAGGTG...CAGCTCTTCCTCCTCCTCCTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGCAGAAGAAGAAGCCTCTGCCAACTACTTCAACTTGCCCCCAAGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107979 AGCAGAAGAAGAAGCCTCTGCCAACTACTTCAACTTGCCCCCAAGTGGTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTCCAGCTGTGGTGAACATTGCTCTGCCACCGCCCCCTGGCATTGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108029 CTCCAGCTGTGGTGAACATTGCTCTGCCACCGCCCCCTGGCATTGCTCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CCCCCACCCCCAG         GTTTTGGGCCACACATGTTCCACCCAAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 108079 CCCCCACCCCCAGGTA...CAGGTTTTGGGCCACACATGTTCCACCCAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGGACCACCCCCTCCTTTCATGCGGGCTCCAGGACCAATCCACTATCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109133 GGGACCACCCCCTCCTTTCATGCGGGCTCCAGGACCAATCCACTATCCTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CTCAGGACCCTCAGAGGATGGGAGCTCATGCTGGAAAACACAGCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109183 CTCAGGACCCTCAGAGGATGGGAGCTCATGCTGGAAAACACAGCAGCCCC