seq1 = pF1KB8660.tfa, 1647 bp
seq2 = pF1KB8660/gi568815581r_36386896.tfa (gi568815581r:36386896_36450033), 63138 bp

>pF1KB8660 1647
>gi568815581r:36386896_36450033 (Chr17)

(complement)

1-72  (12053-12124)   98% ->
73-158  (12287-12372)   100% ->
159-198  (13656-13695)   100% ->
199-279  (14178-14258)   100% ->
280-387  (14702-14809)   99% ->
388-497  (15139-15248)   99% ->
498-546  (16500-16548)   100% ->
547-667  (17092-17212)   100% ->
668-762  (17926-18020)   100% ->
763-828  (18405-18470)   100% ->
829-928  (18934-19033)   99% ->
929-1081  (19404-19556)   99% ->
1082-1647  (20538-21104)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGTGGTAGAGGTCGCGGGCAGTTGGTGGGCACAAGAGCGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
  12053 ATGGACGTGGTAGAGGTCGCGGGTAGTTGGTGGGCACAAGAGCGAGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCATTATGAAATACGAAAAG         GGACACCGAGCTGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
  12103 CATCATTATGAAATACGAAAAGGTA...CAGGGACACCGAGCTGGGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGAGGACAAGGGGCCTAAGCCTTTTCGAAGCTACAACAACAACGTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  12306 CAGAGGACAAGGGGCCTAAGCCTTTTCGAAGCTACAACAACAACGTCGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATTTGGGGATTGTACA         TGAGACGGAGCTGCCTCCTCTGAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
  12356 CATTTGGGGATTGTACAGTG...CAGTGAGACGGAGCTGCCTCCTCTGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGCGCGGGAGGCGAAG         CAAATTCGGCGGGAGATCAGCCGAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  13680 TGCGCGGGAGGCGAAGGTA...CAGCAAATTCGGCGGGAGATCAGCCGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGAGCAAGTGGGTGGATATGCTGGGAGACTGGGAGAAATACAAAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  14203 AGAGCAAGTGGGTGGATATGCTGGGAGACTGGGAGAAATACAAAAGCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGAAAG         CTCATAGATCGAGCGTACAAGGGAATGCCCATGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
  14253 AGAAAGGTA...CAGCTCATAGATCGAGCGTACAAGGGAATGCCCATGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CATCCGGGGCCCGATGTGGTCAGTCCTCCTGAACACTGAGGAAATGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
  14737 CATCCGGGGCCCGATGTGGTCAGTCCTCCTGAACATTGAGGAAATGAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGAAAAACCCCGGAAGATACCAG         ATCATGAAGGAGAAGGGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  14787 TGAAAAACCCCGGAAGATACCAGGTA...CAGATCATGAAGGAGAAGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AAGAAGTCATCTGAGCACATCCAGCGCATCGACCGGGACGTAAGCGGGAC
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  15157 AAGAGGTCATCTGAGCACATCCAGCGCATCGACCGGGACGTAAGCGGGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ATTAAGGAAGCATATATTCTTCAGGGATCGATACGGAACCAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
  15207 ATTAAGGAAGCATATATTCTTCAGGGATCGATACGGAACCAAGTA...TA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    498  GCAGCGGGAACTACTCCACATCCTCCTGGCATATGAGGAGTACAACCCG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  16499 GGCAGCGGGAACTACTCCACATCCTCCTGGCATATGAGGAGTACAACCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547          GAGGTGGGCTACTGCAGGGACCTGAGCCACATCGCCGCCTT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  16549 GTG...CAGGAGGTGGGCTACTGCAGGGACCTGAGCCACATCGCCGCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GTTCCTCCTCTATCTTCCTGAGGAGGATGCATTCTGGGCACTGGTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  17133 GTTCCTCCTCTATCTTCCTGAGGAGGATGCATTCTGGGCACTGGTGCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGCTGGCCAGTGAGAGGCACTCCCTGCAGG         GATTTCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  17183 TGCTGGCCAGTGAGAGGCACTCCCTGCAGGGTA...CAGGATTTCACAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CCAAATGGCGGGACCGTCCAGGGGCTCCAAGACCAACAGGAGCATGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  17937 CCAAATGGCGGGACCGTCCAGGGGCTCCAAGACCAACAGGAGCATGTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 AGCCACGTCACAACCCAAGACCATGGGGCATCAG         GACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  17987 AGCCACGTCACAACCCAAGACCATGGGGCATCAGGTG...CAGGACAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AAGATCTATGTGGGCAGTGTTCCCCGTTAGGCTGCCTCATCCGGATATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18412 AAGATCTATGTGGGCAGTGTTCCCCGTTAGGCTGCCTCATCCGGATATTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 ATTGACGGG         ATCTCTCTCGGGCTCACCCTGCGCCTGTGGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
  18462 ATTGACGGGGTA...CAGATCTCTCTCGGGCTCACCCTGCGCCTGTGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CGTGTATCTGGTAGAAGGCGAACAGGCGCTGATGCCGATAACAAGAATCG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
  18966 CGTGTATCTGGTAGAAGGCGAACAGGCGTTGATGCCGATAACAAGAATCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CCTTTAAGGTTCAGCAGA         AGCGCCTCACGAAGACGTCCAGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  19016 CCTTTAAGGTTCAGCAGAGTA...TAGAGCGCCTCACGAAGACGTCCAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 TGTGGCCCGTGGGCACGTTTTTGCAACCGGTTCGTTGATACCTGGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  19427 TGTGGCCCGTGGGCACGTTTTTGCAACCGGTTCGTTGATACCTGGGCCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GGATGAGGACACTGTGCTCAAGCATCTTAGGGCCTCTATGAAGAAACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  19477 GGATGAGGACACTGTGCTCAAGCATCTTAGGGCCTCTATGAAGAAACTAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 CAAGAAAGAAGGGGGACCTGCCACCCCCAG         CCAAACCCGAG
        ||||||||||||||||| ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  19527 CAAGAAAGAAGGGGGACGTGCCACCCCCAGGTG...CAGCCAAACCCGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 CAAGGGTCGTCGGCATCCAGGCCTGTGCCGGCTTCACGTGGCGGGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20549 CAAGGGTCGTCGGCATCCAGGCCTGTGCCGGCTTCACGTGGCGGGAAGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CCTCTGCAAGGGGGACAGGCAGGCCCCTCCAGGCCCACCAGCCCGGTTCC
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
  20599 CCTCTGCAAGGGGGACAGACAGGCCCCTCCAGGCCCACCAGCCCGGTTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 CGCGGCCCATTTGGTCAGCTTCCCCGCCACGGGCACCTCGTTCTTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20649 CGCGGCCCATTTGGTCAGCTTCCCCGCCACGGGCACCTCGTTCTTCCACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CCCTGTCCTGGTGGGGCTGTCCGGGAAGACACCTACCCTGTGGGCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20699 CCCTGTCCTGGTGGGGCTGTCCGGGAAGACACCTACCCTGTGGGCACTCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GGGTGTGCCCAGCCCGGCCCTGGCTCAGGGAGGACCTCAGGGTTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20749 GGGTGTGCCCAGCCCGGCCCTGGCTCAGGGAGGACCTCAGGGTTCCTGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GATTCCTGCAGTGGAACTCCATGCCCCGCCTCCCAACGGACCTGGACGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
  20799 GATTCCTGCAGTGGAACTCCATGCCCCGCCTCCCAACCGACCTGGACGTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GAGGGCCCTTGGTTCCGCCATTATGATTTCAGACAGAGCTGCTGGGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20849 GAGGGCCCTTGGTTCCGCCATTATGATTTCAGACAGAGCTGCTGGGTCCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TGCCATATCCCAGGAGGACCAGCTGGCCCCCTGCTGGCAGGC TGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|||||||
  20899 TGCCATATCCCAGGAGGACCAGCTGGCCCCCTGCTGGCAGGCCTGAACAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 CCTGCGGAGCGGGTGAGATCGGCTTTCGCTGCACCCAGCACTGATTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20949 CCTGCGGAGCGGGTGAGATCGGCTTTCGCTGCACCCAGCACTGATTCCGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 CCAGGGCACCCCCTTCAGAGCTAGGGACGAACAGCAGTGTGCTCCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20999 CCAGGGCACCCCCTTCAGAGCTAGGGACGAACAGCAGTGTGCTCCCACCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 CAGGGCCTTGCCTCTGCGGCCTCCACTTGGAAAGTTCTCAGTTCCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  21049 CAGGGCCTTGCCTCTGCGGCCTCCACTTGGAAAGTTCTCAGTTCCCTCCA

   1750     .
   1642 GGCTTC
        ||||||
  21099 GGCTTC