seq1 = pF1KB8660.tfa, 1647 bp
seq2 = pF1KB8660/gi568815581f_37935054.tfa (gi568815581f:37935054_38114590), 179537 bp

>pF1KB8660 1647
>gi568815581f:37935054_38114590 (Chr17)

(complement)

1-72  (47525-47596)   100% ->
73-158  (47759-47844)   100% ->
159-198  (49128-49167)   100% ->
199-279  (49650-49730)   100% ->
280-387  (50174-50281)   100% ->
388-497  (50611-50720)   99% ->
498-546  (51976-52024)   100% ->
547-667  (52568-52688)   100% ->
668-762  (53402-53496)   100% ->
763-828  (53882-53947)   100% ->
829-928  (54411-54510)   99% ->
929-1081  (54881-55033)   100% ->
1082-1647  (56015-56580)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGTGGTAGAGGTCGCGGGCAGTTGGTGGGCACAAGAGCGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  47525 ATGGACGTGGTAGAGGTCGCGGGCAGTTGGTGGGCACAAGAGCGAGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCATTATGAAATACGAAAAG         GGACACCGAGCTGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
  47575 CATCATTATGAAATACGAAAAGGTA...CAGGGACACCGAGCTGGGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGAGGACAAGGGGCCTAAGCCTTTTCGAAGCTACAACAACAACGTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  47778 CAGAGGACAAGGGGCCTAAGCCTTTTCGAAGCTACAACAACAACGTCGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATTTGGGGATTGTACA         TGAGACGGAGCTGCCTCCTCTGAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
  47828 CATTTGGGGATTGTACAGTG...CAGTGAGACGGAGCTGCCTCCTCTGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGCGCGGGAGGCGAAG         CAAATTCGGCGGGAGATCAGCCGAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  49152 TGCGCGGGAGGCGAAGGTA...CAGCAAATTCGGCGGGAGATCAGCCGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGAGCAAGTGGGTGGATATGCTGGGAGACTGGGAGAAATACAAAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  49675 AGAGCAAGTGGGTGGATATGCTGGGAGACTGGGAGAAATACAAAAGCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGAAAG         CTCATAGATCGAGCGTACAAGGGAATGCCCATGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
  49725 AGAAAGGTA...CAGCTCATAGATCGAGCGTACAAGGGAATGCCCATGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CATCCGGGGCCCGATGTGGTCAGTCCTCCTGAACACTGAGGAAATGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  50209 CATCCGGGGCCCGATGTGGTCAGTCCTCCTGAACACTGAGGAAATGAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGAAAAACCCCGGAAGATACCAG         ATCATGAAGGAGAAGGGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  50259 TGAAAAACCCCGGAAGATACCAGGTA...CAGATCATGAAGGAGAAGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AAGAAGTCATCTGAGCACATCCAGCGCATCGACCGGGACGTAAGCGGGAC
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  50629 AAGAGGTCATCTGAGCACATCCAGCGCATCGACCGGGACGTAAGCGGGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ATTAAGGAAGCATATATTCTTCAGGGATCGATACGGAACCAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
  50679 ATTAAGGAAGCATATATTCTTCAGGGATCGATACGGAACCAAGTA...TA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    498  GCAGCGGGAACTACTCCACATCCTCCTGGCATATGAGGAGTACAACCCG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  51975 GGCAGCGGGAACTACTCCACATCCTCCTGGCATATGAGGAGTACAACCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547          GAGGTGGGCTACTGCAGGGACCTGAGCCACATCGCCGCCTT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  52025 GTG...CAGGAGGTGGGCTACTGCAGGGACCTGAGCCACATCGCCGCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GTTCCTCCTCTATCTTCCTGAGGAGGATGCATTCTGGGCACTGGTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  52609 GTTCCTCCTCTATCTTCCTGAGGAGGATGCATTCTGGGCACTGGTGCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGCTGGCCAGTGAGAGGCACTCCCTGCAGG         GATTTCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  52659 TGCTGGCCAGTGAGAGGCACTCCCTGCAGGGTA...CAGGATTTCACAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CCAAATGGCGGGACCGTCCAGGGGCTCCAAGACCAACAGGAGCATGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  53413 CCAAATGGCGGGACCGTCCAGGGGCTCCAAGACCAACAGGAGCATGTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 AGCCACGTCACAACCCAAGACCATGGGGCATCAG         GACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  53463 AGCCACGTCACAACCCAAGACCATGGGGCATCAGGTG...CAGGACAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AAGATCTATGTGGGCAGTGTTCCCCGTTAGGCTGCCTCATCCGGATATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  53889 AAGATCTATGTGGGCAGTGTTCCCCGTTAGGCTGCCTCATCCGGATATTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 ATTGACGGG         ATCTCTCTCGGGCTCACCCTGCGCCTGTGGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
  53939 ATTGACGGGGTA...CAGATCTCTCTCGGGCTCACCCTGCGCCTGTGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CGTGTATCTGGTAGAAGGCGAACAGGCGCTGATGCCGATAACAAGAATCG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
  54443 CGTGTATCTGGTAGAAGGCGAACAGGCGTTGATGCCGATAACAAGAATCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CCTTTAAGGTTCAGCAGA         AGCGCCTCACGAAGACGTCCAGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  54493 CCTTTAAGGTTCAGCAGAGTA...TAGAGCGCCTCACGAAGACGTCCAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 TGTGGCCCGTGGGCACGTTTTTGCAACCGGTTCGTTGATACCTGGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  54904 TGTGGCCCGTGGGCACGTTTTTGCAACCGGTTCGTTGATACCTGGGCCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GGATGAGGACACTGTGCTCAAGCATCTTAGGGCCTCTATGAAGAAACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  54954 GGATGAGGACACTGTGCTCAAGCATCTTAGGGCCTCTATGAAGAAACTAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 CAAGAAAGAAGGGGGACCTGCCACCCCCAG         CCAAACCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  55004 CAAGAAAGAAGGGGGACCTGCCACCCCCAGGTG...CAGCCAAACCCGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 CAAGGGTCGTCGGCATCCAGGCCTGTGCCGGCTTCACGTGGCGGGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  56026 CAAGGGTCGTCGGCATCCAGGCCTGTGCCGGCTTCACGTGGCGGGAAGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CCTCTGCAAGGGGGACAGGCAGGCCCCTCCAGGCCCACCAGCCCGGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  56076 CCTCTGCAAGGGGGACAGGCAGGCCCCTCCAGGCCCACCAGCCCGGTTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 CGCGGCCCATTTGGTCAGCTTCCCCGCCACGGGCACCTCGTTCTTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  56126 CGCGGCCCATTTGGTCAGCTTCCCCGCCACGGGCACCTCGTTCTTCCACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CCCTGTCCTGGTGGGGCTGTCCGGGAAGACACCTACCCTGTGGGCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  56176 CCCTGTCCTGGTGGGGCTGTCCGGGAAGACACCTACCCTGTGGGCACTCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GGGTGTGCCCAGCCCGGCCCTGGCTCAGGGAGGACCTCAGGGTTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  56226 GGGTGTGCCCAGCCCGGCCCTGGCTCAGGGAGGACCTCAGGGTTCCTGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GATTCCTGCAGTGGAACTCCATGCCCCGCCTCCCAACGGACCTGGACGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  56276 GATTCCTGCAGTGGAACTCCATGCCCCGCCTCCCAACGGACCTGGACGTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GAGGGCCCTTGGTTCCGCCATTATGATTTCAGACAGAGCTGCTGGGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  56326 GAGGGCCCTTGGTTCCGCCATTATGATTTCAGACAGAGCTGCTGGGTCCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TGCCATATCCCAGGAGGACCAGCTGGCCCCCTGCTGGCAGGCTGAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  56376 TGCCATATCCCAGGAGGACCAGCTGGCCCCCTGCTGGCAGGCTGAACACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CTGCGGAGCGGGTGAGATCGGCTTTCGCTGCACCCAGCACTGATTCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  56426 CTGCGGAGCGGGTGAGATCGGCTTTCGCTGCACCCAGCACTGATTCCGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CAGGGCACCCCCTTCAGAGCTAGGGACGAACAGCAGTGTGCTCCCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  56476 CAGGGCACCCCCTTCAGAGCTAGGGACGAACAGCAGTGTGCTCCCACCTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 AGGGCCTTGCCTCTGCGGCCTCCACTTGGAAAGTTCTCAGTTCCCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  56526 AGGGCCTTGCCTCTGCGGCCTCCACTTGGAAAGTTCTCAGTTCCCTCCAG

   1750     .
   1643 GCTTC
        |||||
  56576 GCTTC