seq1 = pF1KB8659.tfa, 1974 bp
seq2 = pF1KB8659/gi568815595r_194542071.tfa (gi568815595r:194542071_194772162), 230092 bp

>pF1KB8659 1974
>gi568815595r:194542071_194772162 (Chr3)

(complement)

1-99  (100001-100099)   100% ->
100-226  (102028-102154)   100% ->
227-347  (105591-105711)   99% ->
348-434  (105874-105960)   100% ->
435-521  (106520-106606)   100% ->
522-582  (112030-112090)   100% ->
583-759  (113030-113206)   100% ->
760-1173  (119021-119434)   99% ->
1174-1275  (120947-121048)   100% ->
1276-1416  (121139-121279)   100% ->
1417-1543  (123355-123482)   99% ->
1544-1623  (125920-125999)   100% ->
1624-1797  (127417-127590)   100% ->
1798-1974  (129916-130092)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCGGAGGAGAGCCCCGGCCGGTGGGTCGCTGGGACGGGCCCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCCGGAGGAGAGCCCCGGCCGGTGGGTCGCTGGGACGGGCCCTTAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGCCATCAGACTCAGCGGAGCCGAAGCCATCGTCACACTGACTCCTGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100051 GCGCCATCAGACTCAGCGGAGCCGAAGCCATCGTCACACTGACTCCTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100         TTGCACACAAGTGAACTCAATGATGGCTATGATTGGGGTCGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TA...TAGTTGCACACAAGTGAACTCAATGATGGCTATGATTGGGGTCGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTAATCTTCAGTCAGTGACTGAACAGAGCTCCCTTGATGACTTCCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102070 CTTAATCTTCAGTCAGTGACTGAACAGAGCTCCCTTGATGACTTCCTTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TACTGCAGAACTTGCAGGAACAGAGTTTGTAGCTG         AAAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>| ||||
 102120 TACTGCAGAACTTGCAGGAACAGAGTTTGTAGCTGGTA...CAGAGAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTAATATTAAGTTTGTGCCTGCTGAGGCTAGAACTGGACTACTGTCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105597 TTAATATTAAGTTTGTGCCTGCTGAGGCTAGAACTGGACTACTGTCTTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGGAGAGCCAGAGAATTAAGAAGCTCCATGAAGAAAACAAACAGTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105647 GAGGAGAGCCAGAGAATTAAGAAGCTCCATGAAGAAAACAAACAGTTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTGTATACCGAGGAG         ACCAAACTGGAACCAAAATACTACCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105697 GTGTATACCGAGGAGGTG...CAGACCAAACTGGAACCAAAATACTACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGAAGAACTCAAACAAGCAGAGAAAGATAACTTTCTAGAATGGAGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105900 CAGAAGAACTCAAACAAGCAGAGAAAGATAACTTTCTAGAATGGAGACGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGCTTGTCCG         GCTAGAAGAGGAACAGAAGCTGATATTGAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 105950 CAGCTTGTCCGGTG...TAGGCTAGAAGAGGAACAGAAGCTGATATTGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCCATTTGAACGAAATTTGGACTTTTGGCGCCAGCTCTGGAGAGTCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106550 TCCATTTGAACGAAATTTGGACTTTTGGCGCCAGCTCTGGAGAGTCATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGAGAAG         TGATATTGTGGTCCAGATAGTAGATGCTCGAAAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106600 AGAGAAGGTG...CAGTGATATTGTGGTCCAGATAGTAGATGCTCGAAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCACTCCTGTTTAGATGTGAGGATTTG         GAATGTTATGTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 112064 CCACTCCTGTTTAGATGTGAGGATTTGGTA...TAGGAATGTTATGTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGAAATGGATGCCAATAAGGAGAACGTCATTCTGATCAACAAGGCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113044 AGAAATGGATGCCAATAAGGAGAACGTCATTCTGATCAACAAGGCAGACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGCTGACTGCTGAGCAGCGGAGTGCCTGGGCCATGTACTTCGAAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113094 TGCTGACTGCTGAGCAGCGGAGTGCCTGGGCCATGTACTTCGAAAAAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GATGTGAAGGTTATTTTCTGGTCAGCTTTGGCCGGAGCCATTCCCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113144 GATGTGAAGGTTATTTTCTGGTCAGCTTTGGCCGGAGCCATTCCCCTGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGGTGACTCTGAG         GAAGAGGCAAACAGAGATGATAGACAAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 113194 TGGTGACTCTGAGGTA...CAGGAAGAGGCAAACAGAGATGATAGACAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCAACACAACTGAGTTTGGACATTCCAGTTTCGACCAGGCTGAAATTTCC
        ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119049 GCAACACAACCAAGTTTGGACATTCCAGTTTCGACCAGGCTGAAATTTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CACAGTGAATCCGAACATCTCCCAGCTAGGGATTCTCCTTCACTTAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119099 CACAGTGAATCCGAACATCTCCCAGCTAGGGATTCTCCTTCACTTAGTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AAATCCCACAACGGATGAAGATGACAGTGAGTATGAGGACTGTCCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119149 AAATCCCACAACGGATGAAGATGACAGTGAGTATGAGGACTGTCCAGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGGAGGAAGACGACTGGCAGACGTGCTCAGAAGAAGACGGTCCCAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119199 AGGAGGAAGACGACTGGCAGACGTGCTCAGAAGAAGACGGTCCCAAGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAGGACTGCAGCCAGGACTGGAAGGAAAGCTCTACTGCAGATTCTGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119249 GAGGACTGCAGCCAGGACTGGAAGGAAAGCTCTACTGCAGATTCTGAGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TCGGAGCAGGAAAACCCCACAGAAGAGGCAGATACACAATTTTAGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119299 TCGGAGCAGGAAAACCCCACAGAAGAGGCAGATACACAATTTTAGCCATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGGTATCCAAGCAGGAGTTACTGGAGCTCTTTAAGGAGCTACACACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119349 TGGTATCCAAGCAGGAGTTACTGGAGCTCTTTAAGGAGCTACACACTGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AGAAAGGTGAAAGATGGGCAACTTACGGTCGGACTG         GTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 119399 AGAAAGGTGAAAGATGGGCAACTTACGGTCGGACTGGTA...TAGGTGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CTACCCTAATGTTGGTAAGAGTTCAACAATCAACACCATCATGGGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120952 CTACCCTAATGTTGGTAAGAGTTCAACAATCAACACCATCATGGGCAACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGAAAGTATCTGTGTCTGCCACACCTGGTCACACAAAGCACTTTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 121002 AGAAAGTATCTGTGTCTGCCACACCTGGTCACACAAAGCACTTTCAGGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1276       ACTCTCTATGTGGAGCCTGGCCTCTGCCTGTGTGACTGTCCTGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121052 ...CAGACTCTCTATGTGGAGCCTGGCCTCTGCCTGTGTGACTGTCCTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CTTGGTGATGCCATCTTTTGTGTCTACCAAGGCAGAAATGACTTGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121183 CTTGGTGATGCCATCTTTTGTGTCTACCAAGGCAGAAATGACTTGCAGCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GAATCCTCCCAATTGATCAGATGAGAGATCATGTTCCTCCTGTATCA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 121233 GAATCCTCCCAATTGATCAGATGAGAGATCATGTTCCTCCTGTATCACTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1417       CTA GTTTGCCAGAATATTCCAAGACATGTTTTAGAAGCTACCT
        ...>>>|||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121283 ...AAGCTACGTTTGCCAGAATATTCCAAGACATGTTTTAGAAGCTACCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1460 ATGGCATTAACATCATAACGCCTAGAGAGGATGAAGATCCCCACCGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123399 ATGGCATTAACATCATAACGCCTAGAGAGGATGAAGATCCCCACCGACCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1510 CCAACATCGGAAGAACTGTTGACAGCTTATGGAT         ACATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 123449 CCAACATCGGAAGAACTGTTGACAGCTTATGGATGTA...CAGACATGCG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 AGGATTCATGACAGCGCATGGACAGCCAGACCAGCCTCGATCTGCGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125927 AGGATTCATGACAGCGCATGGACAGCCAGACCAGCCTCGATCTGCGCGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 ACATCCTGAAGGACTATGTCAGT         GGTAAGCTGCTGTACTGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 125977 ACATCCTGAAGGACTATGTCAGTGTA...TAGGGTAAGCTGCTGTACTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 CATCCTCCTCCTGGAAGAGATCCTGTAACTTTTCAGCATCAACACCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127435 CATCCTCCTCCTGGAAGAGATCCTGTAACTTTTCAGCATCAACACCAGCG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 ACTCCTAGAGAACAAAATGAACAGTGATGAAATAAAAATGCAGCTAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127485 ACTCCTAGAGAACAAAATGAACAGTGATGAAATAAAAATGCAGCTAGGCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 GAAATAAAAAAGCAAAGCAGATTGAAAATATCGTTGACAAAACTTTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127535 GAAATAAAAAAGCAAAGCAGATTGAAAATATCGTTGACAAAACTTTTTTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 CATCAA         GAGAACGTGAGGGCTTTGACCAAAGGAGTCCAGGC
        ||||||>>>...>>>||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 127585 CATCAAGTA...TAGGAGAATGTGAGGGCTTTGACCAAAGGAGTCCAGGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 TGTGATGGGTTACAAGCCCGGGAGTGGTGTAGTGACTGCATCCACTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129951 TGTGATGGGTTACAAGCCCGGGAGTGGTGTAGTGACTGCATCCACTGCGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1883 GCTCTGAGAACGGGGCGGGGAAGCCCTGGAAAAAACATGGCAACAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130001 GCTCTGAGAACGGGGCGGGGAAGCCCTGGAAAAAACATGGCAACAGAAAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :
   1933 AAAAAAGAAAAAAGTCGTAGACTCTACAAGCACCTGGATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130051 AAAAAAGAAAAAAGTCGTAGACTCTACAAGCACCTGGATATG