seq1 = pF1KB8658.tfa, 1560 bp
seq2 = pF1KB8658/gi568815594f_53277839.tfa (gi568815594f:53277839_53559446), 281608 bp

>pF1KB8658 1560
>gi568815594f:53277839_53559446 (Chr4)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-125  (101387-101426)   100% ->
126-183  (104440-104497)   100% ->
184-287  (105935-106038)   100% ->
288-352  (111971-112035)   100% ->
353-460  (112683-112790)   100% ->
461-591  (113171-113301)   100% ->
592-701  (121892-122001)   100% ->
702-795  (148034-148127)   100% ->
796-952  (150189-150345)   100% ->
953-1007  (164815-164869)   100% ->
1008-1063  (166210-166265)   100% ->
1064-1277  (175082-175295)   100% ->
1278-1415  (180815-180952)   100% ->
1416-1560  (181464-181608)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGCCGGCGAGGTCGAGCGCCTAGTGTCGGAGCTGAGCGGCGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGCCGGCGAGGTCGAGCGCCTAGTGTCGGAGCTGAGCGGCGGGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGAGGGGATGAGGAGGAAGAGTGGCTCTATGGCG         ATGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 CGGAGGGGATGAGGAGGAAGAGTGGCTCTATGGCGGTA...TAGATGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGAAGTTGAAAGGCCAGAAGAAGAAAATGCCAG         TGCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101393 ATGAAGTTGAAAGGCCAGAAGAAGAAAATGCCAGGTT...TAGTGCTAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CCTCCATCTGGAATTGAAGATGAAACTGCTGAAAATGGTGTACCAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104447 CCTCCATCTGGAATTGAAGATGAAACTGCTGAAAATGGTGTACCAAAACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 G         AAAGTGACTGAGACCGAAGATGATAGTGATAGTGACAGCG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104497 GGTA...TAGAAAGTGACTGAGACCGAAGATGATAGTGATAGTGACAGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATGATGATGAAGATGATGTTCATGTCACTATAGGAGACATTAAAACGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105975 ATGATGATGAAGATGATGTTCATGTCACTATAGGAGACATTAAAACGGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCACCACAGTATGG         GAGTTATGGTACAGCACCTGTAAATCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106025 GCACCACAGTATGGGTA...TAGGAGTTATGGTACAGCACCTGTAAATCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TAACATCAAGACAGGGGGAAGAGTTTATGGAACTACAG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 111998 TAACATCAAGACAGGGGGAAGAGTTTATGGAACTACAGGTA...CAGGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 CAAAAGTCAAAGGAGTAGACCTTGATGCACCTGGAAGCATTAATGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112686 CAAAAGTCAAAGGAGTAGACCTTGATGCACCTGGAAGCATTAATGGAGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CCACTCTTAGAGGTAGATTTGGATTCTTTTGAAGATAAACCATGGCGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112736 CCACTCTTAGAGGTAGATTTGGATTCTTTTGAAGATAAACCATGGCGTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ACCTG         GTGCTGATCTTTCTGATTATTTTAATTATGGGTTTA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112786 ACCTGGTA...TAGGTGCTGATCTTTCTGATTATTTTAATTATGGGTTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 ATGAAGATACCTGGAAAGCTTACTGTGAAAAACAAAAGAGGATACGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113207 ATGAAGATACCTGGAAAGCTTACTGTGAAAAACAAAAGAGGATACGAATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GGACTTGAAGTTATACCAGTAACCTCTACTACAAATAAAATTACG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 113257 GGACTTGAAGTTATACCAGTAACCTCTACTACAAATAAAATTACGGTA..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592     GTACAGCAGGGAAGAACTGGAAACTCAGAGAAAGAAACTGCCCTTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113307 .AAGGTACAGCAGGGAAGAACTGGAAACTCAGAGAAAGAAACTGCCCTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CATCTACAAAAGCTGAGTTTACTTCTCCTCCTTCTTTGTTCAAGACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121938 CATCTACAAAAGCTGAGTTTACTTCTCCTCCTTCTTTGTTCAAGACTGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CTTCCACCGAGCAG         GAGATTACCTGGGGCAATTGATGTTAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 121988 CTTCCACCGAGCAGGTT...CAGGAGATTACCTGGGGCAATTGATGTTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CGGTCAGACTATAACTATCAGCCGAGTAGAAGGCAGGCGACGGGCAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148061 CGGTCAGACTATAACTATCAGCCGAGTAGAAGGCAGGCGACGGGCAAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGAACAGCAACATACAG         GTCCTTTCTGAAAGATCTGCTACT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 148111 AGAACAGCAACATACAGGTT...TAGGTCCTTTCTGAAAGATCTGCTACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GAAGTAGACAACAATTTTAGCAAACCACCTCCGTTTTTCCCTCCAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150213 GAAGTAGACAACAATTTTAGCAAACCACCTCCGTTTTTCCCTCCAGGAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TCCTCCCACTCACCTTCCACCTCCTCCATTTCTTCCACCTCCTCCGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150263 TCCTCCCACTCACCTTCCACCTCCTCCATTTCTTCCACCTCCTCCGACTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TCAGCACTGCTCCACCTCTGATTCCACCACCGG         GTTTTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 150313 TCAGCACTGCTCCACCTCTGATTCCACCACCGGGTA...CAGGTTTTCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CCTCCACCAGGCGCTCCACCTCCATCTCTTATACCAACAATAGAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 164823 CCTCCACCAGGCGCTCCACCTCCATCTCTTATACCAACAATAGAAAGGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1008       TGGACATTCCTCTGGTTATGATAGTCGTTCTGCACGTGCATTTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164873 ...CAGTGGACATTCCTCTGGTTATGATAGTCGTTCTGCACGTGCATTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 CATATGGCAATG         TTGCCTTTCCCCATCTTCCTGGTTCTGCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 166254 CATATGGCAATGGTA...TAGTTGCCTTTCCCCATCTTCCTGGTTCTGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 CCTTCGTGGCCTAGTCTTGTGGACACCAGCAAGCAGTGGGACTATTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175111 CCTTCGTGGCCTAGTCTTGTGGACACCAGCAAGCAGTGGGACTATTATGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CAGAAGAGAGAAAGACCGAGATAGAGAGAGAGACAGAGACAGAGAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175161 CAGAAGAGAGAAAGACCGAGATAGAGAGAGAGACAGAGACAGAGAGCGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 ACCGTGATCGGGACAGAGAAAGAGAACGCACCAGAGAGAGAGAGAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175211 ACCGTGATCGGGACAGAGAAAGAGAACGCACCAGAGAGAGAGAGAGGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CGTGATCACAGTCCTACACCAAGTGTTTTCAACAG         CGATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 175261 CGTGATCACAGTCCTACACCAAGTGTTTTCAACAGGTT...CAGCGATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 AGAACGATACAGATACAGGGAATATGCAGAAAGAGGTTATGAGCGTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180821 AGAACGATACAGATACAGGGAATATGCAGAAAGAGGTTATGAGCGTCACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 GAGCAAGTCGAGAAAAAGAAGAACGACATAGAGAAAGACGACACAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180871 GAGCAAGTCGAGAAAAAGAAGAACGACATAGAGAAAGACGACACAGGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 AAAGAGGAAACCAGACATAAGTCTTCTCGAAG         TAATAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 180921 AAAGAGGAAACCAGACATAAGTCTTCTCGAAGGTT...CAGTAATAGTAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 ACGTCGCCATGAAAGTGAAGAAGGAGATAGTCACAGGAGACACAAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181473 ACGTCGCCATGAAAGTGAAGAAGGAGATAGTCACAGGAGACACAAACACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 AAAAATCTAAAAGAAGCAAAGAAGGAAAAGAAGCGGGCAGTGAGCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181523 AAAAATCTAAAAGAAGCAAAGAAGGAAAAGAAGCGGGCAGTGAGCCTGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .
   1525 CCTGAACAGGAGAGCACCGAAGCTACACCTGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181573 CCTGAACAGGAGAGCACCGAAGCTACACCTGCAGAA