seq1 = pF1KB8655.tfa, 1698 bp
seq2 = pF1KB8655/gi568815576f_19379969.tfa (gi568815576f:19379969_19618905), 238937 bp

>pF1KB8655 1698
>gi568815576f:19379969_19618905 (Chr22)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-111  (100190-100249)   100% ->
112-204  (100985-101077)   100% ->
205-342  (102722-102859)   100% ->
343-486  (103894-104037)   100% ->
487-542  (114359-114414)   100% ->
543-591  (116013-116061)   100% ->
592-653  (117418-117479)   100% ->
654-704  (119133-119183)   100% ->
705-824  (125394-125513)   100% ->
825-956  (127418-127549)   100% ->
957-1055  (127798-127896)   100% ->
1056-1217  (128562-128723)   100% ->
1218-1356  (134781-134919)   100% ->
1357-1440  (134997-135080)   100% ->
1441-1559  (136559-136677)   100% ->
1560-1636  (136849-136925)   100% ->
1637-1698  (138876-138937)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCGTGTCCGATTTCCGCAAAGAGTTCTACGAGGTGGTCCAGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCGTGTCCGATTTCCGCAAAGAGTTCTACGAGGTGGTCCAGAGCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         AGGGTCCTTCTCTTCGTGGCCTCGGACGTGGATGCTCTGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTG...TAGAGGGTCCTTCTCTTCGTGGCCTCGGACGTGGATGCTCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGCGTGCAAGATCCTTCAG         GCCTTGTTCCAGTGTGACCAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100230 GTGCGTGCAAGATCCTTCAGGTG...CAGGCCTTGTTCCAGTGTGACCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTGCAATATACGCTGGTTCCAGTTTCTGGGTGGCAAGAACTTGAAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101006 GTGCAATATACGCTGGTTCCAGTTTCTGGGTGGCAAGAACTTGAAACTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATTTCTTGAGCATAAAGAACAG         TTTCATTATTTTATTCTCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101056 ATTTCTTGAGCATAAAGAACAGGTA...CAGTTTCATTATTTTATTCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TAAACTGTGGAGCTAATGTAGACCTATTGGATATTCTTCAACCTGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102741 TAAACTGTGGAGCTAATGTAGACCTATTGGATATTCTTCAACCTGATGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GACACTATATTCTTTGTGTGTGACACCCATAGGCCAGTCAATGTCGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102791 GACACTATATTCTTTGTGTGTGACACCCATAGGCCAGTCAATGTCGTCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGTATACAACGATACCCAG         ATCAAATTACTCATTAAACAAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102841 TGTATACAACGATACCCAGGTA...TAGATCAAATTACTCATTAAACAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATGATGACCTTGAAGTTCCCGCCTATGAAGACATCTTCAGGGATGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103916 ATGATGACCTTGAAGTTCCCGCCTATGAAGACATCTTCAGGGATGAAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAGGATGAAGAGCATTCAGGAAATGACAGTGATGGGTCAGAGCCTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103966 GAGGATGAAGAGCATTCAGGAAATGACAGTGATGGGTCAGAGCCTTCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAAGCGCACACGGTTAGAAGAG         GAGATAGTGGAGCAAACCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 104016 GAAGCGCACACGGTTAGAAGAGGTG...CAGGAGATAGTGGAGCAAACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGCGGAGGAGGCAGCGGCGAGAGTGGGAGGCCCGGAG         AAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 114378 TGCGGAGGAGGCAGCGGCGAGAGTGGGAGGCCCGGAGGTG...CAGAAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GACATCCTCTTTGACTACGAGCAGTATGAATATCATGGGACATCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 116017 GACATCCTCTTTGACTACGAGCAGTATGAATATCATGGGACATCGGTA..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592     TCAGCCATGGTGATGTTTGAGCTGGCTTGGATGCTGTCCAAGGACC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116067 .CAGTCAGCCATGGTGATGTTTGAGCTGGCTTGGATGCTGTCCAAGGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGAATGACATGCTGTG         GTGGGCCATCGTTGGACTAACAGAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 117464 TGAATGACATGCTGTGGTA...CAGGTGGGCCATCGTTGGACTAACAGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CAGTGGGTGCAAGACAAGATCACTCA         AATGAAATACGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 119158 CAGTGGGTGCAAGACAAGATCACTCAGTA...CAGAATGAAATACGTGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 TGATGTTGGTGTCCTGCAGCGCCACGTTTCCCGCCACAACCACCGGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125409 TGATGTTGGTGTCCTGCAGCGCCACGTTTCCCGCCACAACCACCGGAACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AGGATGAGGAGAACACACTCTCCGTGGACTGCACACGGATCTCCTTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125459 AGGATGAGGAGAACACACTCTCCGTGGACTGCACACGGATCTCCTTTGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 TATGA         CCTCCGCCTGGTGCTCTACCAGCACTGGTCCCTCCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125509 TATGAGTA...CAGCCTCCGCCTGGTGCTCTACCAGCACTGGTCCCTCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 TGACAGCCTGTGCAACACCAGCTATACCGCAGCCAGGTTCAAGCTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127454 TGACAGCCTGTGCAACACCAGCTATACCGCAGCCAGGTTCAAGCTGTGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CTGTGCATGGACAGAAGCGGCTCCAGGAGTTCCTTGCAGACATGGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 127504 CTGTGCATGGACAGAAGCGGCTCCAGGAGTTCCTTGCAGACATGGGGTG.

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    957      TCTTCCCCTGAAGCAGGTGAAGCAGAAGTTCCAGGCCATGGACAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127554 ..CAGTCTTCCCCTGAAGCAGGTGAAGCAGAAGTTCCAGGCCATGGACAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 CTCCTTGAAGGAGAATTTGCGGGAAATGATTGAAGAGTCTGCAAATAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127843 CTCCTTGAAGGAGAATTTGCGGGAAATGATTGAAGAGTCTGCAAATAAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TTGG         GATGAAGGACATGCGCGTGCAGACTTTCAGCATTCAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127893 TTGGGTA...CAGGATGAAGGACATGCGCGTGCAGACTTTCAGCATTCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 TTTGGGTTCAAGCACAAGTTTCTGGCCAGCGACGTGGTCTTTGCCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128599 TTTGGGTTCAAGCACAAGTTTCTGGCCAGCGACGTGGTCTTTGCCACCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 GTCTTTGATGGAGAGCCCCGAGAAGGATGGCTCAGGGACAGATCACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128649 GTCTTTGATGGAGAGCCCCGAGAAGGATGGCTCAGGGACAGATCACTTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TCCAGGCTCTGGACAGCCTCTCCAG         GAGTAACCTGGACAAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 128699 TCCAGGCTCTGGACAGCCTCTCCAGGTA...CAGGAGTAACCTGGACAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 CTGTACCATGGCCTGGAACTCGCCAAGAAGCAGCTGCGAGCCACCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134797 CTGTACCATGGCCTGGAACTCGCCAAGAAGCAGCTGCGAGCCACCCAGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 GACCATTGCCAGCTGCCTTTGCACCAACCTCGTCATCTCCCAGGGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134847 GACCATTGCCAGCTGCCTTTGCACCAACCTCGTCATCTCCCAGGGGCCTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 TCCTGTACTGCTCTCTCATGGAG         GGCACTCCAGATGTCATG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 134897 TCCTGTACTGCTCTCTCATGGAGGTC...CAGGGCACTCCAGATGTCATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 CTGTTCTCTAGGCCGGCATCCCTAAGCCTGCTCAGCAAACACCTGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135015 CTGTTCTCTAGGCCGGCATCCCTAAGCCTGCTCAGCAAACACCTGCTCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 GTCCTTTGTGTGTTCG         ACAAAGAACCGGCGCTGCAAACTGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 135065 GTCCTTTGTGTGTTCGGTG...TAGACAAAGAACCGGCGCTGCAAACTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 TGCCCCTGGTGATGGCTGCCCCCCTGAGCATGGAGCATGGCACAGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136584 TGCCCCTGGTGATGGCTGCCCCCCTGAGCATGGAGCATGGCACAGTGACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 GTGGTGGGCATCCCCCCAGAGACCGACAGCTCGGACAGGAAGAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 136634 GTGGTGGGCATCCCCCCAGAGACCGACAGCTCGGACAGGAAGAAGTG...

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1560    CTTTTTTGGGAGGGCGTTTGAGAAGGCAGCGGAAAGCACCAGCTCCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136846 CAGCTTTTTTGGGAGGGCGTTTGAGAAGGCAGCGGAAAGCACCAGCTCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 GGATGCTGCACAACCATTTTGACCTCTCAG         TAATTGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 136896 GGATGCTGCACAACCATTTTGACCTCTCAGGTG...CAGTAATTGAGCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 AAAGCTGAGGATCGGAGCAAGTTTCTGGACGCACTTATTTCCCTCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138887 AAAGCTGAGGATCGGAGCAAGTTTCTGGACGCACTTATTTCCCTCCTGTC

   1850 
   1698 C
        |
 138937 C